220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2967 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  94.18 
 
 		 361 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 361 aa  723    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  87.53 
 
 		 362 aa  663    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  83.15 
 
 		 362 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  73.83 
 
 		 365 aa  560  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  72.18 
 
 		 365 aa  550  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  71.63 
 
 		 365 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  46.7 
 
 		 364 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  45.05 
 
 		 362 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  44.9 
 
 		 362 aa  310  4e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  43.92 
 
 		 362 aa  302  5.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  46.69 
 
 		 363 aa  291  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  46.43 
 
 		 362 aa  289  4e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  46.15 
 
 		 362 aa  288  9e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  46.15 
 
 		 362 aa  288  9e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  40.33 
 
 		 361 aa  265  8e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  39.72 
 
 		 363 aa  243  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  36.99 
 
 		 369 aa  229  5e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  34.88 
 
 		 360 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  35.89 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  36.16 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  33.07 
 
 		 366 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  33.98 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  35.07 
 
 		 362 aa  210  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  36.84 
 
 		 376 aa  203  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  34.44 
 
 		 359 aa  199  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  33.06 
 
 		 364 aa  199  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  32.14 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  32.79 
 
 		 363 aa  192  6e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  31.04 
 
 		 362 aa  192  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  32.23 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  32.23 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  33.7 
 
 		 365 aa  182  6e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  33.52 
 
 		 364 aa  179  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  35.04 
 
 		 367 aa  177  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  28.85 
 
 		 368 aa  143  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  30.65 
 
 		 373 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  26.9 
 
 		 365 aa  112  7.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  25.07 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  25.37 
 
 		 369 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  25.97 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  25.74 
 
 		 365 aa  97.4  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  25.07 
 
 		 369 aa  96.3  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  24.49 
 
 		 355 aa  95.5  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  24.93 
 
 		 359 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  26.17 
 
 		 355 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  24.92 
 
 		 352 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  25.3 
 
 		 353 aa  91.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  25.97 
 
 		 355 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  27.62 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  27.62 
 
 		 353 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  24.22 
 
 		 352 aa  89  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  26.61 
 
 		 373 aa  88.6  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  25.79 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  27.07 
 
 		 353 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  25.14 
 
 		 356 aa  87  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  22.07 
 
 		 359 aa  87  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3408  permease YjgP/YjgQ family protein  25.79 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  23.53 
 
 		 352 aa  86.3  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  24.7 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  27.16 
 
 		 369 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  26.37 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  25.82 
 
 		 381 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  23.25 
 
 		 352 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2171  permease YjgP/YjgQ family protein  25.07 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.103114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  22.97 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  22.97 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  22.97 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  22.97 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  22.97 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  26.05 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  24.07 
 
 		 352 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  26.94 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  26.49 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  26.9 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  22.69 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  22.38 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  23.8 
 
 		 353 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  27.74 
 
 		 353 aa  80.5  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  22.97 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  25.07 
 
 		 792 aa  80.1  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  26.9 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  24.43 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  25.62 
 
 		 358 aa  78.6  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  24.5 
 
 		 356 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  25.89 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  26.19 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  23.08 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  27.76 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  25.72 
 
 		 359 aa  76.6  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02855  conserved hypothetical protein  25.41 
 
 		 386 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000166888  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  24.14 
 
 		 356 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  25.52 
 
 		 356 aa  75.9  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  26.06 
 
 		 358 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  24.24 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0714  permease YjgP/YjgQ family protein  25.41 
 
 		 359 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  22.25 
 
 		 356 aa  75.9  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  25.41 
 
 		 359 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  23.4 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  25.08 
 
 		 359 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>