More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0582 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  100 
 
 		 356 aa  704    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  45.1 
 
 		 356 aa  329  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  47.61 
 
 		 358 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  39.84 
 
 		 387 aa  275  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2221  permease YjgP/YjgQ family protein  37.97 
 
 		 397 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.481086 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2681  permease YjgP/YjgQ family protein  37.97 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  41.05 
 
 		 383 aa  271  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2417  hypothetical protein  37.47 
 
 		 401 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  40.84 
 
 		 382 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3640  membrane protein, YjgP/YjgQ like  40.84 
 
 		 382 aa  269  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2227  permease YjgP/YjgQ family protein  41.1 
 
 		 382 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5799  YjgP/YjgQ like transporter  39.79 
 
 		 382 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2473  permease YjgP/YjgQ family protein  39.79 
 
 		 382 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1857  permease YjgP/YjgQ  39.79 
 
 		 382 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.693669  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2468  permease YjgP/YjgQ family protein  39.79 
 
 		 382 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0826  permease YjgP/YjgQ family protein  39.53 
 
 		 382 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.792817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2385  permease YjgP/YjgQ family protein  39.53 
 
 		 382 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2517  permease YjgP/YjgQ family protein  39.53 
 
 		 382 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1013  hypothetical protein  39.95 
 
 		 383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17557  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0670  hypothetical protein  39.69 
 
 		 383 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144259  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1173  hypothetical protein  39.69 
 
 		 383 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.200928  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1235  permease YjgP/YjgQ family protein  38.07 
 
 		 386 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.104582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2944  hypothetical protein  39.69 
 
 		 383 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1020  hypothetical protein  39.69 
 
 		 383 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2341  hypothetical protein  39.69 
 
 		 383 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1655  hypothetical protein  39.69 
 
 		 383 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0821  hypothetical protein  39.69 
 
 		 383 aa  252  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0621  permease YjgP/YjgQ family protein  37.8 
 
 		 384 aa  251  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185223  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  39.11 
 
 		 362 aa  238  9e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  34.94 
 
 		 354 aa  218  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  36.78 
 
 		 369 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  36.61 
 
 		 368 aa  218  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  36.73 
 
 		 373 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  34.29 
 
 		 381 aa  216  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  35.49 
 
 		 369 aa  213  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  34.75 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2171  permease YjgP/YjgQ family protein  34.47 
 
 		 379 aa  213  5.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.103114 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  36.51 
 
 		 369 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  35.51 
 
 		 352 aa  209  6e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  36.09 
 
 		 369 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  35.77 
 
 		 352 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  35.77 
 
 		 352 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  35.49 
 
 		 352 aa  199  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  35.49 
 
 		 352 aa  199  9e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  35.51 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  35.21 
 
 		 356 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  35.21 
 
 		 352 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2597  permease YjgP/YjgQ family protein  34.51 
 
 		 368 aa  197  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  35.21 
 
 		 352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  35.21 
 
 		 352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  35.21 
 
 		 352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  34.46 
 
 		 352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  32.74 
 
 		 354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  33.06 
 
 		 369 aa  196  7e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  35.03 
 
 		 352 aa  193  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  35.23 
 
 		 351 aa  193  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  35.21 
 
 		 352 aa  192  9e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2138  permease YjgP/YjgQ  36.29 
 
 		 353 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  33.24 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  35.07 
 
 		 352 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  31.43 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  32.02 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  33.8 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  33.62 
 
 		 358 aa  185  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  33.62 
 
 		 358 aa  185  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  33.62 
 
 		 358 aa  185  8e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2554  hypothetical protein  32.02 
 
 		 356 aa  185  9e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  31.5 
 
 		 353 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  34.1 
 
 		 355 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  33.63 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  32.87 
 
 		 352 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  30.97 
 
 		 356 aa  179  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  33.43 
 
 		 360 aa  177  3e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  29.94 
 
 		 356 aa  176  8e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3718  permease YjgP/YjgQ family protein  33.73 
 
 		 356 aa  175  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  34.55 
 
 		 353 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1374  SecD export membrane protein  31.25 
 
 		 352 aa  175  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  34.55 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  34.82 
 
 		 354 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  31.2 
 
 		 356 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  32.66 
 
 		 356 aa  172  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  32.62 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  35.4 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  32.09 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  33.71 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  30.97 
 
 		 356 aa  171  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11680  permease YjgP/YjgQ family  33.96 
 
 		 353 aa  170  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623053  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  33.33 
 
 		 358 aa  169  6e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  32.56 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  32.86 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4765  inner membrane protein YjgQ  33.14 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000537326  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4884  hypothetical protein  33.14 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0446  permease YjgP/YjgQ family protein  33.63 
 
 		 358 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4865  inner membrane protein YjgQ  33.14 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000705517  normal  0.203916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4735  inner membrane protein YjgQ  33.14 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0130058  normal  0.215527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  33.15 
 
 		 353 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4828  inner membrane protein YjgQ  33.14 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  32.86 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  32.86 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3750  permease YjgP/YjgQ family protein  32.86 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000963246  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>