186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3075 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 366 aa  734    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  40.6 
 
 		 363 aa  243  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  37.27 
 
 		 369 aa  240  2.9999999999999997e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  35.29 
 
 		 362 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  36.29 
 
 		 365 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  35.77 
 
 		 365 aa  225  8e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  34.96 
 
 		 365 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  33.33 
 
 		 361 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  33.07 
 
 		 361 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  36.71 
 
 		 364 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  32.8 
 
 		 362 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  32.89 
 
 		 362 aa  201  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  36.44 
 
 		 364 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  34.32 
 
 		 364 aa  199  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  36.44 
 
 		 364 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  36.68 
 
 		 365 aa  193  4e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  35.49 
 
 		 376 aa  193  5e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  34.81 
 
 		 367 aa  189  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  35.83 
 
 		 373 aa  187  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  34.34 
 
 		 364 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  32.89 
 
 		 362 aa  176  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  33.79 
 
 		 362 aa  176  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  33.24 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  32.15 
 
 		 363 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  33.16 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  33.24 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  31.99 
 
 		 360 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  32.07 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  30 
 
 		 361 aa  162  9e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  31.62 
 
 		 362 aa  159  9e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  31.72 
 
 		 362 aa  156  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  31.99 
 
 		 362 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  30.66 
 
 		 359 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  30.85 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  31.13 
 
 		 362 aa  150  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  29.2 
 
 		 362 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  27.71 
 
 		 363 aa  135  9.999999999999999e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  32.8 
 
 		 365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  23.71 
 
 		 359 aa  90.9  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  23.92 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  21.97 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  25.7 
 
 		 358 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  24.39 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  24.39 
 
 		 369 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1639  permease YjgP/YjgQ family protein  24.79 
 
 		 359 aa  77.4  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000266176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  25.59 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  24.09 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3906  permease YjgP/YjgQ family protein  26.06 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  26.63 
 
 		 360 aa  72.4  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0679  permease YjgP/YjgQ family protein  29.49 
 
 		 350 aa  72  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  25.33 
 
 		 356 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  21.68 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  23.31 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  25.32 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  25.86 
 
 		 353 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  23.55 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  26.5 
 
 		 356 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  23.48 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  26.23 
 
 		 355 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  23.48 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  23.48 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  23.48 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  22.16 
 
 		 356 aa  66.2  0.0000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  24.24 
 
 		 355 aa  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  23.46 
 
 		 352 aa  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  24.23 
 
 		 352 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  27.9 
 
 		 353 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  27.4 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  25.93 
 
 		 355 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  25.62 
 
 		 353 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  25 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3446  YjgP/YjgQ permease  25 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  23.12 
 
 		 353 aa  65.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  25 
 
 		 359 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02855  conserved hypothetical protein  25 
 
 		 386 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000166888  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  22.61 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  22.96 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0714  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  25 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  22.25 
 
 		 358 aa  64.3  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  24.24 
 
 		 351 aa  63.5  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44340  permease YjgP/YjgQ family  25.39 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127644  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  22.1 
 
 		 362 aa  63.2  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  25.07 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  27.5 
 
 		 353 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0495  permease YjgP/YjgQ  23.24 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2177  permease YjgP/YjgQ  25.33 
 
 		 366 aa  61.2  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  25.91 
 
 		 353 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  23.18 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  24.27 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  21.43 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  23.15 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  22.87 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  22.25 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  26.52 
 
 		 353 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  24.65 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  22.44 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  25.62 
 
 		 353 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  22.25 
 
 		 352 aa  59.3  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  22.25 
 
 		 352 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>