131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1543 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  100 
 
 		 399 aa  807    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  64.72 
 
 		 393 aa  531  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  65.38 
 
 		 393 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  57.46 
 
 		 390 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  44.11 
 
 		 402 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  44.11 
 
 		 402 aa  356  3.9999999999999996e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  45.14 
 
 		 402 aa  356  5e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  48.08 
 
 		 416 aa  341  2e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  38.85 
 
 		 396 aa  306  3e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  33.33 
 
 		 389 aa  203  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  33.33 
 
 		 389 aa  203  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  32.55 
 
 		 389 aa  201  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  35.95 
 
 		 388 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  32.77 
 
 		 386 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  35.95 
 
 		 388 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  29.03 
 
 		 405 aa  182  7e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  29.49 
 
 		 388 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  30.47 
 
 		 388 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  30.56 
 
 		 388 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  31.69 
 
 		 390 aa  154  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  28.69 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  30.86 
 
 		 388 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  29.13 
 
 		 389 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  30.14 
 
 		 388 aa  149  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  27.09 
 
 		 373 aa  127  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  28.02 
 
 		 398 aa  107  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  24.06 
 
 		 376 aa  93.6  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  23.8 
 
 		 376 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  26.09 
 
 		 396 aa  90.9  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  26.09 
 
 		 380 aa  90.5  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 378 aa  90.5  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  27.36 
 
 		 392 aa  88.2  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  25.07 
 
 		 382 aa  87.4  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  23.85 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  23.27 
 
 		 418 aa  82  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  25.97 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  25.31 
 
 		 371 aa  78.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  22.6 
 
 		 418 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  25.58 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  22.55 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  25.16 
 
 		 399 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  23.73 
 
 		 371 aa  70.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  22.55 
 
 		 389 aa  69.7  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  22.83 
 
 		 391 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  26.32 
 
 		 370 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  23.42 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  28 
 
 		 370 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  24.09 
 
 		 365 aa  66.2  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  22.73 
 
 		 382 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  25.38 
 
 		 386 aa  64.7  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  22.78 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  26.09 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  23.53 
 
 		 442 aa  63.2  0.000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3065  permease YjgP/YjgQ family protein  25.35 
 
 		 396 aa  62  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  25.7 
 
 		 371 aa  61.2  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  22.65 
 
 		 495 aa  60.8  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  22.39 
 
 		 442 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  23 
 
 		 391 aa  59.3  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  24.15 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  25.3 
 
 		 792 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  23.84 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  23.84 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  23.53 
 
 		 370 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  22.88 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  24.38 
 
 		 369 aa  56.6  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  22.52 
 
 		 443 aa  56.2  0.0000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0496  permease YjgP/YjgQ  24.58 
 
 		 414 aa  56.2  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  20.99 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  27.98 
 
 		 384 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  23.94 
 
 		 379 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  23.7 
 
 		 370 aa  54.7  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0111  permease YjgP/YjgQ family protein  23.08 
 
 		 364 aa  54.7  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.482303  hitchhiker  0.000636313 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  21.96 
 
 		 402 aa  53.9  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  23.1 
 
 		 388 aa  53.1  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0995  permease YjgP/YjgQ  27.74 
 
 		 339 aa  53.1  0.000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  21.66 
 
 		 403 aa  52.8  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  24.57 
 
 		 361 aa  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  22.43 
 
 		 366 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15721  putative permease  16.82 
 
 		 386 aa  50.8  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.868052  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2512  permease YjgP/YjgQ family protein  26.63 
 
 		 394 aa  50.8  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  31.11 
 
 		 362 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  22.92 
 
 		 368 aa  49.7  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  25.73 
 
 		 358 aa  49.7  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  30.4 
 
 		 362 aa  49.7  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09981  putative permease  22.04 
 
 		 401 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.341989 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  28.68 
 
 		 362 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  23.61 
 
 		 444 aa  49.3  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08021  putative permease  21.84 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3647  permease YjgP/YjgQ family protein  22.96 
 
 		 366 aa  48.5  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000993409  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  23.68 
 
 		 356 aa  48.9  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1901  permease YjgP/YjgQ family protein  21.46 
 
 		 441 aa  48.5  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  28.68 
 
 		 362 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  22.15 
 
 		 400 aa  47.8  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  28.68 
 
 		 362 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  27.54 
 
 		 360 aa  47.8  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  28.78 
 
 		 362 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  22.34 
 
 		 366 aa  47.4  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1352  permease YjgP/YjgQ family protein  21.25 
 
 		 1153 aa  46.6  0.0007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.929762  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  23.93 
 
 		 366 aa  46.6  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0389  hypothetical protein  26.02 
 
 		 360 aa  46.2  0.0009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.534497 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>