288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3906 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3906  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 364 aa  714    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2177  permease YjgP/YjgQ  59.89 
 
 		 366 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0495  permease YjgP/YjgQ  56.56 
 
 		 366 aa  392  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  26.39 
 
 		 356 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  27.03 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  26.46 
 
 		 358 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  25.57 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  25.57 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  25.57 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  24.43 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  25.49 
 
 		 352 aa  99.8  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  25.28 
 
 		 352 aa  99.8  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  28.24 
 
 		 358 aa  99.4  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  28.24 
 
 		 358 aa  99.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  28.24 
 
 		 358 aa  99.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  26.67 
 
 		 354 aa  98.6  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0679  permease YjgP/YjgQ family protein  28.8 
 
 		 350 aa  98.2  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  29.77 
 
 		 360 aa  98.2  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  28.07 
 
 		 367 aa  97.4  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  26.69 
 
 		 352 aa  97.8  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3718  permease YjgP/YjgQ family protein  27.74 
 
 		 356 aa  97.8  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  27.42 
 
 		 356 aa  96.3  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  24.52 
 
 		 365 aa  96.3  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  26.54 
 
 		 359 aa  95.5  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  25.21 
 
 		 352 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  25.21 
 
 		 352 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  26.76 
 
 		 352 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  25.21 
 
 		 352 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  25.56 
 
 		 352 aa  95.1  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  23.21 
 
 		 359 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  26.02 
 
 		 362 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  26.37 
 
 		 353 aa  93.6  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  26.18 
 
 		 356 aa  93.6  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  27.1 
 
 		 356 aa  92.8  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  22.74 
 
 		 363 aa  92.8  9e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  28.8 
 
 		 364 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  29 
 
 		 357 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  26.16 
 
 		 362 aa  92.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  26.02 
 
 		 362 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 352 aa  90.9  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  28.53 
 
 		 364 aa  90.1  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  26.3 
 
 		 355 aa  89.4  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  26.5 
 
 		 362 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  24.45 
 
 		 362 aa  89  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  27.05 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4865  inner membrane protein YjgQ  24.46 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000705517  normal  0.203916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4735  inner membrane protein YjgQ  24.46 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0130058  normal  0.215527 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4884  hypothetical protein  24.46 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4828  inner membrane protein YjgQ  24.46 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  24.18 
 
 		 360 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  26.32 
 
 		 358 aa  88.6  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 352 aa  88.2  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4765  inner membrane protein YjgQ  24.46 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000537326  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1803  permease YjgP/YjgQ family protein  26.06 
 
 		 360 aa  87.4  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  24.15 
 
 		 352 aa  87.8  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1678  permease YjgP/YjgQ family protein  28.26 
 
 		 354 aa  87  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.936868  normal  0.549476 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  26.09 
 
 		 353 aa  87  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04128  conserved inner membrane protein  24.18 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00895829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  24.18 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00436584  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04092  hypothetical protein  24.18 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  24.18 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4518  putative permease  24.18 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000136034  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3750  permease YjgP/YjgQ family protein  24.18 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000963246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5784  putative permease  24.18 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000901519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  24.18 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0876  hypothetical membrane spanning protein  23.62 
 
 		 355 aa  86.7  5e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  24.75 
 
 		 351 aa  86.7  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  24.44 
 
 		 356 aa  86.7  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2554  hypothetical protein  25.75 
 
 		 356 aa  86.3  7e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3080  permease YjgP/YjgQ  25.87 
 
 		 362 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3646  permease YjgP/YjgQ family protein  25.54 
 
 		 360 aa  85.9  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000255423  normal  0.498711 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  25.55 
 
 		 358 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1424  permease YjgP/YjgQ family protein  25.36 
 
 		 360 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.248764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1141  putative permease  23.68 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  26.03 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  26.93 
 
 		 364 aa  84  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  24.84 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0138  permease YjgP/YjgQ family protein  25.47 
 
 		 395 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  26.02 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  27.06 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0446  permease YjgP/YjgQ family protein  25.32 
 
 		 358 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  26.14 
 
 		 792 aa  83.6  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  27.81 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  24.43 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0135  permease YjgP/YjgQ family protein  25.16 
 
 		 395 aa  82.8  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106292 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  25.96 
 
 		 364 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  24.73 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  23.37 
 
 		 383 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  22.97 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  23.49 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  27.16 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  26.38 
 
 		 365 aa  80.5  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  24.38 
 
 		 362 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  24.18 
 
 		 361 aa  79.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  27.72 
 
 		 368 aa  79  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  23.58 
 
 		 356 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3416  permease YjgP/YjgQ family protein  24.25 
 
 		 377 aa  77.8  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.738379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  27.52 
 
 		 362 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  24.39 
 
 		 381 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  21.54 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>