More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4956 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4956  GntR domain protein  100 
 
 		 258 aa  515  1.0000000000000001e-145  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.114514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4929  GntR domain protein  77.6 
 
 		 251 aa  342  4e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.49385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  32.27 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.38 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.38 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.38 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.38 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.38 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  33.19 
 
 		 240 aa  99.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.05 
 
 		 268 aa  99  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  31.72 
 
 		 241 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 255 aa  96.3  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.82 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  32.16 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  34.07 
 
 		 268 aa  93.6  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  29.77 
 
 		 227 aa  93.6  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  29.87 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  29.87 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  29.87 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.87 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1674  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 246 aa  92.4  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 233 aa  92.4  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  32.31 
 
 		 255 aa  92  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  33.02 
 
 		 239 aa  92  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.87 
 
 		 257 aa  92  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.87 
 
 		 257 aa  92  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.87 
 
 		 257 aa  92  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 252 aa  91.3  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.87 
 
 		 257 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 239 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  32.07 
 
 		 258 aa  90.5  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 366 aa  90.9  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 239 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 239 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.09 
 
 		 257 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  33.76 
 
 		 256 aa  90.1  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.33 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  34.26 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  31.82 
 
 		 245 aa  89  8e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  33.47 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.86 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2282  regulatory protein GntR, HTH  34.84 
 
 		 282 aa  87  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186933 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4061  regulatory protein GntR, HTH  34.58 
 
 		 242 aa  87  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 251 aa  86.7  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 272 aa  85.9  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  31.39 
 
 		 255 aa  85.5  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0606  GntR domain-containing protein  30.16 
 
 		 245 aa  85.1  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  31.28 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0508  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0519  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  30.57 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  31 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  30.96 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  32.43 
 
 		 261 aa  83.2  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  31.14 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  34.48 
 
 		 273 aa  82.8  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0503  GntR domain protein  30.4 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232387 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.16 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  31.72 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0497  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 242 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.394596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  31.51 
 
 		 234 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  31.67 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  33.62 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  30.88 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.43 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.3 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  31.88 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  31.28 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  33.02 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  33.62 
 
 		 253 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  30.34 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  32.29 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0271  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5224  GntR domain protein  34.63 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  31.08 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000113894  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  32 
 
 		 273 aa  79  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0839  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.642765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>