51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2997 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2702  hypothetical protein  82.85 
 
 		 376 aa  650    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3050  hypothetical protein  82.32 
 
 		 376 aa  646    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3085  hypothetical protein  83.96 
 
 		 376 aa  658    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2997  porin  100 
 
 		 379 aa  773    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.438361 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3601  porin  30.49 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4766  porin  30.49 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38639  normal  0.209657 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5517  porin  30.49 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5897  outer membrane protein (porin)-like protein  30.66 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0466663 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0949  outer membrane protein (porin)-like  30.83 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.940968 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6530  outer membrane protein, (porin)-like  27.16 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3712  porin  27.65 
 
 		 350 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718332  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  26.76 
 
 		 350 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  26.47 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  26.47 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  25.96 
 
 		 350 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1963  porin  25.97 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.513284 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2720  OmpC family outer membrane porin  23.47 
 
 		 387 aa  62  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  24.58 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  30.05 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3132  porin  27.31 
 
 		 376 aa  54.3  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  28 
 
 		 395 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  29 
 
 		 395 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  28 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6642  porin  25.36 
 
 		 386 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000730188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3564  porin  27.5 
 
 		 398 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.219626  normal  0.589803 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5110  porin Gram-negative type  22.93 
 
 		 371 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  27.68 
 
 		 391 aa  50.4  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  22.91 
 
 		 362 aa  50.4  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  21.74 
 
 		 356 aa  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4046  porin  27 
 
 		 398 aa  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.565887  normal  0.186391 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  22.22 
 
 		 335 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  25.72 
 
 		 373 aa  47.8  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  26.5 
 
 		 395 aa  47.4  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_003296  RS02026  porin signal peptide protein  26.24 
 
 		 382 aa  47  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.555277 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  21.74 
 
 		 356 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  25.41 
 
 		 327 aa  46.6  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3687  porin  28.9 
 
 		 405 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.413134  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4160  porin  28.9 
 
 		 405 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.396932  normal  0.277302 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2136  porin signal peptide protein  25.45 
 
 		 352 aa  45.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7203  porin Gram-negative type  24.81 
 
 		 386 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  23.81 
 
 		 382 aa  45.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  21.45 
 
 		 356 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  21.45 
 
 		 356 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3897  porin  22.02 
 
 		 372 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.239452 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  27.44 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  26.91 
 
 		 384 aa  43.5  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  29.27 
 
 		 394 aa  43.5  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3623  porin  22.02 
 
 		 372 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  22.38 
 
 		 362 aa  42.7  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0415  OmpC family outer membrane porin  23.74 
 
 		 386 aa  42.7  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3981  porin  27.81 
 
 		 359 aa  42.7  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0266554 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>