221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3472 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 362 aa  735    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  87.81 
 
 		 361 aa  660    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  87.53 
 
 		 361 aa  663    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  80.94 
 
 		 362 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  74.1 
 
 		 365 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  74.1 
 
 		 365 aa  556  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  71.35 
 
 		 365 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  47.25 
 
 		 362 aa  322  8e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  47.25 
 
 		 364 aa  316  4e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  45.05 
 
 		 362 aa  310  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  45.33 
 
 		 362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  47.66 
 
 		 362 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  47.38 
 
 		 362 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  47.38 
 
 		 363 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  47.38 
 
 		 362 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  41.99 
 
 		 361 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  41.83 
 
 		 363 aa  250  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  38.38 
 
 		 369 aa  236  5.0000000000000005e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  35.29 
 
 		 366 aa  228  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  35.07 
 
 		 360 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  35.34 
 
 		 362 aa  218  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  35.62 
 
 		 362 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  39.4 
 
 		 376 aa  217  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  34.25 
 
 		 362 aa  205  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  32.6 
 
 		 362 aa  202  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  31.87 
 
 		 362 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  33.7 
 
 		 359 aa  202  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  31.59 
 
 		 362 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  32.6 
 
 		 364 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  34.51 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  32.04 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  32.04 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  30.87 
 
 		 363 aa  186  4e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  33.43 
 
 		 364 aa  182  7e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  35.14 
 
 		 367 aa  179  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  27.95 
 
 		 368 aa  142  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  31.12 
 
 		 373 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  29.7 
 
 		 365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  24.46 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  26.45 
 
 		 359 aa  102  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  24.86 
 
 		 358 aa  100  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  24.78 
 
 		 369 aa  99.8  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  24.48 
 
 		 369 aa  97.1  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  25 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  27.11 
 
 		 373 aa  94  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  25.79 
 
 		 353 aa  92.4  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  24.93 
 
 		 353 aa  91.3  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  23.76 
 
 		 365 aa  89.7  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  25.43 
 
 		 355 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  25.36 
 
 		 355 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  22.63 
 
 		 359 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  26.12 
 
 		 353 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  25.31 
 
 		 352 aa  87.8  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  25.98 
 
 		 353 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  25.98 
 
 		 353 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  25.43 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  24.21 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  26.61 
 
 		 353 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  24.93 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  20.07 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  25.63 
 
 		 356 aa  83.2  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  25.21 
 
 		 353 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  25.75 
 
 		 353 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3408  permease YjgP/YjgQ family protein  24.64 
 
 		 360 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  25.58 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  26.06 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  23.56 
 
 		 356 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  23.16 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 352 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  23.73 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  23.73 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  23.73 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3906  permease YjgP/YjgQ family protein  24.38 
 
 		 364 aa  79.7  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  25 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  25.29 
 
 		 356 aa  80.1  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  22.88 
 
 		 352 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  24.26 
 
 		 381 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  22.88 
 
 		 352 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  22.88 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  24.25 
 
 		 369 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  22.97 
 
 		 356 aa  78.2  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  23.03 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  23.45 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  24 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  24.79 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  24.19 
 
 		 353 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  23.55 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  26.32 
 
 		 353 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  25.28 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2171  permease YjgP/YjgQ family protein  24.11 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.103114 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  23.53 
 
 		 352 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  24.57 
 
 		 358 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  24.93 
 
 		 356 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  23.81 
 
 		 368 aa  75.1  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  24.68 
 
 		 792 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  27.04 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1639  permease YjgP/YjgQ family protein  23.63 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000266176  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  24.07 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3718  permease YjgP/YjgQ family protein  24 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>