More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3313 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  82.41 
 
 		 489 aa  795    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  77.66 
 
 		 487 aa  758    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 487 aa  981    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  82.62 
 
 		 489 aa  796    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  56.97 
 
 		 493 aa  499  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  51.2 
 
 		 486 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  47.64 
 
 		 506 aa  385  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  48.58 
 
 		 481 aa  357  3.9999999999999996e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  43.28 
 
 		 730 aa  332  1e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  44.73 
 
 		 483 aa  305  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  41.82 
 
 		 484 aa  300  5e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3943  AMP-dependent synthetase and ligase  41.23 
 
 		 475 aa  287  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2668  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  43.9 
 
 		 495 aa  279  8e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.14 
 
 		 507 aa  278  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 		 519 aa  277  3e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3829  AMP-dependent synthetase and ligase  39.75 
 
 		 498 aa  277  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0952  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.29 
 
 		 743 aa  274  2.0000000000000002e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.623495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03393  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  39.37 
 
 		 504 aa  269  8.999999999999999e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  39.12 
 
 		 478 aa  244  3e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 492 aa  176  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4517  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 493 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 580 aa  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  30.71 
 
 		 580 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 603 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 546 aa  141  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  27.95 
 
 		 603 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  31.71 
 
 		 811 aa  140  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.54 
 
 		 610 aa  138  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 		 603 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  30.12 
 
 		 609 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1286  AMP-dependent synthetase and ligase  43.36 
 
 		 507 aa  136  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.512902 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  28.67 
 
 		 592 aa  136  9e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.5 
 
 		 604 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 824 aa  136  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  25.71 
 
 		 610 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.53 
 
 		 604 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 605 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 604 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 604 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.95 
 
 		 597 aa  133  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 600 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  31.39 
 
 		 509 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  25.92 
 
 		 812 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  25.71 
 
 		 592 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.66 
 
 		 612 aa  131  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.13 
 
 		 563 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.85 
 
 		 630 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  26.57 
 
 		 607 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  25.41 
 
 		 607 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  25.52 
 
 		 612 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 594 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  26.14 
 
 		 602 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  28.09 
 
 		 605 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.82 
 
 		 563 aa  127  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7362  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 		 624 aa  127  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.942718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.93 
 
 		 563 aa  127  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.05 
 
 		 602 aa  127  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  29.19 
 
 		 547 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 		 605 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 		 595 aa  125  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  27.72 
 
 		 591 aa  125  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 599 aa  125  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 596 aa  125  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  26.24 
 
 		 610 aa  124  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  29.39 
 
 		 610 aa  125  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 		 620 aa  124  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 		 619 aa  124  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23800  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.01 
 
 		 937 aa  124  4e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  26.62 
 
 		 607 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 597 aa  124  5e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 615 aa  124  5e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  27.58 
 
 		 592 aa  123  7e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  27.03 
 
 		 590 aa  123  8e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.82 
 
 		 612 aa  123  9e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1619  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  29.75 
 
 		 624 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 		 605 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  26.74 
 
 		 600 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  28.68 
 
 		 601 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.43 
 
 		 611 aa  122  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 597 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1448  AMP-dependent synthetase and ligase  26.46 
 
 		 829 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 		 610 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 		 599 aa  121  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  26.73 
 
 		 604 aa  121  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 622 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 605 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 612 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 		 601 aa  120  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  25.36 
 
 		 633 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1232  AMP-dependent synthetase and ligase  29.66 
 
 		 576 aa  120  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  24.87 
 
 		 601 aa  120  7e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  26.33 
 
 		 590 aa  120  7e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.44 
 
 		 598 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  25.6 
 
 		 597 aa  119  9e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  25.6 
 
 		 597 aa  119  9e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0860  AMP-binding enzyme  33.6 
 
 		 682 aa  119  9.999999999999999e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  25.64 
 
 		 600 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1677  AMP-binding enzyme/acyltransferase  28.87 
 
 		 824 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  27.26 
 
 		 598 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2556  AMP-dependent synthetase and ligase  28.05 
 
 		 660 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>