More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3272 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3272  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 504 aa  1014    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.399263 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1043  AMP-dependent synthetase and ligase  66.14 
 
 		 504 aa  658    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.683174  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6317  AMP-dependent synthetase and ligase  56.61 
 
 		 509 aa  559  1e-158  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  56.89 
 
 		 505 aa  558  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.775156  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1087  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 473 aa  181  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4650  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 534 aa  168  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0127701  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3736  AMP-dependent synthetase and ligase  30.95 
 
 		 494 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 		 594 aa  162  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 559 aa  158  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  29.49 
 
 		 599 aa  157  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 555 aa  156  7e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.17 
 
 		 563 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  28.68 
 
 		 551 aa  153  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  27.9 
 
 		 551 aa  153  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  27.42 
 
 		 555 aa  150  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  27.21 
 
 		 595 aa  150  6e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  28.54 
 
 		 554 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  28.51 
 
 		 555 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 		 546 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  28.23 
 
 		 546 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  28.46 
 
 		 554 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  27.7 
 
 		 559 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  27.87 
 
 		 555 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 551 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  26.86 
 
 		 591 aa  147  3e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  27.95 
 
 		 563 aa  146  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  26.84 
 
 		 605 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 		 604 aa  146  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  26.48 
 
 		 602 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  26.2 
 
 		 633 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 604 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.52 
 
 		 563 aa  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  25.09 
 
 		 610 aa  144  3e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  24.86 
 
 		 598 aa  144  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  26.81 
 
 		 633 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 		 554 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 		 592 aa  144  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 		 554 aa  144  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  27.94 
 
 		 554 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 		 554 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 		 609 aa  143  7e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 		 554 aa  143  8e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.68 
 
 		 602 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  27.11 
 
 		 604 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 		 554 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  26.87 
 
 		 603 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.31 
 
 		 610 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 		 554 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  27.9 
 
 		 555 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 		 616 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  29.96 
 
 		 580 aa  141  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 		 599 aa  141  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  26.28 
 
 		 560 aa  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.5 
 
 		 599 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 730 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  26.24 
 
 		 602 aa  140  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 		 580 aa  140  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.82 
 
 		 610 aa  140  7e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  26.76 
 
 		 547 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 		 597 aa  139  7.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  27.4 
 
 		 606 aa  139  8.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  28.45 
 
 		 598 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  28.45 
 
 		 553 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  25.68 
 
 		 622 aa  138  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  28.45 
 
 		 598 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 		 551 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  26.26 
 
 		 555 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  23.91 
 
 		 598 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 		 599 aa  137  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  26.37 
 
 		 597 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 601 aa  136  7.000000000000001e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  25.51 
 
 		 604 aa  136  7.000000000000001e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  25.91 
 
 		 600 aa  136  9e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  24.64 
 
 		 598 aa  136  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.14 
 
 		 599 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 630 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  26.88 
 
 		 600 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  27.52 
 
 		 553 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  28.19 
 
 		 608 aa  135  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  26.8 
 
 		 602 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  27.56 
 
 		 519 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  27.66 
 
 		 604 aa  134  3.9999999999999996e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 		 597 aa  134  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 		 551 aa  134  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  26.16 
 
 		 547 aa  134  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  27.37 
 
 		 635 aa  133  6.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.522834  normal  0.0456544 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  26.11 
 
 		 547 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2941  AMP-dependent synthetase and ligase  25.75 
 
 		 773 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.227779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.65 
 
 		 563 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1224  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 1538 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1165  long-chain-fatty-acid CoA ligase  30 
 
 		 1537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 		 824 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  27.02 
 
 		 575 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1326  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 1538 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.683911  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  25.55 
 
 		 558 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  26.68 
 
 		 603 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  24.28 
 
 		 601 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  24.28 
 
 		 601 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  30.69 
 
 		 811 aa  131  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3483  AMP-dependent synthetase and ligase  31.94 
 
 		 620 aa  131  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.104174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>