194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2222 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 361 aa  723    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  61.5 
 
 		 362 aa  462  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  50.41 
 
 		 362 aa  363  3e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  49.03 
 
 		 362 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  47.53 
 
 		 364 aa  330  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  50.14 
 
 		 363 aa  325  6e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  49.86 
 
 		 362 aa  322  5e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  49.86 
 
 		 362 aa  322  5e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  50.14 
 
 		 362 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  42.42 
 
 		 365 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  42.03 
 
 		 365 aa  301  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  41.76 
 
 		 365 aa  300  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  41.99 
 
 		 362 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  41.99 
 
 		 362 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  40.33 
 
 		 361 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  39.78 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  38.12 
 
 		 363 aa  250  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  37.29 
 
 		 362 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  36.74 
 
 		 362 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  37.02 
 
 		 362 aa  228  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  35.46 
 
 		 360 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  35.73 
 
 		 359 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  34.82 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  33.06 
 
 		 363 aa  206  6e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  34.64 
 
 		 362 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  32.42 
 
 		 369 aa  202  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  33.8 
 
 		 362 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  36.69 
 
 		 376 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  30 
 
 		 366 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  31.34 
 
 		 364 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  32.22 
 
 		 367 aa  171  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  30.25 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  30.25 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  29.67 
 
 		 364 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  31.61 
 
 		 365 aa  142  8e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  29.51 
 
 		 365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  28.38 
 
 		 368 aa  120  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  29.03 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  24.53 
 
 		 371 aa  97.8  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  21.75 
 
 		 359 aa  86.7  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  22.42 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3906  permease YjgP/YjgQ family protein  24.18 
 
 		 364 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  23.29 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0188  permease YjgP/YjgQ family protein  23.99 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  22.8 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  22.8 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  26.75 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  21.79 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  19.88 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  23.51 
 
 		 352 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  24.14 
 
 		 359 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00300614  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  23.92 
 
 		 792 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  22.93 
 
 		 369 aa  75.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  23.51 
 
 		 355 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  27.51 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  23.74 
 
 		 359 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  22.28 
 
 		 354 aa  72.8  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  22.51 
 
 		 369 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  22.66 
 
 		 362 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  22.48 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2177  permease YjgP/YjgQ  24.1 
 
 		 366 aa  71.6  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  24.47 
 
 		 355 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  23.12 
 
 		 352 aa  72  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  25.35 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  24.17 
 
 		 355 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  26.28 
 
 		 353 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  22.68 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  24.92 
 
 		 353 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3408  permease YjgP/YjgQ family protein  25.76 
 
 		 360 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  26.33 
 
 		 353 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  22.68 
 
 		 359 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  25.27 
 
 		 353 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  21.32 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3446  YjgP/YjgQ permease  22.36 
 
 		 359 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  26.33 
 
 		 353 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02855  conserved hypothetical protein  22.36 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000166888  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  22.36 
 
 		 359 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0714  permease YjgP/YjgQ family protein  22.36 
 
 		 359 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1678  permease YjgP/YjgQ family protein  26.51 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.936868  normal  0.549476 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  24.54 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1374  SecD export membrane protein  25.27 
 
 		 352 aa  66.2  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  21.73 
 
 		 351 aa  65.1  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  23.76 
 
 		 352 aa  64.3  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4009  permease YjgP/YjgQ family protein  22.09 
 
 		 353 aa  63.9  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.137902  normal  0.604815 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02662  putative permease, YjgP/YjgQ family  23.04 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  20.36 
 
 		 353 aa  63.2  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  22.71 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3066  permease YjgP/YjgQ family protein  24.22 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.326563 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2171  permease YjgP/YjgQ family protein  20.7 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.103114 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2916  permease YjgP/YjgQ  24.78 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  24.24 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  21.79 
 
 		 352 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  21.8 
 
 		 352 aa  62  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  21.79 
 
 		 352 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  21.02 
 
 		 358 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  21.1 
 
 		 356 aa  62  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  22.47 
 
 		 359 aa  62  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  21.79 
 
 		 352 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0112  permease YjgP/YjgQ family protein  20.45 
 
 		 370 aa  62  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.378963  hitchhiker  0.000636313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  21.43 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>