299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0390 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0446  permease YjgP/YjgQ family protein  95.81 
 
 		 358 aa  645    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 358 aa  722    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3718  permease YjgP/YjgQ family protein  84.64 
 
 		 356 aa  581  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  82.68 
 
 		 356 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  80.17 
 
 		 356 aa  567  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4735  inner membrane protein YjgQ  78.09 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0130058  normal  0.215527 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  75.98 
 
 		 358 aa  548  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  75.98 
 
 		 358 aa  548  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4765  inner membrane protein YjgQ  78.09 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000537326  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4865  inner membrane protein YjgQ  78.09 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000705517  normal  0.203916 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3646  permease YjgP/YjgQ family protein  77.81 
 
 		 360 aa  548  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000255423  normal  0.498711 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4884  hypothetical protein  78.09 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  75.98 
 
 		 358 aa  548  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4828  inner membrane protein YjgQ  78.09 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105801  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04128  conserved inner membrane protein  77.25 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00895829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  77.25 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00436584  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04092  hypothetical protein  77.25 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5784  putative permease  77.25 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000901519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3750  permease YjgP/YjgQ family protein  77.25 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000963246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  77.25 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4518  putative permease  77.25 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000136034  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  76.97 
 
 		 360 aa  545  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  77.25 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  53.35 
 
 		 356 aa  399  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  51.26 
 
 		 356 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  52.38 
 
 		 358 aa  381  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  52.1 
 
 		 356 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  50.42 
 
 		 356 aa  371  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  51.02 
 
 		 352 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  48.46 
 
 		 353 aa  356  2.9999999999999997e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  50 
 
 		 351 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  50.42 
 
 		 352 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  50.42 
 
 		 352 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  50.42 
 
 		 352 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  50.42 
 
 		 352 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  50.43 
 
 		 352 aa  352  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  50.14 
 
 		 352 aa  352  7e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  50.14 
 
 		 352 aa  351  1e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  50.14 
 
 		 355 aa  349  4e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  49.3 
 
 		 352 aa  347  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  48.31 
 
 		 353 aa  346  3e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  48.98 
 
 		 352 aa  342  4e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  48.98 
 
 		 352 aa  343  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  48.4 
 
 		 352 aa  342  5e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  48.7 
 
 		 352 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  46.36 
 
 		 352 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  48.1 
 
 		 352 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  45.61 
 
 		 354 aa  305  9.000000000000001e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  39.44 
 
 		 354 aa  260  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  37.85 
 
 		 353 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  38.31 
 
 		 355 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  38.59 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  35.57 
 
 		 353 aa  243  5e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  37.85 
 
 		 354 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  37.01 
 
 		 353 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  36.01 
 
 		 353 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  37.85 
 
 		 353 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  36.72 
 
 		 353 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  35.11 
 
 		 356 aa  238  9e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  37.26 
 
 		 360 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2554  hypothetical protein  35.11 
 
 		 356 aa  237  3e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11680  permease YjgP/YjgQ family  38.2 
 
 		 353 aa  229  7e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623053  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  34.28 
 
 		 353 aa  226  6e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  36.59 
 
 		 353 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1374  SecD export membrane protein  33.33 
 
 		 352 aa  223  4e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2916  permease YjgP/YjgQ  34.82 
 
 		 354 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  35.1 
 
 		 362 aa  206  7e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  29.97 
 
 		 356 aa  203  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1141  putative permease  32.68 
 
 		 355 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0876  hypothetical membrane spanning protein  32.68 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2138  permease YjgP/YjgQ  35.03 
 
 		 353 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  33.15 
 
 		 357 aa  193  5e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1746  permease YjgP/YjgQ  31.45 
 
 		 370 aa  188  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.108168  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  30.23 
 
 		 356 aa  182  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0679  permease YjgP/YjgQ family protein  33.52 
 
 		 350 aa  182  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  26.98 
 
 		 387 aa  179  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  28.18 
 
 		 383 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  32.5 
 
 		 376 aa  172  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  34.97 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  29.69 
 
 		 358 aa  169  5e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0538  permease YjgP/YjgQ family protein  32 
 
 		 368 aa  169  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0426669  normal  0.993388 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02662  putative permease, YjgP/YjgQ family  30.68 
 
 		 368 aa  169  9e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4009  permease YjgP/YjgQ family protein  31.31 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.137902  normal  0.604815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2221  permease YjgP/YjgQ family protein  26.03 
 
 		 397 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.481086 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2681  permease YjgP/YjgQ family protein  26.09 
 
 		 397 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2417  hypothetical protein  26.34 
 
 		 401 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1235  permease YjgP/YjgQ family protein  29.33 
 
 		 386 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.104582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  31.29 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3446  YjgP/YjgQ permease  31.29 
 
 		 359 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  31.29 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02855  conserved hypothetical protein  31.6 
 
 		 386 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000166888  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0714  permease YjgP/YjgQ family protein  31.6 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  31.6 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2517  permease YjgP/YjgQ family protein  28.26 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2385  permease YjgP/YjgQ family protein  28.26 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5799  YjgP/YjgQ like transporter  28.8 
 
 		 382 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0826  permease YjgP/YjgQ family protein  28.8 
 
 		 382 aa  159  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.792817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2473  permease YjgP/YjgQ family protein  28.8 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1857  permease YjgP/YjgQ  28.8 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.693669  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2468  permease YjgP/YjgQ family protein  28.8 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>