232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2597 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2597  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 368 aa  741    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  58.62 
 
 		 373 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  48.68 
 
 		 369 aa  314  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  48.4 
 
 		 365 aa  312  5.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  47.21 
 
 		 369 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  49.6 
 
 		 368 aa  310  4e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2171  permease YjgP/YjgQ family protein  43.34 
 
 		 379 aa  300  2e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.103114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  46.42 
 
 		 369 aa  300  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  44.77 
 
 		 369 aa  298  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  44.5 
 
 		 369 aa  294  1e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  43.64 
 
 		 381 aa  292  6e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  36.91 
 
 		 387 aa  242  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2221  permease YjgP/YjgQ family protein  37.28 
 
 		 397 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.481086 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  39.43 
 
 		 383 aa  239  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2681  permease YjgP/YjgQ family protein  36.52 
 
 		 397 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  40.55 
 
 		 358 aa  239  5.999999999999999e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2417  hypothetical protein  36.18 
 
 		 401 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  40.27 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  37.6 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3640  membrane protein, YjgP/YjgQ like  37.34 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  34.05 
 
 		 356 aa  225  7e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1013  hypothetical protein  37.86 
 
 		 383 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17557  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0670  hypothetical protein  37.6 
 
 		 383 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144259  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1173  hypothetical protein  37.6 
 
 		 383 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.200928  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2341  hypothetical protein  37.6 
 
 		 383 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2944  hypothetical protein  37.6 
 
 		 383 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1655  hypothetical protein  37.6 
 
 		 383 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1020  hypothetical protein  37.6 
 
 		 383 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0621  permease YjgP/YjgQ family protein  34.38 
 
 		 384 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185223  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0821  hypothetical protein  37.08 
 
 		 383 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5799  YjgP/YjgQ like transporter  37.78 
 
 		 382 aa  212  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2385  permease YjgP/YjgQ family protein  37.5 
 
 		 382 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2517  permease YjgP/YjgQ family protein  37.5 
 
 		 382 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2227  permease YjgP/YjgQ family protein  37.96 
 
 		 382 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1235  permease YjgP/YjgQ family protein  34.31 
 
 		 386 aa  211  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.104582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2473  permease YjgP/YjgQ family protein  36.93 
 
 		 382 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2468  permease YjgP/YjgQ family protein  36.93 
 
 		 382 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1857  permease YjgP/YjgQ  36.93 
 
 		 382 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.693669  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0826  permease YjgP/YjgQ family protein  36.93 
 
 		 382 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.792817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  34.51 
 
 		 356 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  32.04 
 
 		 354 aa  178  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  31.4 
 
 		 357 aa  155  8e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  30.17 
 
 		 356 aa  143  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2138  permease YjgP/YjgQ  30.31 
 
 		 353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  28.12 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  28.09 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  27.07 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  27.61 
 
 		 358 aa  134  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  29.61 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  27.78 
 
 		 356 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  29.57 
 
 		 353 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  29.57 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  29.3 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  26.59 
 
 		 353 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  27.47 
 
 		 356 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  27.64 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  26.55 
 
 		 356 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0876  hypothetical membrane spanning protein  26.54 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1375  permease YjgP/YjgQ family protein  28.49 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  26.94 
 
 		 356 aa  124  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  27.5 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  26.03 
 
 		 356 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1141  putative permease  26.59 
 
 		 355 aa  124  4e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  25.83 
 
 		 352 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  25.35 
 
 		 352 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2554  hypothetical protein  26.12 
 
 		 356 aa  122  7e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  28.23 
 
 		 376 aa  123  7e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  25.43 
 
 		 352 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  25.43 
 
 		 352 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  26.3 
 
 		 352 aa  122  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  25.43 
 
 		 352 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  29.86 
 
 		 356 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2744  permease YjgP/YjgQ family protein  29.43 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  26.3 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  29.07 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  25.07 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  25.63 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  25.43 
 
 		 352 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44340  permease YjgP/YjgQ family  29.13 
 
 		 356 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127644  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  24.23 
 
 		 352 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  24.51 
 
 		 352 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  29.72 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  25.72 
 
 		 352 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4009  permease YjgP/YjgQ family protein  28.7 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.137902  normal  0.604815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  29.44 
 
 		 355 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  24.23 
 
 		 352 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  26.89 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  26.89 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  27.83 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2916  permease YjgP/YjgQ  29.06 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  26.89 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  26.75 
 
 		 353 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  24.86 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  27.83 
 
 		 356 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  29.19 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3646  permease YjgP/YjgQ family protein  28.93 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000255423  normal  0.498711 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0538  permease YjgP/YjgQ family protein  29.47 
 
 		 368 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0426669  normal  0.993388 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  29.19 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00436584  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  29.19 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  29.19 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>