More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2587 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
492 aa  999    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1286  AMP-dependent synthetase and ligase  52.65 
 
 
507 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.512902 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.35 
 
 
507 aa  227  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 
483 aa  221  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2668  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  39.9 
 
 
495 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558529  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 
730 aa  213  5.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  34.23 
 
 
486 aa  210  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  35.43 
 
 
481 aa  205  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3829  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 
498 aa  205  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3943  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 
475 aa  205  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  34.08 
 
 
506 aa  203  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.23 
 
 
519 aa  202  9e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  33.87 
 
 
489 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 
489 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 
484 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  33.76 
 
 
487 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0952  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.73 
 
 
743 aa  195  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.623495  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 
487 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  31.73 
 
 
478 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03393  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.33 
 
 
504 aa  190  5e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 
493 aa  179  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  26.52 
 
 
603 aa  160  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  27.43 
 
 
603 aa  159  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  32.32 
 
 
811 aa  154  4e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 
592 aa  154  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 
824 aa  152  1e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 
580 aa  152  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  29.9 
 
 
580 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  27.24 
 
 
602 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4517  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 
493 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 
509 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  25.19 
 
 
603 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 
487 aa  144  3e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  26.71 
 
 
546 aa  143  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.59 
 
 
610 aa  143  6e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 
503 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  26.77 
 
 
620 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  26.27 
 
 
633 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  25.73 
 
 
607 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  26.53 
 
 
605 aa  140  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.69 
 
 
482 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.54 
 
 
611 aa  138  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  25.85 
 
 
607 aa  139  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.23 
 
 
500 aa  139  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 
608 aa  138  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  24.48 
 
 
812 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.64 
 
 
514 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  27.01 
 
 
610 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.49 
 
 
482 aa  137  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.56 
 
 
610 aa  137  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3746  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 
819 aa  136  8e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00175337  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 
601 aa  136  8e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 
612 aa  136  8e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.09 
 
 
482 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.09 
 
 
481 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  23.48 
 
 
551 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  26.02 
 
 
555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 
554 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  25.71 
 
 
610 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  25.05 
 
 
551 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 
554 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 
554 aa  134  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.18 
 
 
482 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.42 
 
 
481 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.49 
 
 
481 aa  134  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  25.62 
 
 
551 aa  134  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  25.65 
 
 
630 aa  133  6e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  26.28 
 
 
563 aa  133  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  27 
 
 
618 aa  133  6.999999999999999e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  30.38 
 
 
510 aa  133  9e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  24.42 
 
 
554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.09 
 
 
482 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.6 
 
 
491 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  22.92 
 
 
554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  23.29 
 
 
554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0193  AMP-binding enzyme family protein  27.34 
 
 
564 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.23 
 
 
513 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  23.97 
 
 
551 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  26.91 
 
 
596 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  22.92 
 
 
554 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.29 
 
 
481 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 
591 aa  131  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  25.79 
 
 
612 aa  131  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 
615 aa  131  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.18 
 
 
482 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  22.92 
 
 
554 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1087  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 
473 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.09 
 
 
481 aa  130  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  23.72 
 
 
559 aa  130  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  32.24 
 
 
4575 aa  130  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.63 
 
 
486 aa  130  8.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  26.01 
 
 
587 aa  129  9.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  22.74 
 
 
554 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  26.87 
 
 
601 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  26.1 
 
 
610 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  26.31 
 
 
612 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.45 
 
 
602 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  33.11 
 
 
605 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  25.63 
 
 
601 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1613  AMP-dependent synthetase and ligase:phospholipid/glycerol acyltransferase  30.43 
 
 
824 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000011138  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>