More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4517 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4517  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
493 aa  1009    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3829  AMP-dependent synthetase and ligase  30.53 
 
 
498 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  32.08 
 
 
481 aa  169  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.42 
 
 
507 aa  167  5.9999999999999996e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 
487 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 
487 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  29.63 
 
 
489 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3943  AMP-dependent synthetase and ligase  27.82 
 
 
475 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 
506 aa  156  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03393  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  27.57 
 
 
504 aa  155  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 
489 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.27 
 
 
519 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  24.72 
 
 
610 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0952  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.05 
 
 
743 aa  147  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.623495  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  29.33 
 
 
486 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 
546 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  24.91 
 
 
610 aa  144  5e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  25.79 
 
 
618 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  24.91 
 
 
592 aa  141  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2969  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 
854 aa  141  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  30.57 
 
 
730 aa  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  24.29 
 
 
607 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  28.23 
 
 
812 aa  140  4.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  29.78 
 
 
811 aa  140  6e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3746  AMP-dependent synthetase and ligase  28.47 
 
 
819 aa  139  8.999999999999999e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00175337  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  25.68 
 
 
590 aa  139  8.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  25.85 
 
 
587 aa  139  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  25.83 
 
 
610 aa  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 
492 aa  138  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.14 
 
 
597 aa  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  26.52 
 
 
592 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.12 
 
 
610 aa  137  4e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 
824 aa  137  5e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  26.19 
 
 
609 aa  136  8e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 
605 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  25.85 
 
 
610 aa  136  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  27.56 
 
 
612 aa  136  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 
478 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  30.79 
 
 
493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 
600 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  24.19 
 
 
633 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1165  long-chain-fatty-acid CoA ligase  28.15 
 
 
1537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  27.9 
 
 
602 aa  132  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 
605 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  27.4 
 
 
483 aa  130  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 
499 aa  130  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  26.18 
 
 
632 aa  130  6e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 
620 aa  130  6e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  31.04 
 
 
649 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  27.14 
 
 
597 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1449  AMP-dependent synthetase and ligase  30.13 
 
 
826 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  24.62 
 
 
606 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  27.88 
 
 
597 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  27.19 
 
 
580 aa  127  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  28.54 
 
 
602 aa  127  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  27.97 
 
 
918 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  24.71 
 
 
591 aa  127  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  26.75 
 
 
603 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  27.19 
 
 
580 aa  127  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 
560 aa  127  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  26.91 
 
 
596 aa  126  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 
595 aa  126  9e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  24.58 
 
 
551 aa  126  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1677  AMP-binding enzyme/acyltransferase  28.08 
 
 
824 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  26.33 
 
 
605 aa  124  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 
619 aa  125  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  25.44 
 
 
555 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  23.73 
 
 
601 aa  124  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  24.41 
 
 
609 aa  124  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000455356 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 
609 aa  124  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1613  AMP-dependent synthetase and ligase:phospholipid/glycerol acyltransferase  27.95 
 
 
824 aa  124  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000011138  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  22.98 
 
 
637 aa  123  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 
590 aa  123  8e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0779  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.17 
 
 
614 aa  123  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546194  hitchhiker  0.00265448 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1224  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 
1538 aa  123  9e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 
599 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1326  AMP-dependent synthetase and ligase  26.09 
 
 
1538 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.683911  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 
609 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 
603 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  25.93 
 
 
592 aa  122  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.06 
 
 
602 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  26.17 
 
 
599 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 
612 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583601  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  25.36 
 
 
592 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  26.92 
 
 
603 aa  121  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  28.41 
 
 
613 aa  121  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4370  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 
601 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1847  AMP-dependent synthetase and ligase  26.48 
 
 
609 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1619  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  26.99 
 
 
624 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 
596 aa  120  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1232  AMP-dependent synthetase and ligase  25.1 
 
 
576 aa  120  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  25.94 
 
 
607 aa  119  9e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  25.51 
 
 
602 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.49 
 
 
598 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 
590 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2216  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 
825 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.108926  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  25.93 
 
 
607 aa  119  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2243  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 
562 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.868297 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.97 
 
 
510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.91 
 
 
510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>