More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3701 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  67.38 
 
 		 613 aa  807    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  67.22 
 
 		 613 aa  805    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  99.19 
 
 		 617 aa  1208    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  68.54 
 
 		 613 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1689  NADH dehydrogenase subunit L  59.58 
 
 		 624 aa  676    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1011  NADH dehydrogenase subunit L  73.63 
 
 		 615 aa  837    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3375  NADH dehydrogenase I, L subunit  88.85 
 
 		 617 aa  1053    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762716  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  67.28 
 
 		 611 aa  801    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3207  NADH dehydrogenase subunit L  89.35 
 
 		 617 aa  1056    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000541221  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0594  NADH dehydrogenase subunit L  60.58 
 
 		 624 aa  694    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0869223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  70.48 
 
 		 616 aa  799    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3701  NADH dehydrogenase subunit L  100 
 
 		 617 aa  1216    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  68.54 
 
 		 613 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3613  NADH dehydrogenase subunit L  90.6 
 
 		 617 aa  1070    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.703817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  68.92 
 
 		 614 aa  810    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  67.55 
 
 		 613 aa  809    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  67.38 
 
 		 613 aa  806    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1736  NADH dehydrogenase subunit L  99.35 
 
 		 617 aa  1207    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235558  normal  0.436531 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2422  NADH dehydrogenase subunit L  79.61 
 
 		 616 aa  899    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.886749  normal  0.161461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  68.26 
 
 		 613 aa  812    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  79.51 
 
 		 615 aa  952    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  68.54 
 
 		 613 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  70.35 
 
 		 616 aa  808    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  68.92 
 
 		 614 aa  810    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  68.53 
 
 		 611 aa  818    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  68.44 
 
 		 611 aa  812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  67.38 
 
 		 613 aa  807    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  70.96 
 
 		 616 aa  788    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0583  NADH dehydrogenase subunit L  60.26 
 
 		 624 aa  695    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  67.38 
 
 		 613 aa  807    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3298  NADH dehydrogenase subunit L  69.51 
 
 		 615 aa  771    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.982229  normal  0.619241 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  67.28 
 
 		 611 aa  804    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29880  NADH dehydrogenase subunit L  83.69 
 
 		 615 aa  972    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  69.09 
 
 		 614 aa  811    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  70.46 
 
 		 615 aa  811    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2559  NADH dehydrogenase subunit L  84.03 
 
 		 615 aa  973    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  67.22 
 
 		 613 aa  802    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1863  NADH dehydrogenase subunit L  98.38 
 
 		 617 aa  1200    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.141943 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3122  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  65.15 
 
 		 617 aa  629  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0371  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  56.05 
 
 		 621 aa  629  1e-179  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  52.54 
 
 		 613 aa  571  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  51.93 
 
 		 618 aa  549  1e-155  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  47.96 
 
 		 618 aa  545  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1117  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  50.54 
 
 		 657 aa  539  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.752039  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1023  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  49.61 
 
 		 662 aa  533  1e-150  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.116112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.79 
 
 		 622 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0708  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  48.29 
 
 		 625 aa  436  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.243064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.47 
 
 		 630 aa  409  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.38 
 
 		 634 aa  412  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3915  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.54 
 
 		 667 aa  388  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.81 
 
 		 667 aa  388  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.39 
 
 		 667 aa  386  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  37.85 
 
 		 636 aa  384  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3898  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.07 
 
 		 639 aa  385  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.34 
 
 		 628 aa  378  1e-103  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.77 
 
 		 646 aa  377  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5944  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.08 
 
 		 642 aa  377  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3431  NADH dehydrogenase I, L subunit  43.94 
 
 		 624 aa  373  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1235  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.24 
 
 		 627 aa  372  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  52.17 
 
 		 710 aa  371  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3624  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.8 
 
 		 637 aa  370  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473906 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.32 
 
 		 642 aa  361  2e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0639  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.55 
 
 		 639 aa  360  6e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1634  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.55 
 
 		 639 aa  360  6e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3182  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.55 
 
 		 639 aa  360  6e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0967  NADH dehydrogenase I, L subunit  36.83 
 
 		 614 aa  358  1.9999999999999998e-97  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.597239  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1305  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.03 
 
 		 676 aa  358  1.9999999999999998e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.674922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0168  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  42.78 
 
 		 625 aa  356  6.999999999999999e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2694  NADH-quinone oxidoreductase chain L  42.65 
 
 		 657 aa  355  8.999999999999999e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1953  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.88 
 
 		 652 aa  355  1e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.146282  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1414  NADH dehydrogenase (quinone)  39.31 
 
 		 670 aa  354  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499245 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3247  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.49 
 
 		 678 aa  354  2.9999999999999997e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  42.67 
 
 		 688 aa  354  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2825  NADH-quinone oxidoreductase chain L  42.45 
 
 		 657 aa  353  4e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  41.91 
 
 		 768 aa  353  4e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  45.92 
 
 		 681 aa  353  5e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  42.91 
 
 		 701 aa  353  7e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0938  NADH dehydrogenase subunit L  39.46 
 
 		 692 aa  352  8.999999999999999e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0349  NADH dehydrogenase I, L subunit  38.75 
 
 		 666 aa  352  1e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2554  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  44.29 
 
 		 650 aa  352  1e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4233  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.61 
 
 		 668 aa  352  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000128592  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  46 
 
 		 770 aa  351  2e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0972  NADH dehydrogenase subunit L  39.34 
 
 		 695 aa  350  5e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.65171  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  47.61 
 
 		 686 aa  350  5e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0850  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  46.67 
 
 		 750 aa  350  6e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.30148 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.59 
 
 		 758 aa  349  7e-95  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  38.25 
 
 		 612 aa  349  9e-95  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0932  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.76 
 
 		 642 aa  349  1e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0789  NADH dehydrogenase subunit L  37.03 
 
 		 654 aa  348  2e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0323982  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1518  NADH dehydrogenase subunit L  39.6 
 
 		 613 aa  348  2e-94  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.282876  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.52 
 
 		 759 aa  348  2e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0920  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.95 
 
 		 639 aa  347  3e-94  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  40.65 
 
 		 620 aa  347  4e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.89 
 
 		 650 aa  346  7e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1109  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.49 
 
 		 681 aa  346  7e-94  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.23 
 
 		 685 aa  346  8.999999999999999e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.81 
 
 		 679 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0901  NADH dehydrogenase subunit L  38.94 
 
 		 664 aa  344  2.9999999999999997e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.8 
 
 		 641 aa  344  2.9999999999999997e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.1 
 
 		 683 aa  343  4e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>