More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0169 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3431  NADH dehydrogenase I, L subunit  67.33 
 
 
624 aa  744    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0320  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  64.03 
 
 
666 aa  731    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0168  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  67.7 
 
 
625 aa  724    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0151  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  95.83 
 
 
623 aa  1077    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  100 
 
 
623 aa  1233    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.82 
 
 
618 aa  416  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0214  NADH dehydrogenase I chain L  47.83 
 
 
616 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.87 
 
 
634 aa  413  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.19 
 
 
630 aa  413  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.99 
 
 
618 aa  412  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.8 
 
 
622 aa  405  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.16 
 
 
667 aa  402  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1235  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.81 
 
 
627 aa  403  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1023  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.75 
 
 
662 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.116112  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0639  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.4 
 
 
639 aa  402  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1634  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.4 
 
 
639 aa  402  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3182  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.4 
 
 
639 aa  402  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  45.61 
 
 
613 aa  399  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5944  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.3 
 
 
642 aa  395  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.92 
 
 
646 aa  399  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.94 
 
 
710 aa  392  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  37.96 
 
 
663 aa  391  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1117  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  44.55 
 
 
657 aa  392  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.752039  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1247  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.72 
 
 
662 aa  390  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.123872  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3915  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.57 
 
 
667 aa  390  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  45.49 
 
 
614 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  45.49 
 
 
614 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1364  NADH dehydrogenase subunit L  39.97 
 
 
666 aa  388  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.703678  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  45.69 
 
 
616 aa  386  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  45.38 
 
 
615 aa  387  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  45.49 
 
 
614 aa  388  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0920  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.93 
 
 
639 aa  386  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  37.62 
 
 
636 aa  387  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.51 
 
 
628 aa  385  1e-106  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  45.19 
 
 
616 aa  385  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.08 
 
 
667 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  41.1 
 
 
613 aa  380  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1305  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.15 
 
 
676 aa  382  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.674922  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1033  NADH dehydrogenase subunit L  38.57 
 
 
662 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.73 
 
 
683 aa  379  1e-104  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3624  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.61 
 
 
637 aa  379  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0473906 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  40.58 
 
 
613 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  40.84 
 
 
613 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.84 
 
 
613 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  40.58 
 
 
611 aa  378  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  40.58 
 
 
613 aa  378  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  40.58 
 
 
613 aa  378  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  40.84 
 
 
613 aa  378  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  40.58 
 
 
611 aa  377  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  40.55 
 
 
688 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  39.23 
 
 
683 aa  377  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2387  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.31 
 
 
666 aa  378  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00790686  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0708  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  45.78 
 
 
625 aa  377  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.243064  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  40.84 
 
 
613 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  40.61 
 
 
617 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1272  NADH dehydrogenase subunit L  39.31 
 
 
666 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  39.84 
 
 
611 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0901  NADH dehydrogenase subunit L  38.62 
 
 
664 aa  375  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2554  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  38.34 
 
 
650 aa  373  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  39.68 
 
 
613 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3898  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.13 
 
 
639 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.56 
 
 
641 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  39.68 
 
 
613 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  39.84 
 
 
611 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  39.68 
 
 
613 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3287  NADH dehydrogenase subunit L  39.3 
 
 
697 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.33354  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0932  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.8 
 
 
642 aa  373  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3375  NADH dehydrogenase I, L subunit  41.67 
 
 
617 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762716  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.1 
 
 
642 aa  370  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  45.1 
 
 
616 aa  371  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.89 
 
 
643 aa  370  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.58 
 
 
642 aa  370  1e-101  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  39.96 
 
 
701 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3245  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.57 
 
 
678 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211408  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2559  NADH dehydrogenase subunit L  42.94 
 
 
615 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29880  NADH dehydrogenase subunit L  42.94 
 
 
615 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019108  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.09 
 
 
681 aa  366  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1074  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.4 
 
 
703 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3207  NADH dehydrogenase subunit L  39.9 
 
 
617 aa  369  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000541221  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.2 
 
 
705 aa  369  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.280031  normal  0.222128 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1993  NADH dehydrogenase subunit L  35.38 
 
 
715 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351523  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1876  NADH dehydrogenase subunit L  38.67 
 
 
688 aa  368  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.183339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2048  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.71 
 
 
702 aa  366  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.475529  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1102  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.96 
 
 
650 aa  368  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0413  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.48 
 
 
676 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1504  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.75 
 
 
671 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0410124  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2874  NADH dehydrogenase subunit L  40.15 
 
 
697 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.429312  normal  0.334086 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1203  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.27 
 
 
703 aa  368  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4401  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.62 
 
 
704 aa  368  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.908035 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.61 
 
 
656 aa  368  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2232  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.24 
 
 
654 aa  369  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.259071  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  39.51 
 
 
620 aa  365  1e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1689  NADH dehydrogenase subunit L  40.57 
 
 
624 aa  364  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0441  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.17 
 
 
676 aa  364  2e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.592794  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  41.67 
 
 
615 aa  364  3e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0442  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.32 
 
 
676 aa  364  3e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1435  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.32 
 
 
674 aa  363  4e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.353757  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1736  NADH dehydrogenase subunit L  40.78 
 
 
617 aa  363  6e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235558  normal  0.436531 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1011  NADH dehydrogenase subunit L  42.86 
 
 
615 aa  363  6e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1414  NADH dehydrogenase (quinone)  37.43 
 
 
670 aa  362  8e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0499245 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>