More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2709 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  100 
 
 		 489 aa  982    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  82.41 
 
 		 487 aa  795    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  77.1 
 
 		 487 aa  748    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  96.73 
 
 		 489 aa  953    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  57.35 
 
 		 493 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  53.4 
 
 		 486 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  50.32 
 
 		 506 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  49.45 
 
 		 481 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  45.17 
 
 		 730 aa  350  4e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  42.41 
 
 		 484 aa  313  2.9999999999999996e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  45.11 
 
 		 483 aa  313  2.9999999999999996e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3943  AMP-dependent synthetase and ligase  42.77 
 
 		 475 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3829  AMP-dependent synthetase and ligase  41.06 
 
 		 498 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.79 
 
 		 507 aa  293  6e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03393  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  39.38 
 
 		 504 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.84 
 
 		 519 aa  278  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2668  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  43.33 
 
 		 495 aa  276  8e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0952  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.87 
 
 		 743 aa  273  6e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.623495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  39.83 
 
 		 478 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 492 aa  184  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4517  AMP-dependent synthetase and ligase  29.63 
 
 		 493 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  28.84 
 
 		 546 aa  158  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  28.82 
 
 		 580 aa  156  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  29.5 
 
 		 603 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  28.63 
 
 		 580 aa  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1286  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 507 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.512902 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  27.42 
 
 		 812 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  26.17 
 
 		 824 aa  149  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  27.69 
 
 		 609 aa  147  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  24.96 
 
 		 590 aa  145  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  30.81 
 
 		 811 aa  143  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 		 597 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  26.82 
 
 		 607 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 605 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  27.63 
 
 		 592 aa  140  6e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 596 aa  140  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 604 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 509 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.31 
 
 		 514 aa  138  3.0000000000000003e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  29.22 
 
 		 597 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.34 
 
 		 563 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  25 
 
 		 587 aa  137  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 604 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 604 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  28.5 
 
 		 603 aa  136  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 594 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 605 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.72 
 
 		 563 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 		 620 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  24.7 
 
 		 610 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  23.67 
 
 		 607 aa  134  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 592 aa  134  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.1 
 
 		 603 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  26.44 
 
 		 592 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  27.36 
 
 		 591 aa  133  6e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.74 
 
 		 612 aa  132  1.0000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 		 602 aa  132  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  27.88 
 
 		 600 aa  132  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  24.92 
 
 		 651 aa  131  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  30.61 
 
 		 610 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  28.99 
 
 		 590 aa  131  4.0000000000000003e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  28.63 
 
 		 607 aa  130  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  24.95 
 
 		 610 aa  130  6e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1232  AMP-dependent synthetase and ligase  30.59 
 
 		 576 aa  130  7.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  27.51 
 
 		 600 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1677  AMP-binding enzyme/acyltransferase  28.69 
 
 		 824 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  25.78 
 
 		 612 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.61 
 
 		 630 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 		 605 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.02 
 
 		 612 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.74 
 
 		 597 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1448  AMP-dependent synthetase and ligase  22.57 
 
 		 829 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 615 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  25.61 
 
 		 647 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  25.1 
 
 		 547 aa  127  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  24.85 
 
 		 551 aa  127  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.96 
 
 		 563 aa  126  7e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  25.52 
 
 		 596 aa  126  9e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  29.16 
 
 		 649 aa  126  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  25.76 
 
 		 610 aa  125  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 		 604 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  29.08 
 
 		 604 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  25.05 
 
 		 554 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  25.66 
 
 		 616 aa  125  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 		 590 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 		 554 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 		 525 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 		 554 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  24.96 
 
 		 649 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 		 601 aa  124  4e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 		 554 aa  124  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  28.71 
 
 		 595 aa  123  6e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  28.13 
 
 		 598 aa  123  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7362  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 		 624 aa  123  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.942718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 612 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  27.49 
 
 		 603 aa  121  1.9999999999999998e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  24.85 
 
 		 602 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  25.65 
 
 		 607 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3483  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 		 620 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.104174  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  26.52 
 
 		 520 aa  121  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>