More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_1087 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_1087  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
473 aa  929    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1043  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 
504 aa  196  1e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.683174  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 
505 aa  183  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.775156  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3272  AMP-dependent synthetase and ligase  36.46 
 
 
504 aa  169  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.399263 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6317  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 
509 aa  166  5.9999999999999996e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.82 
 
 
610 aa  139  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  29.63 
 
 
599 aa  139  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  26.86 
 
 
605 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 
592 aa  136  7.000000000000001e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  24.73 
 
 
609 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  25.05 
 
 
607 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  24.6 
 
 
610 aa  131  3e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  25.55 
 
 
607 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 
599 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 
487 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  28.69 
 
 
546 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  23.3 
 
 
610 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  30.09 
 
 
602 aa  126  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 
509 aa  126  8.000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 
492 aa  126  9e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  24.46 
 
 
592 aa  126  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  26.49 
 
 
605 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 
612 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 
812 aa  124  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  28.37 
 
 
632 aa  124  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.62 
 
 
611 aa  124  5e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  27.25 
 
 
602 aa  123  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  29.38 
 
 
616 aa  122  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  25.84 
 
 
604 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0193  AMP-binding enzyme family protein  30.32 
 
 
564 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  25.84 
 
 
604 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.64 
 
 
597 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  27.63 
 
 
602 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 
602 aa  121  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
620 aa  120  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  27.79 
 
 
600 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  29.94 
 
 
615 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  25.71 
 
 
604 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 
615 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.37 
 
 
610 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.38 
 
 
599 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 
612 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  26.73 
 
 
605 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  23.4 
 
 
610 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.75 
 
 
563 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3736  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 
494 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  26.4 
 
 
647 aa  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 
608 aa  117  5e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  28.57 
 
 
580 aa  117  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0263  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 
564 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.679896  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
580 aa  117  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 
596 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  26.01 
 
 
602 aa  116  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  32.21 
 
 
489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.15 
 
 
563 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 
590 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  29.81 
 
 
599 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  32.31 
 
 
489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  31 
 
 
630 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  27.13 
 
 
596 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 
597 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  26.57 
 
 
600 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  25.26 
 
 
598 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  23.57 
 
 
592 aa  114  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  26.87 
 
 
622 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
633 aa  114  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.5 
 
 
563 aa  113  7.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  24.7 
 
 
600 aa  113  8.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  26.99 
 
 
604 aa  113  8.000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  23.8 
 
 
587 aa  113  9e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  24.15 
 
 
594 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.49 
 
 
599 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.84 
 
 
602 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2243  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 
562 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.868297 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 
487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  26.02 
 
 
551 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  22.92 
 
 
598 aa  111  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 
603 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0052  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 
903 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  21.55 
 
 
519 aa  110  5e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 
606 aa  110  5e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  25.6 
 
 
598 aa  110  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  28.1 
 
 
602 aa  110  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  26.6 
 
 
555 aa  110  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  27.34 
 
 
599 aa  110  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  32.04 
 
 
481 aa  110  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.96 
 
 
612 aa  109  8.000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  25.35 
 
 
618 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  24.75 
 
 
558 aa  109  9.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  27.19 
 
 
677 aa  109  9.000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  27.63 
 
 
607 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  26.48 
 
 
600 aa  109  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  27.1 
 
 
606 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  25.23 
 
 
559 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 
608 aa  109  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  25.48 
 
 
602 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  26.2 
 
 
623 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  27.89 
 
 
606 aa  109  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 
567 aa  109  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  26.34 
 
 
612 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.549892 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>