More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0135 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 
507 aa  1035    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.35 
 
 
519 aa  458  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0952  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.4 
 
 
743 aa  398  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.623495  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3943  AMP-dependent synthetase and ligase  41.36 
 
 
475 aa  333  4e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  40.55 
 
 
730 aa  310  2.9999999999999997e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  41.19 
 
 
486 aa  303  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  39.67 
 
 
489 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  39.79 
 
 
489 aa  293  6e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  39.5 
 
 
493 aa  289  8e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  39.57 
 
 
487 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  40.39 
 
 
506 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3829  AMP-dependent synthetase and ligase  40.47 
 
 
498 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  38.14 
 
 
487 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  38.25 
 
 
483 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2668  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  41.87 
 
 
495 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558529  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  37.82 
 
 
478 aa  265  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  37.23 
 
 
481 aa  261  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 
484 aa  252  9.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03393  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  36.36 
 
 
504 aa  245  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 
492 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1286  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 
507 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.512902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4517  AMP-dependent synthetase and ligase  27.42 
 
 
493 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  25.57 
 
 
824 aa  152  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  32.42 
 
 
811 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  31.26 
 
 
487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  26.69 
 
 
603 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  26.54 
 
 
603 aa  140  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  26.75 
 
 
603 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  29.4 
 
 
580 aa  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 
580 aa  136  8e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  26.57 
 
 
812 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  27.48 
 
 
620 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  28.87 
 
 
612 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583601  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.6 
 
 
602 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 
591 aa  131  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  25.83 
 
 
608 aa  130  7.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 
509 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.2 
 
 
611 aa  129  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 
546 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.95 
 
 
498 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.68 
 
 
514 aa  127  5e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  26.15 
 
 
618 aa  127  6e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  27.93 
 
 
605 aa  126  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 
615 aa  125  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  27.85 
 
 
547 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  25.74 
 
 
602 aa  125  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  26.64 
 
 
600 aa  124  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  26.07 
 
 
592 aa  124  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.28 
 
 
599 aa  124  6e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.82 
 
 
491 aa  124  6e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  29.22 
 
 
594 aa  124  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  25.91 
 
 
514 aa  123  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  26.71 
 
 
602 aa  123  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  25.21 
 
 
633 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0779  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.71 
 
 
614 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546194  hitchhiker  0.00265448 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1677  AMP-binding enzyme/acyltransferase  28.81 
 
 
824 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2969  AMP-dependent synthetase and ligase  26.78 
 
 
854 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 
597 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 
597 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 
597 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 
599 aa  121  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  25.93 
 
 
600 aa  121  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  31.16 
 
 
679 aa  121  3e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  24.78 
 
 
609 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  23.9 
 
 
605 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3483  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 
620 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.104174  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1449  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 
826 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1448  AMP-dependent synthetase and ligase  26.02 
 
 
829 aa  120  4.9999999999999996e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  23.95 
 
 
597 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  25.86 
 
 
603 aa  120  4.9999999999999996e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  25.62 
 
 
600 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 
596 aa  120  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  26.6 
 
 
607 aa  120  7.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  24.24 
 
 
595 aa  119  9e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  26.24 
 
 
598 aa  119  9e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.63 
 
 
612 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  26.52 
 
 
604 aa  119  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  27.84 
 
 
601 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.57 
 
 
610 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  34.2 
 
 
605 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3746  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 
819 aa  118  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00175337  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  25.6 
 
 
599 aa  117  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.4 
 
 
474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  22.85 
 
 
612 aa  115  1.0000000000000001e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
602 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.65 
 
 
510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  24.89 
 
 
606 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  24.09 
 
 
598 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.03 
 
 
510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  30.34 
 
 
600 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1601  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 
887 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.125454  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  29.63 
 
 
608 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  25.4 
 
 
603 aa  115  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.42 
 
 
510 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.42 
 
 
510 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1619  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  30.32 
 
 
624 aa  115  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.42 
 
 
510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.8 
 
 
610 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.42 
 
 
510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  25.4 
 
 
605 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>