209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2417 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2417  hypothetical protein  100 
 
 		 401 aa  816    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2681  permease YjgP/YjgQ family protein  90.93 
 
 		 397 aa  750    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2221  permease YjgP/YjgQ family protein  90.43 
 
 		 397 aa  749    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.481086 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  70.38 
 
 		 387 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  71.14 
 
 		 383 aa  566  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3640  membrane protein, YjgP/YjgQ like  58.69 
 
 		 382 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  58.94 
 
 		 382 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0826  permease YjgP/YjgQ family protein  60.35 
 
 		 382 aa  448  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.792817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0821  hypothetical protein  59.34 
 
 		 383 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0670  hypothetical protein  59.09 
 
 		 383 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144259  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1173  hypothetical protein  59.09 
 
 		 383 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.200928  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5799  YjgP/YjgQ like transporter  59.7 
 
 		 382 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2227  permease YjgP/YjgQ family protein  59.6 
 
 		 382 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2385  permease YjgP/YjgQ family protein  59.7 
 
 		 382 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1857  permease YjgP/YjgQ  59.7 
 
 		 382 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.693669  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2517  permease YjgP/YjgQ family protein  59.7 
 
 		 382 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2468  permease YjgP/YjgQ family protein  59.95 
 
 		 382 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2341  hypothetical protein  59.09 
 
 		 383 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2944  hypothetical protein  59.09 
 
 		 383 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2473  permease YjgP/YjgQ family protein  59.95 
 
 		 382 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1013  hypothetical protein  59.09 
 
 		 383 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1020  hypothetical protein  59.09 
 
 		 383 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1655  hypothetical protein  59.09 
 
 		 383 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0621  permease YjgP/YjgQ family protein  51.97 
 
 		 384 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185223  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1235  permease YjgP/YjgQ family protein  50.74 
 
 		 386 aa  399  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.104582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  36.71 
 
 		 356 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  40 
 
 		 358 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  37.53 
 
 		 373 aa  258  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  38.9 
 
 		 362 aa  250  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  37.22 
 
 		 356 aa  244  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  36.34 
 
 		 369 aa  230  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2171  permease YjgP/YjgQ family protein  36.47 
 
 		 379 aa  230  3e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.103114 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  36.34 
 
 		 369 aa  229  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  36.71 
 
 		 381 aa  229  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  36.92 
 
 		 369 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  36.09 
 
 		 365 aa  227  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  36.63 
 
 		 369 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  36.13 
 
 		 368 aa  223  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2597  permease YjgP/YjgQ family protein  35.93 
 
 		 368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  35.01 
 
 		 369 aa  213  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  30.69 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  29.92 
 
 		 354 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2138  permease YjgP/YjgQ  31.81 
 
 		 353 aa  176  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  28.31 
 
 		 354 aa  172  9e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  28.68 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  26.42 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  27.2 
 
 		 353 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  27.84 
 
 		 355 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  28.38 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  27.98 
 
 		 353 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1746  permease YjgP/YjgQ  29.22 
 
 		 370 aa  163  6e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.108168  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  28.09 
 
 		 353 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  29.47 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  28.93 
 
 		 352 aa  160  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  27.95 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  27.88 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  27.85 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  28.17 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  27.59 
 
 		 353 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04128  conserved inner membrane protein  27.95 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00895829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  27.95 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00436584  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  27.95 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  27.95 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4518  putative permease  27.95 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000136034  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04092  hypothetical protein  27.95 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3750  permease YjgP/YjgQ family protein  27.95 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000963246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5784  putative permease  27.95 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000901519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  28.21 
 
 		 352 aa  156  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3646  permease YjgP/YjgQ family protein  28.46 
 
 		 360 aa  156  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000255423  normal  0.498711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  28.17 
 
 		 352 aa  155  8e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  27.66 
 
 		 352 aa  155  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  28.21 
 
 		 352 aa  155  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  24.8 
 
 		 356 aa  155  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  28.21 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4735  inner membrane protein YjgQ  27.95 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0130058  normal  0.215527 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4828  inner membrane protein YjgQ  27.95 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4765  inner membrane protein YjgQ  27.95 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000537326  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4884  hypothetical protein  27.95 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4865  inner membrane protein YjgQ  27.95 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000705517  normal  0.203916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  27.59 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  25.13 
 
 		 356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  28.21 
 
 		 352 aa  153  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  25.44 
 
 		 356 aa  153  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  27.3 
 
 		 351 aa  153  5e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  28.96 
 
 		 354 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  27.48 
 
 		 358 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  27.48 
 
 		 358 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  27.48 
 
 		 358 aa  152  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  25.06 
 
 		 358 aa  150  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  26.34 
 
 		 358 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  27.46 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  27.46 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  27.46 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  27.46 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  28.5 
 
 		 352 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  26.97 
 
 		 356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  27.9 
 
 		 356 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  27.94 
 
 		 352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3718  permease YjgP/YjgQ family protein  27.48 
 
 		 356 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  24.62 
 
 		 360 aa  147  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>