More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3408 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  95.28 
 
 		 360 aa  674    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3408  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 360 aa  728    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  58.61 
 
 		 359 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00300614  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  51.25 
 
 		 359 aa  384  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  50.97 
 
 		 358 aa  379  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  46.54 
 
 		 359 aa  322  7e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1639  permease YjgP/YjgQ family protein  44.17 
 
 		 359 aa  301  1e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000266176  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  35.57 
 
 		 362 aa  249  5e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  30.17 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0188  permease YjgP/YjgQ family protein  27.45 
 
 		 360 aa  164  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  27.15 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1831  permease YjgP/YjgQ family protein  29.94 
 
 		 387 aa  154  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  26.11 
 
 		 792 aa  153  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0302  hypothetical protein  26.76 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2369  permease YjgP/YjgQ family protein  26.4 
 
 		 359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.792203  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0389  hypothetical protein  26.68 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.534497 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1512  permease YjgP/YjgQ family protein  29.03 
 
 		 374 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2033  permease YjgP/YjgQ family protein  25.61 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.971288 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  25.47 
 
 		 371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  27.99 
 
 		 356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1307  permease YjgP/YjgQ family protein  27.37 
 
 		 356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0538  permease YjgP/YjgQ  24.03 
 
 		 392 aa  117  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.914546  decreased coverage  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1837  permease YjgP/YjgQ family protein  26.03 
 
 		 434 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2026  permease YjgP/YjgQ family protein  25.33 
 
 		 358 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.507643  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  25.14 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0512  hypothetical protein  23.71 
 
 		 394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  24.79 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2554  hypothetical protein  25.07 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17610  permease YjgP/YjgQ family protein  26.58 
 
 		 1040 aa  107  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  25.57 
 
 		 388 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0135  permease YjgP/YjgQ family protein  28.84 
 
 		 395 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106292 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  26.39 
 
 		 382 aa  106  7e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0138  permease YjgP/YjgQ family protein  27.76 
 
 		 395 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1949  permease, putative  25.36 
 
 		 359 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000528059  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  25.56 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  22.13 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1695  permease YjgP/YjgQ family protein  24.02 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1198  permease  24.17 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00112188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1044  hypothetical protein  22.91 
 
 		 357 aa  100  5e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000929765  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1297  permease YjgP/YjgQ family protein  24.86 
 
 		 358 aa  99.8  6e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0266045  normal  0.200906 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1510  permease YjgP/YjgQ family protein  25.4 
 
 		 396 aa  99.4  9e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000161428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  22.62 
 
 		 364 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  27.22 
 
 		 389 aa  97.8  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4390  permease YjgP/YjgQ family protein  24.47 
 
 		 391 aa  98.2  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16001  putative permease  21.37 
 
 		 401 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.245859  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  23.31 
 
 		 358 aa  95.9  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15721  putative permease  23.47 
 
 		 386 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.868052  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  24.8 
 
 		 391 aa  94.7  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  22.19 
 
 		 356 aa  95.1  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  22.47 
 
 		 358 aa  94.4  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  25.9 
 
 		 352 aa  94  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  24 
 
 		 356 aa  93.6  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  27.25 
 
 		 357 aa  94  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  22.7 
 
 		 387 aa  94  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  28.33 
 
 		 354 aa  93.6  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1803  permease YjgP/YjgQ family protein  24.79 
 
 		 360 aa  93.2  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1637  permease YjgP/YjgQ  24.6 
 
 		 391 aa  93.2  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0299198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0876  hypothetical membrane spanning protein  21.85 
 
 		 355 aa  92.8  7e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1141  putative permease  21.85 
 
 		 355 aa  92.8  7e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  25.8 
 
 		 381 aa  92.8  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2199  YjgP/YjgQ family protein  25.81 
 
 		 357 aa  92.8  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0311  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1855  permease YjgP/YjgQ family protein  25.81 
 
 		 357 aa  92.8  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0403  permease YjgP/YjgQ  30.96 
 
 		 354 aa  92  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0309466  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2956  permease YjgP/YjgQ family protein  23.14 
 
 		 358 aa  92.4  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.199366  normal  0.888817 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15831  putative permease  21.96 
 
 		 401 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0944857  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  24.43 
 
 		 354 aa  92.4  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  23.39 
 
 		 403 aa  91.3  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0495  permease YjgP/YjgQ  23.43 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  22.54 
 
 		 356 aa  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1543  permease YjgP/YjgQ family protein  22.25 
 
 		 1096 aa  91.7  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00918394  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  23.94 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0170  putative permease  24 
 
 		 395 aa  90.9  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.736703  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  26.35 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  26 
 
 		 352 aa  90.9  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1374  SecD export membrane protein  24.15 
 
 		 352 aa  91.3  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  24.79 
 
 		 351 aa  91.3  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2597  permease YjgP/YjgQ family protein  24.03 
 
 		 368 aa  90.5  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1482  putative permease  22.87 
 
 		 400 aa  90.5  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0253141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  25.79 
 
 		 361 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  25.35 
 
 		 360 aa  90.1  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  24.08 
 
 		 369 aa  90.1  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2734  permease YjgP/YjgQ family protein  26.05 
 
 		 364 aa  89.7  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0157  permease YjgP/YjgQ family protein  20.39 
 
 		 1111 aa  90.1  6e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000684055  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02855  conserved hypothetical protein  22.77 
 
 		 386 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000166888  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  26.92 
 
 		 391 aa  89.7  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08021  putative permease  24.27 
 
 		 395 aa  89.4  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3159  YjgP/YjgQ permease  22.77 
 
 		 359 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  23.51 
 
 		 368 aa  89.4  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02804  hypothetical protein  22.77 
 
 		 359 aa  89.4  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000115691  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0714  permease YjgP/YjgQ family protein  22.77 
 
 		 359 aa  89.4  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0112  permease YjgP/YjgQ family protein  23.12 
 
 		 370 aa  89.4  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.378963  hitchhiker  0.000636313 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  22.61 
 
 		 373 aa  89  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  22.75 
 
 		 356 aa  89  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2122  permease YjgP/YjgQ family protein  25.49 
 
 		 393 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3264  YjgP/YjgQ permease  22.77 
 
 		 359 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1429  permease YjgP/YjgQ family protein  24.38 
 
 		 367 aa  88.2  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.398459  normal  0.880258 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  22.64 
 
 		 353 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2169  permease YjgP/YjgQ family protein  25.49 
 
 		 393 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.330163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  24.57 
 
 		 352 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  24.57 
 
 		 352 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>