More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_1043 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1043  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
504 aa  1017    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.683174  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3272  AMP-dependent synthetase and ligase  66.14 
 
 
504 aa  625  1e-178  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.399263 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6317  AMP-dependent synthetase and ligase  59.06 
 
 
509 aa  577  1.0000000000000001e-163  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  58.57 
 
 
505 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.775156  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1087  AMP-dependent synthetase and ligase  35.57 
 
 
473 aa  193  6e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3736  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 
494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  31.53 
 
 
592 aa  171  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  26.96 
 
 
633 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4650  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 
534 aa  163  6e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0127701  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 
594 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.87 
 
 
630 aa  157  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  29.01 
 
 
546 aa  156  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  25.49 
 
 
598 aa  156  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 
633 aa  154  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  28.19 
 
 
551 aa  154  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 
580 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  30.29 
 
 
580 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.78 
 
 
610 aa  153  7e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  25.77 
 
 
610 aa  152  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  30.46 
 
 
553 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  30.46 
 
 
598 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  30.46 
 
 
598 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.19 
 
 
602 aa  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  25.84 
 
 
558 aa  150  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  27.57 
 
 
605 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  27.26 
 
 
591 aa  150  6e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.24 
 
 
563 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  27.37 
 
 
612 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  26.55 
 
 
603 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  32.08 
 
 
481 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 
599 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.88 
 
 
612 aa  147  4.0000000000000006e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.2 
 
 
563 aa  147  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  28.82 
 
 
551 aa  147  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 
599 aa  146  7.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  29 
 
 
632 aa  146  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.81 
 
 
563 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  25.31 
 
 
609 aa  144  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  27.84 
 
 
554 aa  144  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  25.35 
 
 
546 aa  144  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  26.92 
 
 
622 aa  144  4e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  26.33 
 
 
551 aa  144  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  27.4 
 
 
605 aa  144  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  29.11 
 
 
553 aa  143  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  28.45 
 
 
554 aa  143  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  27.43 
 
 
559 aa  143  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  26.52 
 
 
555 aa  143  8e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  28.45 
 
 
554 aa  143  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  27.34 
 
 
599 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 
612 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 
554 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  23.73 
 
 
592 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  25.54 
 
 
603 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  24.59 
 
 
607 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  26.65 
 
 
555 aa  140  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  28.36 
 
 
605 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  27.49 
 
 
603 aa  139  8.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  31.89 
 
 
486 aa  139  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 
554 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  28.47 
 
 
615 aa  139  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  28.05 
 
 
567 aa  139  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
554 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
554 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  25.41 
 
 
600 aa  138  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 
551 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  28.05 
 
 
597 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  27.4 
 
 
551 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 
730 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 
554 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  24.28 
 
 
603 aa  137  4e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  26.04 
 
 
555 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 
483 aa  137  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  25.55 
 
 
601 aa  136  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 
554 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  26.63 
 
 
547 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  25.46 
 
 
595 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  24.35 
 
 
610 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  24.91 
 
 
598 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  23.94 
 
 
601 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  27.59 
 
 
601 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  23.94 
 
 
601 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  24.9 
 
 
555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  24.33 
 
 
610 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 
600 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  24.42 
 
 
597 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  23.94 
 
 
588 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  26.06 
 
 
602 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  26.68 
 
 
603 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  25.36 
 
 
601 aa  134  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_54151  long chain acyl-CoA synthetase  25.05 
 
 
702 aa  134  3.9999999999999996e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  26.38 
 
 
597 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  27.44 
 
 
602 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  27.24 
 
 
608 aa  133  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1326  AMP-dependent synthetase and ligase  29.61 
 
 
1538 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.683911  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1224  AMP-dependent synthetase and ligase  30.18 
 
 
1538 aa  133  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1165  long-chain-fatty-acid CoA ligase  29.84 
 
 
1537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  25.18 
 
 
604 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  25.13 
 
 
604 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  24.77 
 
 
598 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  25.31 
 
 
601 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>