More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4929 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4929  GntR domain protein  100 
 
 		 251 aa  496  1e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.49385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4956  GntR domain protein  77.6 
 
 		 258 aa  373  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.114514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.61 
 
 		 257 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.61 
 
 		 257 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.61 
 
 		 257 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.61 
 
 		 257 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.61 
 
 		 257 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.33 
 
 		 268 aa  99.4  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  31.47 
 
 		 241 aa  99  7e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  34.25 
 
 		 231 aa  97.8  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  31.14 
 
 		 238 aa  96.3  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.05 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  34.62 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 233 aa  93.6  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 252 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  30.6 
 
 		 257 aa  92  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  30.6 
 
 		 257 aa  92  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.6 
 
 		 257 aa  92  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  30.6 
 
 		 257 aa  92  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.6 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.6 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.6 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.33 
 
 		 256 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.4 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.19 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.6 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.92 
 
 		 256 aa  89.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  30.32 
 
 		 258 aa  89.4  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 255 aa  88.6  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  28.64 
 
 		 227 aa  88.2  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 249 aa  88.2  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  32.63 
 
 		 285 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0508  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.17 
 
 		 254 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.61 
 
 		 255 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0519  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2160  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.75 
 
 		 254 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167061  normal  0.198333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31 
 
 		 263 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.62 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.76 
 
 		 255 aa  86.3  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  31.67 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0497  GntR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 242 aa  85.1  9e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.394596  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 270 aa  85.1  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  34.93 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  34.43 
 
 		 270 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  33.95 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  33.2 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.92 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  33.18 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0606  GntR domain-containing protein  31.58 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  32.02 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  31.53 
 
 		 261 aa  82  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.78 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.03 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.4 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  34.63 
 
 		 268 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.4 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.4 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  34.76 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4920  GntR domain protein  36 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.774759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.25 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  32.76 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  30.99 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.4 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.3 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.65 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  33.64 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  33.77 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  31.13 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2203  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.13 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.73 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5224  GntR domain protein  35.93 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2282  regulatory protein GntR, HTH  35.62 
 
 		 282 aa  79  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186933 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7453  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  35.67 
 
 		 253 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 243 aa  79  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 249 aa  79  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  32.74 
 
 		 251 aa  78.6  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 217 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  33.91 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  30 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  33.8 
 
 		 236 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.39 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  33.95 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.26 
 
 		 264 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>