196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0901 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 373 aa  734    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  51.21 
 
 		 364 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  51.21 
 
 		 364 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  51.21 
 
 		 364 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  46.52 
 
 		 364 aa  324  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  45.45 
 
 		 365 aa  310  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  46.42 
 
 		 368 aa  301  8.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  35.83 
 
 		 366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  36.56 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  34.22 
 
 		 369 aa  178  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  31.91 
 
 		 362 aa  168  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  32.1 
 
 		 361 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  31.94 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  30.61 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  35.1 
 
 		 376 aa  159  7e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  31.61 
 
 		 361 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  31.5 
 
 		 362 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  30.79 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  33.87 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  31.9 
 
 		 362 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  33.33 
 
 		 362 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  33.33 
 
 		 362 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  32.18 
 
 		 362 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  31.65 
 
 		 364 aa  149  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  30 
 
 		 365 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  32.71 
 
 		 363 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  29.03 
 
 		 361 aa  140  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  32.37 
 
 		 367 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  30.03 
 
 		 362 aa  139  6e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  30.29 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  29.49 
 
 		 362 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  29.37 
 
 		 360 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  27.73 
 
 		 363 aa  133  6e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  29.68 
 
 		 362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  30.03 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  28.49 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  28.49 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  29.72 
 
 		 365 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  25 
 
 		 359 aa  102  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  26.79 
 
 		 371 aa  100  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  23.86 
 
 		 362 aa  95.5  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  22.5 
 
 		 359 aa  91.3  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  23.32 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  26.11 
 
 		 373 aa  86.7  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  24.26 
 
 		 358 aa  86.3  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  26.33 
 
 		 369 aa  86.3  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  23.08 
 
 		 381 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  23.4 
 
 		 355 aa  77.8  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  24.93 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  24.59 
 
 		 359 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0389  hypothetical protein  24.11 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.534497 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  22.88 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  24.93 
 
 		 354 aa  76.3  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3408  permease YjgP/YjgQ family protein  26.3 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  22.88 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  26.56 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  21.85 
 
 		 353 aa  75.1  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  21.57 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  23.99 
 
 		 387 aa  72.8  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  23.32 
 
 		 353 aa  72.8  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1831  permease YjgP/YjgQ family protein  24.73 
 
 		 387 aa  71.6  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  22.4 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1235  permease YjgP/YjgQ family protein  21.81 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.104582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3640  membrane protein, YjgP/YjgQ like  21.24 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0621  permease YjgP/YjgQ family protein  23.58 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185223  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  21.24 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  23.85 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  26.12 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  23.85 
 
 		 356 aa  69.7  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  21.86 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04128  conserved inner membrane protein  22.4 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00895829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  22.4 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00436584  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4518  putative permease  22.4 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000136034  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04092  hypothetical protein  22.4 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3750  permease YjgP/YjgQ family protein  22.4 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000963246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0302  hypothetical protein  24.86 
 
 		 359 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  22.4 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2227  permease YjgP/YjgQ family protein  21.56 
 
 		 382 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5784  putative permease  22.4 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000901519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  22.4 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1803  permease YjgP/YjgQ family protein  26.91 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1857  permease YjgP/YjgQ  23.18 
 
 		 382 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.693669  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  21.18 
 
 		 359 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00300614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  21.33 
 
 		 358 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  21.33 
 
 		 358 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2468  permease YjgP/YjgQ family protein  23.18 
 
 		 382 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  21.33 
 
 		 358 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2473  permease YjgP/YjgQ family protein  23.18 
 
 		 382 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2171  permease YjgP/YjgQ family protein  21.3 
 
 		 379 aa  67  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.103114 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  24.64 
 
 		 356 aa  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4828  inner membrane protein YjgQ  22.13 
 
 		 360 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5799  YjgP/YjgQ like transporter  22.92 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4765  inner membrane protein YjgQ  22.13 
 
 		 360 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000537326  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0826  permease YjgP/YjgQ family protein  22.16 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.792817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2517  permease YjgP/YjgQ family protein  21.39 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4884  hypothetical protein  22.13 
 
 		 360 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2597  permease YjgP/YjgQ family protein  24.11 
 
 		 368 aa  66.2  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2385  permease YjgP/YjgQ family protein  21.39 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3646  permease YjgP/YjgQ family protein  22.93 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000255423  normal  0.498711 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4865  inner membrane protein YjgQ  22.13 
 
 		 360 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000705517  normal  0.203916 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>