253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0983 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  91.22 
 
 		 353 aa  642    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 353 aa  712    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  98.02 
 
 		 353 aa  702    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  99.72 
 
 		 353 aa  711    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  75.64 
 
 		 353 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  79.32 
 
 		 353 aa  566  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  79.38 
 
 		 354 aa  560  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  75.21 
 
 		 355 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  74.93 
 
 		 355 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  76.77 
 
 		 353 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11680  permease YjgP/YjgQ family  70.82 
 
 		 353 aa  481  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623053  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  51.27 
 
 		 353 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1374  SecD export membrane protein  48.01 
 
 		 352 aa  347  1e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2916  permease YjgP/YjgQ  42.45 
 
 		 354 aa  290  4e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  41.55 
 
 		 353 aa  272  7e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  40.86 
 
 		 353 aa  268  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  38.64 
 
 		 356 aa  263  4e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  40.83 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  38.97 
 
 		 351 aa  257  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  38.68 
 
 		 356 aa  256  3e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 352 aa  256  3e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2554  hypothetical protein  38.68 
 
 		 356 aa  255  9e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  37.76 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  39.32 
 
 		 356 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  38.07 
 
 		 358 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  38.07 
 
 		 352 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  37.22 
 
 		 352 aa  252  7e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 352 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  38.35 
 
 		 352 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  37.5 
 
 		 352 aa  251  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  39.03 
 
 		 356 aa  251  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 352 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 352 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 352 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 352 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  38.07 
 
 		 352 aa  249  4e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  37.5 
 
 		 352 aa  246  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  39.53 
 
 		 355 aa  246  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4009  permease YjgP/YjgQ family protein  40 
 
 		 353 aa  245  8e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.137902  normal  0.604815 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  37.5 
 
 		 354 aa  243  5e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  37.78 
 
 		 352 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  37.5 
 
 		 352 aa  237  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  35.51 
 
 		 352 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3718  permease YjgP/YjgQ family protein  38.29 
 
 		 356 aa  228  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  36.94 
 
 		 360 aa  228  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3646  permease YjgP/YjgQ family protein  37.96 
 
 		 360 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000255423  normal  0.498711 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04128  conserved inner membrane protein  36.94 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00895829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  36.94 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00436584  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5784  putative permease  36.94 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000901519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  36.94 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04092  hypothetical protein  36.94 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  37.39 
 
 		 356 aa  227  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  36.94 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  38.53 
 
 		 358 aa  227  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4518  putative permease  36.94 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000136034  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  38.53 
 
 		 358 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  38.53 
 
 		 358 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3750  permease YjgP/YjgQ family protein  36.94 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000963246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4884  hypothetical protein  36.67 
 
 		 360 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4865  inner membrane protein YjgQ  36.67 
 
 		 360 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000705517  normal  0.203916 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  37.11 
 
 		 356 aa  226  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4765  inner membrane protein YjgQ  36.67 
 
 		 360 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000537326  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4735  inner membrane protein YjgQ  36.67 
 
 		 360 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0130058  normal  0.215527 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4828  inner membrane protein YjgQ  36.67 
 
 		 360 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1141  putative permease  32.48 
 
 		 355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  36.36 
 
 		 360 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  36.72 
 
 		 358 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0876  hypothetical membrane spanning protein  32.19 
 
 		 355 aa  219  6e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0446  permease YjgP/YjgQ family protein  36.65 
 
 		 358 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2138  permease YjgP/YjgQ  36.13 
 
 		 353 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  35.82 
 
 		 357 aa  209  7e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  30.29 
 
 		 356 aa  206  6e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1746  permease YjgP/YjgQ  31.79 
 
 		 370 aa  190  4e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.108168  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  34 
 
 		 358 aa  189  7e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  32.49 
 
 		 356 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0679  permease YjgP/YjgQ family protein  35.2 
 
 		 350 aa  179  8e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  29.83 
 
 		 376 aa  177  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0046  hypothetical protein  31.4 
 
 		 402 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  28.49 
 
 		 383 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02662  putative permease, YjgP/YjgQ family  32.31 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  28.31 
 
 		 387 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0538  permease YjgP/YjgQ family protein  31.77 
 
 		 368 aa  169  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0426669  normal  0.993388 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0054  permease YjgP/YjgQ  30.08 
 
 		 408 aa  169  8e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.520112 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  34.55 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2681  permease YjgP/YjgQ family protein  28.06 
 
 		 397 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2221  permease YjgP/YjgQ family protein  27.15 
 
 		 397 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.481086 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0055  permease YjgP/YjgQ family protein  29.07 
 
 		 449 aa  164  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.853634  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2417  hypothetical protein  27.59 
 
 		 401 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  30.28 
 
 		 362 aa  160  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2744  permease YjgP/YjgQ family protein  31.16 
 
 		 354 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  27.56 
 
 		 369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  27.56 
 
 		 369 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  29.83 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1235  permease YjgP/YjgQ family protein  28.42 
 
 		 386 aa  144  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.104582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  31.37 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  29.3 
 
 		 365 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  27.99 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0621  permease YjgP/YjgQ family protein  28.25 
 
 		 384 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185223  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  30.67 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  28.69 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>