More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3943 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_3943  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
475 aa  966    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  49.48 
 
 
478 aa  431  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0952  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44 
 
 
743 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.623495  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  46.22 
 
 
486 aa  361  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.4 
 
 
507 aa  352  8e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.07 
 
 
519 aa  346  5e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  42.12 
 
 
481 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  44.47 
 
 
506 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  43.29 
 
 
730 aa  334  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  42.68 
 
 
489 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  42.08 
 
 
489 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2668  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  42.22 
 
 
495 aa  311  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558529  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  41.53 
 
 
487 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  41.16 
 
 
487 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3829  AMP-dependent synthetase and ligase  40.89 
 
 
498 aa  307  3e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  41.46 
 
 
483 aa  296  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  41.42 
 
 
484 aa  295  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 
493 aa  294  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03393  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.89 
 
 
504 aa  260  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 
492 aa  203  6e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1286  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 
507 aa  193  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.512902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4517  AMP-dependent synthetase and ligase  27.72 
 
 
493 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  26.98 
 
 
620 aa  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 
509 aa  148  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  27.02 
 
 
546 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  26.57 
 
 
580 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  26.57 
 
 
580 aa  137  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  24.01 
 
 
602 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  29.37 
 
 
811 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  27.23 
 
 
603 aa  131  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  23.86 
 
 
610 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  24.53 
 
 
547 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  26.43 
 
 
600 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  27.37 
 
 
615 aa  127  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  24.74 
 
 
554 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  26.86 
 
 
520 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  24.69 
 
 
601 aa  124  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.86 
 
 
491 aa  124  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  26.37 
 
 
596 aa  124  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 
487 aa  124  4e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1619  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  27.32 
 
 
624 aa  124  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  24.45 
 
 
633 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  25.45 
 
 
599 aa  124  5e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.39 
 
 
602 aa  123  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  24.34 
 
 
607 aa  122  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  23.92 
 
 
554 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  24.74 
 
 
554 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  25.93 
 
 
602 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  25.85 
 
 
595 aa  122  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  27.31 
 
 
605 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  23.58 
 
 
554 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 
597 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1043  AMP-dependent synthetase and ligase  25.89 
 
 
504 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.683174  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  24.63 
 
 
590 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  23.51 
 
 
554 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  28.62 
 
 
824 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  23.79 
 
 
554 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  24 
 
 
554 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  24 
 
 
554 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  24.9 
 
 
622 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.53 
 
 
498 aa  120  6e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  23.55 
 
 
551 aa  120  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  24.61 
 
 
597 aa  119  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.7 
 
 
563 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  24.24 
 
 
603 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  27.07 
 
 
615 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  27.16 
 
 
601 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  26.88 
 
 
599 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 
508 aa  117  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  23.88 
 
 
598 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  22.86 
 
 
603 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.3 
 
 
599 aa  117  5e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  23.3 
 
 
598 aa  117  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  27.11 
 
 
602 aa  117  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  25.88 
 
 
555 aa  116  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 
600 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.11 
 
 
610 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  23.59 
 
 
812 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  25.56 
 
 
520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  22.75 
 
 
610 aa  114  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.7 
 
 
563 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  27.49 
 
 
525 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  25.35 
 
 
604 aa  114  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  26.54 
 
 
591 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0263  AMP-dependent synthetase and ligase  27.37 
 
 
564 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.679896  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 
605 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1601  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 
887 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.125454  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  25.48 
 
 
505 aa  114  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.775156  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  22.4 
 
 
551 aa  113  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  25.84 
 
 
632 aa  113  6e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.31 
 
 
602 aa  113  8.000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.19 
 
 
473 aa  113  8.000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  25.2 
 
 
607 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  24.19 
 
 
593 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  24.77 
 
 
603 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  23.33 
 
 
547 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  22.98 
 
 
597 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  23.82 
 
 
612 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22810  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.67 
 
 
500 aa  112  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  28.51 
 
 
612 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583601  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>