90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3085 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2997  porin  83.96 
 
 		 379 aa  658    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.438361 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2702  hypothetical protein  92.55 
 
 		 376 aa  712    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3085  hypothetical protein  100 
 
 		 376 aa  764    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3050  hypothetical protein  91.49 
 
 		 376 aa  708    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5897  outer membrane protein (porin)-like protein  28.73 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0466663 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5517  porin  28.54 
 
 		 390 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3601  porin  28.54 
 
 		 390 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4766  porin  28.54 
 
 		 390 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38639  normal  0.209657 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0949  outer membrane protein (porin)-like  28.81 
 
 		 390 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.940968 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6530  outer membrane protein, (porin)-like  26.57 
 
 		 417 aa  96.7  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  26.53 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  27.21 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3712  porin  25 
 
 		 350 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  26.24 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  26.24 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1963  porin  25.28 
 
 		 372 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.513284 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  27.35 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  28.57 
 
 		 362 aa  60.8  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2720  OmpC family outer membrane porin  23.16 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  24.35 
 
 		 356 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  24.06 
 
 		 356 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3132  porin  28.5 
 
 		 376 aa  55.8  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011649  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  26.3 
 
 		 382 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3564  porin  29.5 
 
 		 398 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.219626  normal  0.589803 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  23.28 
 
 		 335 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6642  porin  25 
 
 		 386 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000730188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  24.06 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4046  porin  29.5 
 
 		 398 aa  54.3  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.565887  normal  0.186391 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  24.06 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  25 
 
 		 362 aa  53.5  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  25.08 
 
 		 351 aa  53.1  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  29.44 
 
 		 359 aa  53.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  28 
 
 		 395 aa  52.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  27.5 
 
 		 394 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  29.59 
 
 		 395 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3623  porin  23.19 
 
 		 372 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02026  porin signal peptide protein  27.41 
 
 		 382 aa  51.6  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.555277 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7660  outer membrane protein (porin)  24.62 
 
 		 366 aa  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  27.62 
 
 		 327 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3897  porin  22.96 
 
 		 372 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.239452 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2492  outer membrane protein (porin)  23.64 
 
 		 372 aa  50.4  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0279095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5889  porin  25.79 
 
 		 398 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28884 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4416  porin  25.79 
 
 		 403 aa  49.7  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.545214  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3950  porin  25.79 
 
 		 403 aa  49.7  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  27 
 
 		 395 aa  49.7  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  23.22 
 
 		 376 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5110  porin Gram-negative type  21.77 
 
 		 371 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1962  OmpC family outer membrane porin  31.52 
 
 		 391 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.350651  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  28.14 
 
 		 396 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  29.41 
 
 		 394 aa  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  23.78 
 
 		 354 aa  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4204  porin  25.98 
 
 		 471 aa  47.8  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  23.84 
 
 		 355 aa  47  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2108  porin signal peptide protein  26.69 
 
 		 381 aa  47  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0434327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5070  porin  23.99 
 
 		 372 aa  47  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.189644 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  29.17 
 
 		 394 aa  47  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  22.39 
 
 		 346 aa  46.6  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2136  porin signal peptide protein  26.81 
 
 		 352 aa  46.2  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  29.41 
 
 		 394 aa  46.2  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  26.38 
 
 		 373 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  27.53 
 
 		 384 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1988  outer membrane porin  26.42 
 
 		 407 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4825  porin  30.05 
 
 		 383 aa  46.2  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0552625  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3529  porin  23.33 
 
 		 376 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327335 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  26.28 
 
 		 352 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  26.28 
 
 		 352 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5966  porin  28.75 
 
 		 380 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.084261 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7203  porin Gram-negative type  24.15 
 
 		 386 aa  45.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  29.38 
 
 		 375 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2827  outer membrane porin OpcP  28.27 
 
 		 375 aa  45.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4037  porin  25.97 
 
 		 384 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.27779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1546  outer membrane protein (porin)  27.01 
 
 		 403 aa  44.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  24.6 
 
 		 339 aa  44.3  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6291  porin  27.37 
 
 		 392 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00384497  normal  0.183754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0415  OmpC family outer membrane porin  23.47 
 
 		 386 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3687  porin  27.49 
 
 		 405 aa  43.9  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.413134  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5547  porin  24.93 
 
 		 362 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3632  porin  24.93 
 
 		 362 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4495  porin  25.58 
 
 		 384 aa  43.9  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4160  porin  27.49 
 
 		 405 aa  43.9  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.396932  normal  0.277302 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4735  porin  24.93 
 
 		 362 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  25.54 
 
 		 391 aa  43.5  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2385  outer membrane protein (porin)  28.87 
 
 		 375 aa  43.5  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2000  porin Gram-negative type  25.38 
 
 		 404 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  26.02 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  26.86 
 
 		 383 aa  43.5  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2144  outer membrane protein  25.91 
 
 		 419 aa  43.5  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0977931  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  26.59 
 
 		 358 aa  43.1  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  24.14 
 
 		 348 aa  43.1  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4948  porin Gram-negative type  25.2 
 
 		 386 aa  42.7  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0530377  normal  0.0846854 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>