More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2597 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  100 
 
 		 602 aa  1219    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  55.52 
 
 		 602 aa  660    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  61.2 
 
 		 605 aa  719    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  52.68 
 
 		 601 aa  616  1e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  55.09 
 
 		 620 aa  616  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  50.4 
 
 		 663 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1168  AMP-dependent synthetase and ligase  48.83 
 
 		 616 aa  527  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.549582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1417  AMP-dependent synthetase and ligase  46.03 
 
 		 645 aa  523  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000978143  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0779  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.05 
 
 		 614 aa  507  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546194  hitchhiker  0.00265448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  46.34 
 
 		 647 aa  496  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1847  AMP-dependent synthetase and ligase  45.65 
 
 		 609 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  45.65 
 
 		 609 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  49.43 
 
 		 509 aa  474  1e-132  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  38.87 
 
 		 633 aa  385  1e-105  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  41.95 
 
 		 612 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.21 
 
 		 610 aa  352  1e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.21 
 
 		 610 aa  351  2e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 607 aa  347  3e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 		 592 aa  346  7e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  33.44 
 
 		 603 aa  343  8e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 610 aa  334  3e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 610 aa  333  4e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 		 605 aa  332  1e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 610 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  33.55 
 
 		 603 aa  325  1e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 604 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 604 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 630 aa  320  3e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0191  AMP-dependent synthetase and ligase  34.14 
 
 		 605 aa  320  3.9999999999999996e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.353972  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 		 604 aa  318  3e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 609 aa  317  4e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 603 aa  317  5e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 597 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  35.32 
 
 		 597 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  32.71 
 
 		 597 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 601 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 597 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 598 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 612 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  33.16 
 
 		 601 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  33.69 
 
 		 597 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  33.33 
 
 		 568 aa  311  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 601 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 597 aa  311  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 601 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 605 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.38 
 
 		 597 aa  311  2.9999999999999997e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 594 aa  311  2.9999999999999997e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  31.93 
 
 		 602 aa  310  6.999999999999999e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 601 aa  309  8e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 598 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  32.44 
 
 		 601 aa  307  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 601 aa  307  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 		 593 aa  306  9.000000000000001e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  32.49 
 
 		 588 aa  306  1.0000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 		 580 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  35.86 
 
 		 580 aa  303  5.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2949  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 591 aa  303  8.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179874  normal  0.0506355 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 597 aa  302  9e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 599 aa  302  1e-80  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.53 
 
 		 602 aa  302  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 607 aa  301  2e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.11 
 
 		 601 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 616 aa  300  5e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 598 aa  298  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 604 aa  297  4e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 598 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 617 aa  296  1e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 602 aa  295  2e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 		 604 aa  294  4e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 		 637 aa  293  9e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 599 aa  292  9e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 		 597 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 		 597 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 		 597 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  32.27 
 
 		 590 aa  291  2e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  33.04 
 
 		 592 aa  291  3e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  33.62 
 
 		 602 aa  291  3e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  34.14 
 
 		 599 aa  291  3e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 633 aa  290  4e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.25 
 
 		 601 aa  290  6e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 601 aa  287  5e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  31.57 
 
 		 596 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  33.16 
 
 		 592 aa  286  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  31.71 
 
 		 587 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 		 605 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 601 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 		 599 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 598 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 		 600 aa  284  3.0000000000000004e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 		 615 aa  284  4.0000000000000003e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  30.95 
 
 		 602 aa  283  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 601 aa  283  9e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 600 aa  282  1e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2120  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 672 aa  282  1e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.342483  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  35.55 
 
 		 607 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 546 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 		 601 aa  281  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 		 622 aa  278  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 606 aa  277  3e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>