200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2312 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 362 aa  728    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  83.15 
 
 		 361 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  82.32 
 
 		 361 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  80.94 
 
 		 362 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  77.96 
 
 		 365 aa  587  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  76.31 
 
 		 365 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  72.73 
 
 		 365 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  48.5 
 
 		 364 aa  332  7.000000000000001e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  46.13 
 
 		 362 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  46.15 
 
 		 362 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  45.73 
 
 		 362 aa  319  6e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  46.98 
 
 		 362 aa  297  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  46.7 
 
 		 362 aa  295  7e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  46.7 
 
 		 362 aa  295  7e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  47.24 
 
 		 363 aa  294  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  41.99 
 
 		 361 aa  290  3e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  39.34 
 
 		 363 aa  252  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  38.86 
 
 		 369 aa  243  5e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  35.99 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  40 
 
 		 376 aa  226  7e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  35.07 
 
 		 362 aa  222  7e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  35.34 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  34.52 
 
 		 362 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  32.8 
 
 		 366 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  33.7 
 
 		 362 aa  206  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  32.6 
 
 		 362 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  34.16 
 
 		 359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  31.77 
 
 		 362 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  33.33 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  34.89 
 
 		 364 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  32.51 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  33.79 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  32.52 
 
 		 364 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  32.24 
 
 		 364 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  33.33 
 
 		 365 aa  176  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  28.53 
 
 		 368 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  30.53 
 
 		 373 aa  129  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  28.92 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  25.81 
 
 		 371 aa  109  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  25.07 
 
 		 358 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  24.93 
 
 		 359 aa  91.3  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  21.35 
 
 		 359 aa  88.6  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  25.38 
 
 		 352 aa  87  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  24.68 
 
 		 369 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  24.02 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  24.65 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  24.35 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  25.21 
 
 		 352 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  25.24 
 
 		 792 aa  80.5  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  25.89 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  22.7 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  24.13 
 
 		 352 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  20.61 
 
 		 359 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  25.29 
 
 		 373 aa  79.3  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  22.64 
 
 		 355 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  24.64 
 
 		 360 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  23.84 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  23.84 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  24.13 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  24.13 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  24.13 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  24.71 
 
 		 352 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3408  permease YjgP/YjgQ family protein  24.93 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  25.36 
 
 		 355 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  24.04 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  25.24 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  25.86 
 
 		 355 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  23.84 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  26.05 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  23.84 
 
 		 352 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  25.54 
 
 		 362 aa  76.3  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  26.91 
 
 		 356 aa  75.9  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  25.61 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  27.21 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  26.24 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  22.71 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  25.22 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  22.91 
 
 		 356 aa  73.9  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  24.59 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  24.51 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  26.24 
 
 		 353 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3906  permease YjgP/YjgQ family protein  23.56 
 
 		 364 aa  72.8  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101801  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  25.97 
 
 		 353 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  25.22 
 
 		 353 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  25.97 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2171  permease YjgP/YjgQ family protein  23.61 
 
 		 379 aa  72  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.103114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  25.9 
 
 		 353 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  26.97 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  26.35 
 
 		 356 aa  71.2  0.00000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  25.23 
 
 		 359 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  25.14 
 
 		 358 aa  70.9  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  24.21 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  26.94 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  23.31 
 
 		 354 aa  70.1  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  25.82 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  25.28 
 
 		 356 aa  69.7  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  23.99 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02855  conserved hypothetical protein  24.92 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000166888  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0714  permease YjgP/YjgQ family protein  24.92 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  24.92 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>