More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4061 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1357  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  63.57 
 
 
688 aa  768    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592157  normal  0.205396 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4061  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  100 
 
 
656 aa  1264    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26931  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1336  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  63.91 
 
 
690 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4733  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  64.73 
 
 
689 aa  809    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0478983  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0110  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 5  44.3 
 
 
700 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211688  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1746  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.3 
 
 
700 aa  458  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1699  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.71 
 
 
700 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0618113  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  41.99 
 
 
613 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1023  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.22 
 
 
662 aa  309  8e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.116112  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  47.72 
 
 
618 aa  306  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  41 
 
 
613 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41 
 
 
613 aa  301  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  41 
 
 
613 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  41 
 
 
613 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  41 
 
 
613 aa  301  3e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.83 
 
 
618 aa  300  6e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.5 
 
 
622 aa  299  9e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  40.79 
 
 
613 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  40.79 
 
 
613 aa  298  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1117  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  36.6 
 
 
657 aa  298  3e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.752039  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  41.16 
 
 
611 aa  297  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.82 
 
 
634 aa  297  5e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  41.16 
 
 
611 aa  297  5e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  40.17 
 
 
613 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  40.17 
 
 
613 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  40.17 
 
 
613 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3375  NADH dehydrogenase I, L subunit  41.08 
 
 
617 aa  296  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762716  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  40.52 
 
 
611 aa  295  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  40.52 
 
 
611 aa  295  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  39.34 
 
 
613 aa  294  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3207  NADH dehydrogenase subunit L  40.42 
 
 
617 aa  292  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000541221  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  43.45 
 
 
614 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  43.45 
 
 
614 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  43.45 
 
 
614 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  40.51 
 
 
617 aa  289  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  40.38 
 
 
616 aa  286  8e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29880  NADH dehydrogenase subunit L  40.26 
 
 
615 aa  286  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019108  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2559  NADH dehydrogenase subunit L  40.26 
 
 
615 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  41.81 
 
 
616 aa  284  4.0000000000000003e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  42.58 
 
 
616 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1011  NADH dehydrogenase subunit L  42.35 
 
 
615 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.09 
 
 
631 aa  283  6.000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  40.39 
 
 
615 aa  283  6.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1235  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.09 
 
 
627 aa  283  9e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1863  NADH dehydrogenase subunit L  40.51 
 
 
617 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.141943 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  37.06 
 
 
636 aa  282  2e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1736  NADH dehydrogenase subunit L  40.51 
 
 
617 aa  281  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235558  normal  0.436531 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0583  NADH dehydrogenase subunit L  39.7 
 
 
624 aa  280  6e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3701  NADH dehydrogenase subunit L  40.64 
 
 
617 aa  280  8e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0594  NADH dehydrogenase subunit L  39.91 
 
 
624 aa  278  2e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0869223  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.81 
 
 
628 aa  278  2e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.75 
 
 
656 aa  278  3e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.1 
 
 
630 aa  278  3e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2387  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.88 
 
 
666 aa  276  9e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00790686  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.14 
 
 
667 aa  276  9e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.35 
 
 
642 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  36.9 
 
 
612 aa  275  2.0000000000000002e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  39.77 
 
 
615 aa  275  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.31 
 
 
683 aa  273  5.000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.41 
 
 
641 aa  273  6e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0192  NADH dehydrogenase subunit L  35.57 
 
 
610 aa  273  6e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2821  NADH dehydrogenase subunit L  39.43 
 
 
694 aa  273  9e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0940629 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  38.53 
 
 
701 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  45.34 
 
 
623 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.53 
 
 
643 aa  271  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.79 
 
 
646 aa  271  4e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3613  NADH dehydrogenase subunit L  40.54 
 
 
617 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.703817  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5944  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.61 
 
 
642 aa  270  5.9999999999999995e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1753  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.78 
 
 
675 aa  270  8e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0320  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.78 
 
 
666 aa  269  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2289  NADH dehydrogenase subunit L  38.63 
 
 
689 aa  269  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3431  NADH dehydrogenase I, L subunit  36.73 
 
 
624 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  38.3 
 
 
688 aa  268  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1993  NADH dehydrogenase subunit L  38.14 
 
 
715 aa  267  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351523  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3287  NADH dehydrogenase subunit L  38.86 
 
 
697 aa  267  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.33354  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0708  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.06 
 
 
625 aa  267  5e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.243064  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3915  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.23 
 
 
667 aa  267  5e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.15 
 
 
642 aa  266  8e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2874  NADH dehydrogenase subunit L  39.49 
 
 
697 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.429312  normal  0.334086 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1518  NADH dehydrogenase subunit L  34.95 
 
 
613 aa  266  8.999999999999999e-70  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.282876  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.76 
 
 
667 aa  266  1e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0413  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  45.64 
 
 
676 aa  266  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0758  NADH dehydrogenase subunit L  35.69 
 
 
706 aa  266  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2527  NADH dehydrogenase subunit L  37.91 
 
 
720 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.4 
 
 
681 aa  265  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1414  NADH dehydrogenase (quinone)  37.67 
 
 
670 aa  265  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0499245 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1366  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.27 
 
 
712 aa  265  2e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.699081  normal  0.0261424 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1189  NADH dehydrogenase subunit L  37.91 
 
 
720 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.495317  normal  0.332417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  37.53 
 
 
683 aa  264  4e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0753  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.93 
 
 
633 aa  264  4.999999999999999e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000430257  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0292  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  41.62 
 
 
642 aa  264  4.999999999999999e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2048  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.04 
 
 
702 aa  263  6e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.475529  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0168  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  46.36 
 
 
625 aa  263  6e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2051  NADH dehydrogenase subunit L  38.74 
 
 
686 aa  263  6.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1160  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.41 
 
 
671 aa  263  6.999999999999999e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1739  NADH dehydrogenase subunit L  36.81 
 
 
596 aa  263  8e-69  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.409991  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2203  NADH dehydrogenase subunit L  38.44 
 
 
686 aa  263  8e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786286  normal  0.908285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1354  NADH dehydrogenase subunit L  38.68 
 
 
695 aa  263  8e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0117862  normal  0.0417376 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1634  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.33 
 
 
639 aa  263  8.999999999999999e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3182  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.33 
 
 
639 aa  263  8.999999999999999e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>