191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1542 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  100 
 
 		 362 aa  733    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  64.92 
 
 		 362 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  64.92 
 
 		 362 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  62.71 
 
 		 360 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  48.88 
 
 		 362 aa  350  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  49.16 
 
 		 362 aa  349  3e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  48.88 
 
 		 362 aa  350  3e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  47.24 
 
 		 359 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  44.9 
 
 		 363 aa  317  2e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  37.81 
 
 		 364 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  34.81 
 
 		 361 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  37.12 
 
 		 362 aa  226  7e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  33.98 
 
 		 361 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  35.83 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  34.16 
 
 		 365 aa  217  2e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  33.7 
 
 		 362 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  34.16 
 
 		 365 aa  216  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  37.05 
 
 		 362 aa  216  7e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  33.52 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  32.6 
 
 		 362 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  36.77 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  36.77 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  37.12 
 
 		 363 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  34.82 
 
 		 361 aa  211  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  36.44 
 
 		 363 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  34.08 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  31.62 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  30.22 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  29.67 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  30.22 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  30.22 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  30.05 
 
 		 367 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  29.95 
 
 		 364 aa  152  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  31.28 
 
 		 365 aa  142  8e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  30.6 
 
 		 376 aa  135  9e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  27.22 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  25.81 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  29.22 
 
 		 373 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  25.36 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3906  permease YjgP/YjgQ family protein  26.5 
 
 		 364 aa  99  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  27.02 
 
 		 359 aa  90.9  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  24.36 
 
 		 358 aa  86.3  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0389  hypothetical protein  23.64 
 
 		 360 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.534497 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  25.23 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  25.4 
 
 		 362 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0495  permease YjgP/YjgQ  26.03 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  26.95 
 
 		 353 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  27.76 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  24.57 
 
 		 353 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  24.24 
 
 		 359 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00300614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  25.5 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  27.44 
 
 		 355 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2177  permease YjgP/YjgQ  23.64 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  22.94 
 
 		 356 aa  74.3  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  27.13 
 
 		 355 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  25.5 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0679  permease YjgP/YjgQ family protein  27.63 
 
 		 350 aa  73.6  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17610  permease YjgP/YjgQ family protein  24.27 
 
 		 1040 aa  72  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  24.64 
 
 		 353 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  23.47 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1639  permease YjgP/YjgQ family protein  24.77 
 
 		 359 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000266176  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2369  permease YjgP/YjgQ family protein  22.4 
 
 		 359 aa  70.1  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.792203  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  26.85 
 
 		 353 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1297  permease YjgP/YjgQ family protein  22.71 
 
 		 358 aa  69.7  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0266045  normal  0.200906 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1678  permease YjgP/YjgQ family protein  27.71 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.936868  normal  0.549476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  23.03 
 
 		 369 aa  69.3  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  22.52 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1803  permease YjgP/YjgQ family protein  23.55 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  21.37 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  26.39 
 
 		 353 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  22.92 
 
 		 369 aa  67  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0302  hypothetical protein  22.19 
 
 		 359 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4679  permease YjgP/YjgQ family protein  23.02 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.651305 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2956  permease YjgP/YjgQ family protein  22.55 
 
 		 358 aa  64.3  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.199366  normal  0.888817 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  22.44 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  23.73 
 
 		 792 aa  63.5  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3408  permease YjgP/YjgQ family protein  22.95 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  24.52 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0106  permease YjgP/YjgQ family protein  22.56 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  25.69 
 
 		 359 aa  62  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0157  permease YjgP/YjgQ family protein  22.34 
 
 		 1111 aa  61.6  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000684055  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  22.16 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1198  permease  19.61 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00112188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4009  permease YjgP/YjgQ family protein  25.46 
 
 		 353 aa  60.5  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.137902  normal  0.604815 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  25.35 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3446  YjgP/YjgQ permease  25.6 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  23.75 
 
 		 356 aa  59.7  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  25.26 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0714  permease YjgP/YjgQ family protein  25.26 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4195  permease YjgP/YjgQ family protein  20.85 
 
 		 358 aa  59.3  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02855  conserved hypothetical protein  25.26 
 
 		 386 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000166888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  21.2 
 
 		 383 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  22.82 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1543  permease YjgP/YjgQ family protein  22.25 
 
 		 1096 aa  59.3  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00918394  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0027  permease YjgP/YjgQ family protein  22.88 
 
 		 357 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  24.16 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  22.16 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  22.95 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  23.63 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  26.43 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>