207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3905 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 400 aa  803    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  69.05 
 
 		 402 aa  553  1e-156  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0496  permease YjgP/YjgQ  59.7 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3065  permease YjgP/YjgQ family protein  31.61 
 
 		 396 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2421 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  26.89 
 
 		 402 aa  127  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  25.35 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  22.31 
 
 		 418 aa  109  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1679  permease YjgP/YjgQ family protein  27.59 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.164561  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  25.07 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  27.22 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  26.88 
 
 		 391 aa  107  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  22.84 
 
 		 391 aa  98.6  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  26.76 
 
 		 390 aa  90.5  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  24.21 
 
 		 399 aa  89.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  24.5 
 
 		 418 aa  87.8  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  23.01 
 
 		 423 aa  87.4  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  27.97 
 
 		 389 aa  87.4  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  27.62 
 
 		 389 aa  87  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  27.46 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  25.97 
 
 		 388 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  26.64 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  25.52 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  25.87 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  22.86 
 
 		 370 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  27.72 
 
 		 398 aa  77.4  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  26.18 
 
 		 388 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  21.8 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  24.43 
 
 		 379 aa  73.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  25.69 
 
 		 378 aa  73.2  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  25.37 
 
 		 356 aa  72.8  0.000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  27.54 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 389 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  24.29 
 
 		 386 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  22.86 
 
 		 371 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  24.44 
 
 		 367 aa  71.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  22.57 
 
 		 379 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5426  hypothetical protein  26.88 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.521103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  23.08 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  23.08 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1637  permease YjgP/YjgQ  20.78 
 
 		 391 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0299198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  22.65 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15721  putative permease  19.14 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.868052  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  23.5 
 
 		 386 aa  66.2  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  27.04 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  25.47 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  24 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4390  permease YjgP/YjgQ family protein  20.33 
 
 		 391 aa  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  25.24 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  20.29 
 
 		 478 aa  63.5  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  26.11 
 
 		 396 aa  63.2  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  27.37 
 
 		 372 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3556  permease YjgP/YjgQ family protein  24.23 
 
 		 366 aa  62.8  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3678  permease YjgP/YjgQ family protein  23.63 
 
 		 364 aa  62.8  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000432318  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1948  permease, putative  24.13 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00215493  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0135  permease YjgP/YjgQ family protein  21.78 
 
 		 395 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106292 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3542  putative permease  23.63 
 
 		 364 aa  62.8  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000328546  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4048  hypothetical protein  23.63 
 
 		 364 aa  62.8  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000983322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0111  permease YjgP/YjgQ family protein  21.96 
 
 		 364 aa  62  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.482303  hitchhiker  0.000636313 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0138  permease YjgP/YjgQ family protein  21.52 
 
 		 395 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  21.93 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3647  permease YjgP/YjgQ family protein  23.56 
 
 		 366 aa  60.8  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000993409  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  22.37 
 
 		 399 aa  60.5  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  20.79 
 
 		 402 aa  60.1  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  26.02 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0512  hypothetical protein  20.28 
 
 		 394 aa  59.7  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  24.84 
 
 		 370 aa  59.7  0.00000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0563  permease YjgP/YjgQ family protein  22.69 
 
 		 364 aa  59.7  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000298554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0318  permease YjgP/YjgQ family protein  24.87 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.341931 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  25.24 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  24.76 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  26.52 
 
 		 441 aa  58.2  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  21.59 
 
 		 393 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  26.65 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1837  permease YjgP/YjgQ family protein  20.76 
 
 		 434 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  25.6 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  23.31 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  24.49 
 
 		 376 aa  57  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1232  permease  24.18 
 
 		 384 aa  57  0.0000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  24.49 
 
 		 376 aa  57  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0538  permease YjgP/YjgQ  18.52 
 
 		 392 aa  56.6  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.914546  decreased coverage  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  20.28 
 
 		 365 aa  56.6  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  23.48 
 
 		 444 aa  56.6  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16001  putative permease  23.36 
 
 		 401 aa  56.6  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.245859  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06260  hypothetical protein  20.16 
 
 		 456 aa  56.2  0.0000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0371515  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4883  permease  23.08 
 
 		 366 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00332815  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  20.46 
 
 		 402 aa  56.2  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  21.26 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2734  permease YjgP/YjgQ family protein  20.34 
 
 		 364 aa  55.8  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  26.44 
 
 		 371 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  20.16 
 
 		 403 aa  55.8  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4764  putative permease  23.08 
 
 		 366 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000634787  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4827  putative permease  23.08 
 
 		 366 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000984202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4864  putative permease  23.08 
 
 		 366 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000973807  normal  0.308777 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4734  putative permease  23.08 
 
 		 366 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000385303  normal  0.325053 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  21.8 
 
 		 366 aa  56.2  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  22.47 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  23.34 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1296  permease YjgP/YjgQ family protein  23.47 
 
 		 395 aa  55.1  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00381796  normal  0.151885 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  22.77 
 
 		 368 aa  55.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  23.34 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>