244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3525 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3525  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 
571 aa  1193    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124097  hitchhiker  0.00602561 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2924  DNA-cytosine methyltransferase  26.94 
 
 
537 aa  155  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1539  DNA-cytosine methyltransferase  28.81 
 
 
569 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  29.94 
 
 
365 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  28.91 
 
 
340 aa  109  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  30.24 
 
 
313 aa  107  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  28.15 
 
 
368 aa  103  8e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.72 
 
 
357 aa  102  2e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  29.14 
 
 
313 aa  100  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  29.74 
 
 
337 aa  99  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  26.51 
 
 
308 aa  97.4  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  27.01 
 
 
342 aa  94.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  27.46 
 
 
313 aa  92.8  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  28.65 
 
 
362 aa  90.1  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1183  hypothetical protein  27.51 
 
 
352 aa  90.1  9e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.401368  normal  0.0474441 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  26.33 
 
 
671 aa  89  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  26.91 
 
 
319 aa  89.4  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  27.92 
 
 
468 aa  88.2  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  25.7 
 
 
415 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  25.87 
 
 
325 aa  86.7  0.000000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  25.15 
 
 
328 aa  86.3  0.000000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  27.89 
 
 
359 aa  85.9  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  29.01 
 
 
454 aa  84.7  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  26.15 
 
 
373 aa  84.3  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  25.63 
 
 
360 aa  83.6  0.000000000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  27.01 
 
 
652 aa  83.2  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  26.75 
 
 
310 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  26.42 
 
 
390 aa  82  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  23.43 
 
 
418 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  23.43 
 
 
418 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2193  DNA-cytosine methyltransferase  25.2 
 
 
358 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.877984  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  28.24 
 
 
414 aa  82  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1628  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.5 
 
 
359 aa  81.6  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  27.11 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  27.09 
 
 
381 aa  80.1  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  25.07 
 
 
371 aa  78.2  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  26.79 
 
 
305 aa  78.2  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.81 
 
 
387 aa  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  25.69 
 
 
398 aa  77.4  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  27.46 
 
 
366 aa  77.4  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  27.13 
 
 
318 aa  77  0.0000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  25.21 
 
 
374 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  27.61 
 
 
406 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  24.69 
 
 
686 aa  75.1  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0576  DNA-cytosine methyltransferase  27.27 
 
 
313 aa  75.5  0.000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1175  DNA-cytosine methyltransferase  26.59 
 
 
349 aa  74.7  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  24.44 
 
 
698 aa  74.7  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3681  modification methylase HgiDII  27.38 
 
 
344 aa  74.3  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  27.3 
 
 
365 aa  74.3  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  24.2 
 
 
402 aa  73.9  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  30.68 
 
 
431 aa  73.9  0.000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  24.86 
 
 
354 aa  73.9  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  23.87 
 
 
421 aa  73.6  0.000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  28.87 
 
 
415 aa  73.6  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
434 aa  73.6  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  28.3 
 
 
361 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1568  DNA-cytosine methyltransferase  25.48 
 
 
662 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0406485  hitchhiker  0.00122877 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.56 
 
 
328 aa  72.4  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3202  DNA-cytosine methyltransferase  26.49 
 
 
417 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000317903  unclonable  0.0000000000251181 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  26.27 
 
 
373 aa  72.4  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  23.82 
 
 
356 aa  72  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  26.11 
 
 
474 aa  72  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  27.88 
 
 
657 aa  72  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  23.71 
 
 
465 aa  72  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  30.43 
 
 
452 aa  71.2  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  23.25 
 
 
440 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  23.98 
 
 
393 aa  70.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  23.08 
 
 
334 aa  70.5  0.00000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  23.71 
 
 
395 aa  70.1  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  27.35 
 
 
309 aa  70.1  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.51 
 
 
350 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000225645 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4269  DNA-cytosine methyltransferase  26.28 
 
 
359 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  25.81 
 
 
426 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  25.95 
 
 
423 aa  69.3  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  23.51 
 
 
361 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0606  DNA-cytosine methyltransferase  24.28 
 
 
355 aa  68.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3989  DNA-cytosine methyltransferase  27.16 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.519304  normal  0.0147961 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  24.33 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  27.27 
 
 
358 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  23.54 
 
 
689 aa  67.8  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  25.38 
 
 
632 aa  67.8  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0700  DNA-cytosine methyltransferase  26.96 
 
 
320 aa  67.4  0.0000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  25.66 
 
 
423 aa  67.4  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  24.93 
 
 
468 aa  67.4  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  27.01 
 
 
399 aa  67.4  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  25.64 
 
 
400 aa  67.4  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  25.49 
 
 
386 aa  67.4  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  23.74 
 
 
443 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4678  DNA-cytosine methyltransferase  25.65 
 
 
345 aa  66.6  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201023  normal  0.324334 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  23.96 
 
 
375 aa  66.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.02 
 
 
415 aa  66.2  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  25.71 
 
 
361 aa  65.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  27.49 
 
 
425 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  29.41 
 
 
389 aa  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.71 
 
 
304 aa  65.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  22.94 
 
 
335 aa  65.5  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  23.45 
 
 
370 aa  65.1  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  25.78 
 
 
428 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2442  DNA-cytosine methyltransferase  23.63 
 
 
464 aa  65.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.767774  unclonable  0.00000000055978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>