266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3339 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 363 aa  724    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  40.66 
 
 		 362 aa  288  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  44.38 
 
 		 364 aa  279  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  39.34 
 
 		 362 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  40.6 
 
 		 366 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  41.83 
 
 		 362 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  40.83 
 
 		 361 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  39.84 
 
 		 362 aa  259  6e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  38.12 
 
 		 365 aa  256  5e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  39.01 
 
 		 362 aa  255  8e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  39.72 
 
 		 361 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  37.85 
 
 		 365 aa  253  3e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  38.12 
 
 		 361 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  37.88 
 
 		 365 aa  250  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  41.4 
 
 		 376 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  41.76 
 
 		 362 aa  245  8e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  41.48 
 
 		 362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  41.48 
 
 		 362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  38.11 
 
 		 369 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  39.39 
 
 		 364 aa  243  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  41.21 
 
 		 363 aa  243  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  38.57 
 
 		 364 aa  243  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  38.57 
 
 		 364 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  37.67 
 
 		 360 aa  222  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  37.12 
 
 		 362 aa  218  8.999999999999998e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  37.64 
 
 		 367 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  35.81 
 
 		 362 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  36.09 
 
 		 362 aa  212  7e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  36.07 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  36.86 
 
 		 368 aa  202  6e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  34.26 
 
 		 359 aa  202  9e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  34.44 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  37.98 
 
 		 365 aa  199  7.999999999999999e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  34.99 
 
 		 362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  34.62 
 
 		 364 aa  196  4.0000000000000005e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  32.51 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  36.56 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  31.49 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  28.34 
 
 		 371 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  25.71 
 
 		 359 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  27.48 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  23.77 
 
 		 358 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  27.6 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1639  permease YjgP/YjgQ family protein  24.23 
 
 		 359 aa  94  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000266176  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  25.78 
 
 		 354 aa  94  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  25.56 
 
 		 356 aa  92.4  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  28.34 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0188  permease YjgP/YjgQ family protein  23.85 
 
 		 360 aa  92  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  25 
 
 		 355 aa  90.1  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  25.32 
 
 		 365 aa  90.1  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  26.13 
 
 		 369 aa  89.4  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  26.5 
 
 		 353 aa  88.6  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  24.66 
 
 		 359 aa  89  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  25.16 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  27.27 
 
 		 353 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  27.2 
 
 		 356 aa  87.4  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3906  permease YjgP/YjgQ family protein  26.99 
 
 		 364 aa  86.3  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  24.25 
 
 		 353 aa  85.9  9e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  23.66 
 
 		 362 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  27.47 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  25.08 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1512  permease YjgP/YjgQ family protein  27.08 
 
 		 374 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2369  permease YjgP/YjgQ family protein  26.54 
 
 		 359 aa  85.1  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.792203  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  20.96 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00300614  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  23.55 
 
 		 792 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  23.82 
 
 		 365 aa  84  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  25.07 
 
 		 355 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  25.29 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  25.48 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0389  hypothetical protein  25.21 
 
 		 360 aa  83.6  0.000000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.534497 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0512  hypothetical protein  25.34 
 
 		 394 aa  83.6  0.000000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  27.2 
 
 		 353 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  22.48 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  25.51 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2114  permease YjgP/YjgQ  24.12 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44340  permease YjgP/YjgQ family  27.65 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127644  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  25.51 
 
 		 352 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  27.69 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  24.24 
 
 		 355 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1837  permease YjgP/YjgQ family protein  23.64 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  24.44 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  28.53 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  25.85 
 
 		 352 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3408  permease YjgP/YjgQ family protein  22.38 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0302  hypothetical protein  26.01 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2177  permease YjgP/YjgQ  25.93 
 
 		 366 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4195  permease YjgP/YjgQ family protein  27.39 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  24.83 
 
 		 352 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  24.49 
 
 		 352 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  26.84 
 
 		 373 aa  77  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  25.82 
 
 		 353 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  25.75 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  23.45 
 
 		 356 aa  75.9  0.0000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3446  YjgP/YjgQ permease  23.47 
 
 		 359 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  25.82 
 
 		 353 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  27.39 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  27.33 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  22.61 
 
 		 359 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  25.82 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  22.78 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>