More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1011 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  70.39 
 
 		 613 aa  830    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  70.23 
 
 		 613 aa  828    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  74.21 
 
 		 617 aa  875    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  69.74 
 
 		 613 aa  823    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1011  NADH dehydrogenase subunit L  100 
 
 		 615 aa  1204    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3375  NADH dehydrogenase I, L subunit  75.21 
 
 		 617 aa  864    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762716  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1863  NADH dehydrogenase subunit L  73.38 
 
 		 617 aa  846    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.141943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3701  NADH dehydrogenase subunit L  73.88 
 
 		 617 aa  852    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3207  NADH dehydrogenase subunit L  75.37 
 
 		 617 aa  866    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000541221  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0594  NADH dehydrogenase subunit L  61.64 
 
 		 624 aa  682    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0869223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  74.3 
 
 		 616 aa  811    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  71.24 
 
 		 613 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  70.58 
 
 		 613 aa  838    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  70.39 
 
 		 613 aa  830    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3613  NADH dehydrogenase subunit L  73.94 
 
 		 617 aa  842    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.703817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1689  NADH dehydrogenase subunit L  60.29 
 
 		 624 aa  666    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  71.57 
 
 		 611 aa  851    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2422  NADH dehydrogenase subunit L  74.88 
 
 		 616 aa  815    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.886749  normal  0.161461 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  72.7 
 
 		 614 aa  843    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2559  NADH dehydrogenase subunit L  73.51 
 
 		 615 aa  833    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3298  NADH dehydrogenase subunit L  73.05 
 
 		 615 aa  802    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.982229  normal  0.619241 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  70.23 
 
 		 613 aa  828    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  72.7 
 
 		 614 aa  842    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  73.48 
 
 		 615 aa  843    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  71.24 
 
 		 613 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  73.68 
 
 		 616 aa  850    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0583  NADH dehydrogenase subunit L  61.16 
 
 		 624 aa  679    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  70.39 
 
 		 613 aa  830    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  71.24 
 
 		 613 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  72.31 
 
 		 615 aa  828    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  70.3 
 
 		 611 aa  825    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  70.39 
 
 		 613 aa  830    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  72.68 
 
 		 616 aa  828    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29880  NADH dehydrogenase subunit L  73.01 
 
 		 615 aa  830    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  71.31 
 
 		 611 aa  838    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  70.3 
 
 		 611 aa  826    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1736  NADH dehydrogenase subunit L  74.21 
 
 		 617 aa  855    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235558  normal  0.436531 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  72.7 
 
 		 614 aa  843    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0371  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  56.34 
 
 		 621 aa  630  1e-179  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3122  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  61.88 
 
 		 617 aa  616  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  54.17 
 
 		 618 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  53.83 
 
 		 613 aa  558  1e-157  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  48.14 
 
 		 618 aa  545  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1117  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  52.96 
 
 		 657 aa  534  1e-150  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.752039  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1023  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  54.1 
 
 		 662 aa  530  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.116112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  45.42 
 
 		 622 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0708  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  50.08 
 
 		 625 aa  452  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.243064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.62 
 
 		 630 aa  400  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.6 
 
 		 667 aa  395  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5944  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.68 
 
 		 642 aa  386  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3915  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.95 
 
 		 667 aa  385  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.09 
 
 		 634 aa  384  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3624  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.78 
 
 		 637 aa  380  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.53 
 
 		 667 aa  377  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1414  NADH dehydrogenase (quinone)  39.6 
 
 		 670 aa  370  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  42.88 
 
 		 701 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  38.99 
 
 		 636 aa  372  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3344  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  41.82 
 
 		 669 aa  367  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.299069  normal  0.337139 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0968  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.1 
 
 		 672 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.159681 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1305  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.08 
 
 		 676 aa  369  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.674922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.06 
 
 		 646 aa  365  1e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  42.38 
 
 		 688 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.26 
 
 		 681 aa  363  4e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0972  NADH dehydrogenase subunit L  39.14 
 
 		 695 aa  363  5.0000000000000005e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.65171  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1880  NADH dehydrogenase subunit L  45.27 
 
 		 686 aa  363  5.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.835925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3245  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.25 
 
 		 678 aa  362  8e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211408  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.64 
 
 		 642 aa  361  2e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4233  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.58 
 
 		 668 aa  361  2e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000128592  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.75 
 
 		 628 aa  360  3e-98  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3898  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.14 
 
 		 639 aa  360  3e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.06 
 
 		 623 aa  361  3e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1959  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.09 
 
 		 653 aa  360  5e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0502995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0883  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.73 
 
 		 671 aa  360  6e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2203  NADH dehydrogenase subunit L  38.81 
 
 		 686 aa  359  9e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786286  normal  0.908285 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2554  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  39.26 
 
 		 650 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1512  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.84 
 
 		 666 aa  358  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00433523 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.67 
 
 		 686 aa  359  9.999999999999999e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1566  NADH dehydrogenase subunit L  39.09 
 
 		 643 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1274  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.76 
 
 		 678 aa  358  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202313 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0349  NADH dehydrogenase I, L subunit  39.4 
 
 		 666 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.05 
 
 		 650 aa  357  3.9999999999999996e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1953  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.95 
 
 		 652 aa  357  3.9999999999999996e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.146282  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3431  NADH dehydrogenase I, L subunit  46.52 
 
 		 624 aa  356  7.999999999999999e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3499  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.08 
 
 		 676 aa  356  7.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3287  NADH dehydrogenase subunit L  43.71 
 
 		 697 aa  356  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.33354  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1040  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.18 
 
 		 685 aa  355  1e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0967  NADH dehydrogenase I, L subunit  39.21 
 
 		 614 aa  355  2e-96  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.597239  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2051  NADH dehydrogenase subunit L  46.68 
 
 		 686 aa  355  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0938  NADH dehydrogenase subunit L  37.97 
 
 		 692 aa  354  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1153  NADH dehydrogenase I chain L  44.44 
 
 		 669 aa  354  2.9999999999999997e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1435  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  46.87 
 
 		 674 aa  353  4e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.353757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1203  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.92 
 
 		 703 aa  353  5e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1074  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.92 
 
 		 703 aa  353  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345965 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.28 
 
 		 641 aa  353  5.9999999999999994e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_004310  BR0813  NADH dehydrogenase subunit L  37.14 
 
 		 661 aa  353  7e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2412  NADH dehydrogenase subunit L  37.35 
 
 		 664 aa  353  7e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33518  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  40.2 
 
 		 663 aa  352  8.999999999999999e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1235  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.5 
 
 		 627 aa  352  1e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1072  NADH dehydrogenase subunit L  45.54 
 
 		 682 aa  352  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0808  NADH dehydrogenase subunit L  38.9 
 
 		 661 aa  352  1e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>