268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1273 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  100 
 
 		 353 aa  716    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  94.05 
 
 		 353 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  80.45 
 
 		 353 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  76.49 
 
 		 353 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  74.37 
 
 		 355 aa  554  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  75.64 
 
 		 353 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  75.64 
 
 		 353 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  73.8 
 
 		 355 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  75.64 
 
 		 353 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  73.73 
 
 		 354 aa  526  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11680  permease YjgP/YjgQ family  69.12 
 
 		 353 aa  480  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623053  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  50.71 
 
 		 353 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1374  SecD export membrane protein  44.89 
 
 		 352 aa  341  1e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2916  permease YjgP/YjgQ  42.9 
 
 		 354 aa  300  4e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  38.24 
 
 		 353 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  37.82 
 
 		 353 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  39.89 
 
 		 356 aa  250  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  38.35 
 
 		 358 aa  250  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  37.5 
 
 		 354 aa  246  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  39.6 
 
 		 356 aa  246  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  36.9 
 
 		 354 aa  245  8e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  36.68 
 
 		 351 aa  243  5e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4009  permease YjgP/YjgQ family protein  38.03 
 
 		 353 aa  242  9e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.137902  normal  0.604815 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  35.8 
 
 		 356 aa  241  1e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  38.75 
 
 		 356 aa  241  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  35.8 
 
 		 352 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  35.82 
 
 		 352 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  35.53 
 
 		 352 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  34.96 
 
 		 352 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  36.39 
 
 		 352 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  37.8 
 
 		 355 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  35.23 
 
 		 352 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  35.51 
 
 		 352 aa  230  3e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  35.51 
 
 		 352 aa  229  4e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  36.65 
 
 		 352 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  35.23 
 
 		 352 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  35.23 
 
 		 352 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  35.23 
 
 		 352 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  35.51 
 
 		 352 aa  228  8e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  37.5 
 
 		 360 aa  228  9e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  35.23 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  34.38 
 
 		 356 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2554  hypothetical protein  34.67 
 
 		 356 aa  225  1e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3646  permease YjgP/YjgQ family protein  36.9 
 
 		 360 aa  223  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000255423  normal  0.498711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  37.14 
 
 		 356 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4735  inner membrane protein YjgQ  36.06 
 
 		 360 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0130058  normal  0.215527 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4884  hypothetical protein  36.06 
 
 		 360 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4828  inner membrane protein YjgQ  36.06 
 
 		 360 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4865  inner membrane protein YjgQ  36.06 
 
 		 360 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000705517  normal  0.203916 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4765  inner membrane protein YjgQ  36.06 
 
 		 360 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000537326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  36.06 
 
 		 360 aa  220  3e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  34.66 
 
 		 352 aa  220  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04128  conserved inner membrane protein  36.06 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00895829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  36.06 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00436584  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5784  putative permease  36.06 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000901519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  36.06 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3750  permease YjgP/YjgQ family protein  36.06 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000963246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4518  putative permease  36.06 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000136034  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  36.06 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04092  hypothetical protein  36.06 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  35.57 
 
 		 358 aa  219  7e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0876  hypothetical membrane spanning protein  33.33 
 
 		 355 aa  218  1e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1141  putative permease  32.76 
 
 		 355 aa  215  8e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3718  permease YjgP/YjgQ family protein  35.98 
 
 		 356 aa  215  9e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  34.84 
 
 		 356 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  37.94 
 
 		 358 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  30.57 
 
 		 356 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  37.94 
 
 		 358 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  37.94 
 
 		 358 aa  212  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0446  permease YjgP/YjgQ family protein  35.21 
 
 		 358 aa  210  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2138  permease YjgP/YjgQ  35.51 
 
 		 353 aa  205  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  33.71 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  34.83 
 
 		 358 aa  192  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0679  permease YjgP/YjgQ family protein  36.45 
 
 		 350 aa  189  9e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  30.51 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  29.33 
 
 		 383 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  29.33 
 
 		 387 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2744  permease YjgP/YjgQ family protein  32.58 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02662  putative permease, YjgP/YjgQ family  33.33 
 
 		 368 aa  180  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1746  permease YjgP/YjgQ  29.35 
 
 		 370 aa  179  4.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.108168  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  30.66 
 
 		 376 aa  179  7e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0046  hypothetical protein  29.55 
 
 		 402 aa  177  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0538  permease YjgP/YjgQ family protein  33.88 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0426669  normal  0.993388 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0055  permease YjgP/YjgQ family protein  29.07 
 
 		 449 aa  173  5e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.853634  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2417  hypothetical protein  27.2 
 
 		 401 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0054  permease YjgP/YjgQ  28.23 
 
 		 408 aa  170  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.520112 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2681  permease YjgP/YjgQ family protein  27.2 
 
 		 397 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2221  permease YjgP/YjgQ family protein  26.93 
 
 		 397 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.481086 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1235  permease YjgP/YjgQ family protein  29.36 
 
 		 386 aa  159  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.104582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0621  permease YjgP/YjgQ family protein  29.09 
 
 		 384 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185223  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  30.72 
 
 		 356 aa  155  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  30.11 
 
 		 362 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  30.11 
 
 		 369 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  31.46 
 
 		 359 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  30.11 
 
 		 369 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3446  YjgP/YjgQ permease  31.46 
 
 		 359 aa  149  6e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  31.46 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0714  permease YjgP/YjgQ family protein  31.15 
 
 		 359 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  31.15 
 
 		 359 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02855  conserved hypothetical protein  31.15 
 
 		 386 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000166888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>