210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2924 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2924  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
537 aa  1108    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1539  DNA-cytosine methyltransferase  36.47 
 
 
569 aa  293  7e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3525  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.94 
 
 
571 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124097  hitchhiker  0.00602561 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  29.97 
 
 
319 aa  109  1e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  31.53 
 
 
308 aa  106  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  30.23 
 
 
313 aa  105  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  27.12 
 
 
328 aa  100  5e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3989  DNA-cytosine methyltransferase  29.06 
 
 
348 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.519304  normal  0.0147961 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  29.23 
 
 
357 aa  99.4  1e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  24.26 
 
 
360 aa  93.6  8e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  29.08 
 
 
318 aa  92.8  1e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  28.61 
 
 
342 aa  92.8  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  26.36 
 
 
468 aa  90.9  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  28.65 
 
 
325 aa  90.5  7e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  27.37 
 
 
313 aa  87.8  5e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  28.7 
 
 
309 aa  86.3  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  27.68 
 
 
320 aa  86.7  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  26.05 
 
 
310 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  25.9 
 
 
364 aa  85.1  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0576  DNA-cytosine methyltransferase  29.51 
 
 
313 aa  85.1  0.000000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1628  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.49 
 
 
359 aa  84.7  0.000000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  33.53 
 
 
438 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  27.3 
 
 
313 aa  84.7  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  25.76 
 
 
423 aa  84.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  27.25 
 
 
415 aa  84.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1183  hypothetical protein  28.65 
 
 
352 aa  84  0.000000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.401368  normal  0.0474441 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  26.69 
 
 
438 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  24.31 
 
 
335 aa  83.2  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  26.25 
 
 
395 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  24.73 
 
 
423 aa  80.9  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  25.65 
 
 
342 aa  80.5  0.00000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  26.19 
 
 
421 aa  79.3  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  23.59 
 
 
365 aa  79  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06638  C5 cytosine methyltransferase DmtAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q876R1]  26.02 
 
 
615 aa  78.6  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0121285  normal  0.227283 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  32 
 
 
440 aa  78.6  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  32 
 
 
440 aa  78.6  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  25.38 
 
 
418 aa  78.2  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  25.32 
 
 
468 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  25.38 
 
 
418 aa  78.2  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  26.74 
 
 
375 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  28.42 
 
 
373 aa  77.8  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0700  DNA-cytosine methyltransferase  27.27 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2193  DNA-cytosine methyltransferase  26.59 
 
 
358 aa  76.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.877984  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1008  DNA-cytosine methyltransferase  25.51 
 
 
367 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  25.75 
 
 
371 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  26.86 
 
 
361 aa  75.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.93 
 
 
415 aa  74.7  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  23.33 
 
 
474 aa  74.7  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  32.22 
 
 
657 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  24.65 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  27.78 
 
 
323 aa  74.3  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.93 
 
 
304 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1673  DNA-cytosine methyltransferase  25.13 
 
 
366 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  25.28 
 
 
340 aa  72.4  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  25.25 
 
 
671 aa  72.4  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  30.9 
 
 
489 aa  72.4  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  24.16 
 
 
424 aa  72  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  27.54 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.04 
 
 
387 aa  71.2  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  26.04 
 
 
465 aa  71.6  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  23.99 
 
 
689 aa  71.2  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  23.83 
 
 
385 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  25.85 
 
 
686 aa  70.5  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0938  DNA-cytosine methyltransferase  26.01 
 
 
355 aa  70.5  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.79 
 
 
698 aa  70.5  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  25.48 
 
 
361 aa  70.1  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  27.32 
 
 
390 aa  70.1  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  26.53 
 
 
399 aa  69.7  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  25.07 
 
 
368 aa  69.7  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  29.19 
 
 
389 aa  69.3  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  27.75 
 
 
452 aa  69.3  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  25.26 
 
 
388 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4678  DNA-cytosine methyltransferase  22.97 
 
 
345 aa  68.6  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201023  normal  0.324334 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  25.57 
 
 
312 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  27.15 
 
 
362 aa  68.2  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  25.14 
 
 
365 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  25.57 
 
 
334 aa  67.4  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  25.81 
 
 
406 aa  67.4  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  24.8 
 
 
355 aa  67  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  25.14 
 
 
356 aa  67  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  24.74 
 
 
362 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  23.42 
 
 
361 aa  66.2  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  25.2 
 
 
370 aa  66.6  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3681  modification methylase HgiDII  26.03 
 
 
344 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  30.15 
 
 
381 aa  65.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.44 
 
 
375 aa  65.1  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.46 
 
 
405 aa  64.7  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  24.26 
 
 
434 aa  64.7  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  24.8 
 
 
454 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  25.5 
 
 
379 aa  64.3  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  24.93 
 
 
414 aa  63.5  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  24.09 
 
 
358 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  26.1 
 
 
323 aa  61.6  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
373 aa  62  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0891  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.19 
 
 
397 aa  61.2  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  25.56 
 
 
317 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  26.02 
 
 
366 aa  60.8  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1175  DNA-cytosine methyltransferase  24.18 
 
 
349 aa  60.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  24.87 
 
 
491 aa  59.7  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  29.73 
 
 
434 aa  59.3  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>