More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3350 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
493 aa  1000    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  56.64 
 
 
487 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  57.35 
 
 
489 aa  535  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  57.14 
 
 
489 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  56.97 
 
 
487 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  51.64 
 
 
506 aa  436  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  52.04 
 
 
486 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  51.35 
 
 
481 aa  388  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  42.44 
 
 
730 aa  332  1e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3829  AMP-dependent synthetase and ligase  39.36 
 
 
498 aa  313  5.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.71 
 
 
507 aa  309  5.9999999999999995e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2668  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  43.66 
 
 
495 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558529  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3943  AMP-dependent synthetase and ligase  41.54 
 
 
475 aa  301  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  40.82 
 
 
484 aa  296  7e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  42.53 
 
 
483 aa  294  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.23 
 
 
519 aa  287  4e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03393  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  36.49 
 
 
504 aa  279  7e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0952  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 
743 aa  265  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.623495  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  39.5 
 
 
478 aa  249  8e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1286  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
507 aa  174  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.512902 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 
492 aa  174  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  26.91 
 
 
603 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 
546 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  30.07 
 
 
591 aa  152  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 
603 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  27.81 
 
 
509 aa  151  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  31.44 
 
 
602 aa  151  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  28.02 
 
 
580 aa  150  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  28.02 
 
 
580 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4517  AMP-dependent synthetase and ligase  31.07 
 
 
493 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.43 
 
 
603 aa  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  31.34 
 
 
605 aa  147  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  26.13 
 
 
610 aa  144  4e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 
824 aa  143  6e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 
616 aa  143  8e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.9 
 
 
598 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.62 
 
 
599 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 
600 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  29.71 
 
 
811 aa  141  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  28.11 
 
 
604 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  25.64 
 
 
547 aa  140  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 
604 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  26.52 
 
 
605 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 
604 aa  140  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  28.84 
 
 
606 aa  140  6e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 
595 aa  139  7.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.21 
 
 
610 aa  140  7.999999999999999e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.94 
 
 
597 aa  140  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 
601 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  27.76 
 
 
594 aa  139  8.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  25.04 
 
 
607 aa  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  27.36 
 
 
604 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 
622 aa  138  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  28.7 
 
 
600 aa  138  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23800  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.19 
 
 
937 aa  137  4e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  27.08 
 
 
610 aa  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 
593 aa  137  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 
607 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  29.23 
 
 
567 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  26.58 
 
 
618 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 
604 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 
599 aa  134  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  29.01 
 
 
597 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 
596 aa  134  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 
610 aa  133  6.999999999999999e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 
612 aa  133  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583601  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.81 
 
 
612 aa  132  1.0000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 
597 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  27.39 
 
 
612 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 
487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  29.66 
 
 
601 aa  132  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  28.94 
 
 
597 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 
597 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 
597 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 
599 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  25.83 
 
 
610 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 
630 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  28.33 
 
 
596 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  26.75 
 
 
602 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 
812 aa  131  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  26.11 
 
 
609 aa  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1677  AMP-binding enzyme/acyltransferase  33.24 
 
 
824 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  29.86 
 
 
615 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.05 
 
 
602 aa  130  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  26.53 
 
 
619 aa  130  6e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 
604 aa  130  7.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  28.07 
 
 
602 aa  129  8.000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  33.03 
 
 
592 aa  130  8.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  26.6 
 
 
611 aa  130  8.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3483  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 
620 aa  129  9.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.104174  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.11 
 
 
606 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.31 
 
 
606 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.44 
 
 
612 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  26.03 
 
 
592 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 
615 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  26.6 
 
 
600 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  28.47 
 
 
587 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2216  AMP-dependent synthetase and ligase  28.84 
 
 
825 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.108926  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 
633 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 
606 aa  127  3e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>