More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3023 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  77.1 
 
 		 489 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  77.66 
 
 		 487 aa  758    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 487 aa  981    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  77.1 
 
 		 489 aa  750    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  56.64 
 
 		 493 aa  511  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  50.51 
 
 		 486 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  49.39 
 
 		 506 aa  391  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02331  long-chain acyl-CoA synthetase  50.23 
 
 		 481 aa  356  5.999999999999999e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0705784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  43.8 
 
 		 730 aa  330  4e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  42.71 
 
 		 484 aa  295  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3829  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 498 aa  293  5e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3943  AMP-dependent synthetase and ligase  41.87 
 
 		 475 aa  290  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2430  AMP-dependent synthetase and ligase  42.24 
 
 		 483 aa  287  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119218  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.57 
 
 		 507 aa  286  5.999999999999999e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.17 
 
 		 519 aa  279  9e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03393  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  39.25 
 
 		 504 aa  276  6e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2668  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  43.45 
 
 		 495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0952  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.85 
 
 		 743 aa  273  4.0000000000000004e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.623495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  39.2 
 
 		 478 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2587  AMP-dependent synthetase and ligase  33.76 
 
 		 492 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4517  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 493 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1286  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 507 aa  160  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.512902 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  28.97 
 
 		 603 aa  150  4e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  31.38 
 
 		 811 aa  145  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  26.62 
 
 		 824 aa  143  5e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 		 580 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  29.51 
 
 		 580 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  30.79 
 
 		 630 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  26.54 
 
 		 610 aa  140  4.999999999999999e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 546 aa  140  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.67 
 
 		 610 aa  138  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 605 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 604 aa  136  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 509 aa  136  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 		 812 aa  136  9e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  26.38 
 
 		 609 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 597 aa  136  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 604 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  29.26 
 
 		 587 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 604 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 		 603 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  27.56 
 
 		 607 aa  133  9e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 594 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 591 aa  132  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.61 
 
 		 473 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.59 
 
 		 597 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 		 592 aa  132  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 		 603 aa  131  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  29 
 
 		 605 aa  131  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 		 602 aa  130  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  30.98 
 
 		 592 aa  130  5.0000000000000004e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  28.68 
 
 		 605 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.01 
 
 		 612 aa  130  5.0000000000000004e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  26.57 
 
 		 610 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1232  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 		 576 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 		 597 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1619  long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming)  30.14 
 
 		 624 aa  130  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 		 622 aa  130  7.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 649 aa  130  7.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1087  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 473 aa  129  9.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 604 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1677  AMP-binding enzyme/acyltransferase  31.42 
 
 		 824 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.05 
 
 		 611 aa  129  2.0000000000000002e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 		 612 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  26.88 
 
 		 592 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 		 601 aa  128  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 605 aa  128  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  27.4 
 
 		 600 aa  127  3e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 		 601 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  27.1 
 
 		 547 aa  127  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 592 aa  127  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  25.94 
 
 		 607 aa  127  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  29.62 
 
 		 620 aa  126  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3483  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 		 620 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.104174  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.21 
 
 		 563 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.83 
 
 		 610 aa  125  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  29.23 
 
 		 607 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2969  AMP-dependent synthetase and ligase  31.02 
 
 		 854 aa  125  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 595 aa  125  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 599 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  27.94 
 
 		 600 aa  124  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  28.97 
 
 		 610 aa  124  5e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  26.19 
 
 		 647 aa  124  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 599 aa  123  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 		 596 aa  123  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  27.27 
 
 		 596 aa  123  9e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 615 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 602 aa  122  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 		 597 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 		 597 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  27.32 
 
 		 590 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  25.68 
 
 		 602 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.6 
 
 		 598 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 		 567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 606 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23800  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.74 
 
 		 937 aa  122  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.81 
 
 		 612 aa  122  1.9999999999999998e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  33.89 
 
 		 612 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  25.71 
 
 		 596 aa  121  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  33.04 
 
 		 615 aa  121  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>