More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5897 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008061  Bcen_3601  porin  90.51 
 
 		 390 aa  717    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5517  porin  90.51 
 
 		 390 aa  717    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0949  outer membrane protein (porin)-like  96.41 
 
 		 390 aa  727    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.940968 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4766  porin  90.51 
 
 		 390 aa  717    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38639  normal  0.209657 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5897  outer membrane protein (porin)-like protein  100 
 
 		 390 aa  779    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0466663 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6530  outer membrane protein, (porin)-like  36.16 
 
 		 417 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  34.37 
 
 		 362 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2702  hypothetical protein  31.87 
 
 		 376 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2997  porin  30.66 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.438361 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3050  hypothetical protein  31.04 
 
 		 376 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1963  porin  33.51 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.513284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3085  hypothetical protein  28.73 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5110  porin Gram-negative type  31.1 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.2 
 
 		 335 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2720  OmpC family outer membrane porin  31.09 
 
 		 387 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  32.22 
 
 		 350 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  30.11 
 
 		 356 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  31.56 
 
 		 350 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  31.56 
 
 		 350 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  32.13 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0215  outer membrane porin OpcP  29.21 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  29.53 
 
 		 389 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  37.69 
 
 		 389 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  37.69 
 
 		 389 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  30.48 
 
 		 356 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  30.48 
 
 		 356 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  30.48 
 
 		 356 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  37.02 
 
 		 380 aa  97.1  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0393  OmpC family outer membrane porin  33.33 
 
 		 386 aa  97.1  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.728955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  30.2 
 
 		 327 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  27.32 
 
 		 362 aa  93.6  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0849  OmpC family outer membrane porin  37 
 
 		 384 aa  92.8  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0153062  normal  0.0195066 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6642  porin  29.95 
 
 		 386 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000730188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  35.47 
 
 		 395 aa  92.4  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  29.57 
 
 		 375 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4046  porin  35.5 
 
 		 398 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.565887  normal  0.186391 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4160  porin  28.61 
 
 		 405 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.396932  normal  0.277302 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  29.23 
 
 		 362 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2478  outer membrane protein (porin)  30.27 
 
 		 385 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3687  porin  28.61 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.413134  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  29.65 
 
 		 375 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  27.68 
 
 		 394 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3564  porin  35 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.219626  normal  0.589803 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  29.65 
 
 		 375 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2385  outer membrane protein (porin)  29.92 
 
 		 375 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2827  outer membrane porin OpcP  30.24 
 
 		 375 aa  90.9  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7203  porin Gram-negative type  29.53 
 
 		 386 aa  90.1  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0388  OmpC family outer membrane porin  53.26 
 
 		 384 aa  89.7  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.62464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  32.58 
 
 		 411 aa  89.4  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0415  OmpC family outer membrane porin  28.93 
 
 		 386 aa  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5150  porin  30.39 
 
 		 356 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3237  outer membrane protein (porin)  30.65 
 
 		 356 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133992  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5131  outer membrane protein (porin)  30.65 
 
 		 356 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0935  OmpC family outer membrane porin  27.86 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000655737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  30.71 
 
 		 381 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  35 
 
 		 395 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  33.8 
 
 		 394 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4837  outer membrane protein, (porin)  28.5 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816794 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  28.66 
 
 		 357 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0370  OmpC family outer membrane porin  30.33 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  52.17 
 
 		 383 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  35 
 
 		 395 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  29.89 
 
 		 351 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  46.73 
 
 		 383 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  34.33 
 
 		 388 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  30.61 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  0.0000361687 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1102  outer membrane protein (porin)  30.28 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0172  OmpC family outer membrane porin  45.87 
 
 		 357 aa  87  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4230  porin  37.8 
 
 		 357 aa  86.7  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  29.43 
 
 		 349 aa  87  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1582  porin  29.29 
 
 		 374 aa  86.7  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7056  porin Gram-negative type  45.87 
 
 		 357 aa  86.3  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.38539 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  30.3 
 
 		 359 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6498  porin  28.24 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0845493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  30.53 
 
 		 348 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  51.09 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4922  porin  27.06 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  30.18 
 
 		 413 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3241  porin  27.06 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1601  porin  27.68 
 
 		 374 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.32825  normal  0.100291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  32.12 
 
 		 383 aa  84  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  26.17 
 
 		 344 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  34.43 
 
 		 380 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1748  outer membrane protein (porin)  28.22 
 
 		 404 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0278155  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2270  outer membrane porin OpcP  28.36 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.272228  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3981  porin  30.37 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6157  porin  29.16 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0964625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  35.63 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7454  outer membrane protein (porin)  29.45 
 
 		 383 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  29.43 
 
 		 376 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3095  putative outer membrane porin  28.61 
 
 		 391 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  30.1 
 
 		 396 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  30.25 
 
 		 351 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2036  putative outer membrane porin  28.61 
 
 		 375 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1434  putative porin protein  28.61 
 
 		 379 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  27.97 
 
 		 361 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  29.84 
 
 		 352 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  29.84 
 
 		 352 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1346  putative outer membrane porin  28.61 
 
 		 376 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.80313  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2747  OmpC family outer membrane porin  32.5 
 
 		 378 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168938  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>