More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3407 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  92.58 
 
 
391 aa  706    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 
391 aa  799    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  56.3 
 
 
389 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  47.3 
 
 
418 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  46.2 
 
 
399 aa  347  2e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  44.42 
 
 
382 aa  331  2e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  46.22 
 
 
379 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  36.69 
 
 
418 aa  233  5e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  32.89 
 
 
391 aa  210  4e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  31.97 
 
 
423 aa  202  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1948  permease, putative  32.36 
 
 
397 aa  192  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00215493  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  30.97 
 
 
380 aa  189  9e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  31.52 
 
 
379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  30.08 
 
 
365 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  30.89 
 
 
392 aa  177  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  27.46 
 
 
403 aa  173  5.999999999999999e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  28.61 
 
 
792 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16001  putative permease  30.26 
 
 
401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.245859  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0512  hypothetical protein  30.79 
 
 
394 aa  147  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  28.18 
 
 
356 aa  145  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1804  permease YjgP/YjgQ family protein  30.7 
 
 
392 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15831  putative permease  30.42 
 
 
401 aa  144  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0944857  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1307  permease YjgP/YjgQ family protein  26.5 
 
 
356 aa  142  9e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  28.21 
 
 
370 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1296  permease YjgP/YjgQ family protein  30.62 
 
 
395 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00381796  normal  0.151885 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  25.17 
 
 
442 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  26.34 
 
 
388 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17610  permease YjgP/YjgQ family protein  27.32 
 
 
1040 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15721  putative permease  29.47 
 
 
386 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.868052  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0538  permease YjgP/YjgQ  26.67 
 
 
392 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.914546  decreased coverage  0.0076294 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  32.46 
 
 
443 aa  125  9e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1482  putative permease  28.04 
 
 
400 aa  124  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0253141  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  25.94 
 
 
398 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0318  permease YjgP/YjgQ family protein  24.62 
 
 
363 aa  122  9.999999999999999e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.341931 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2734  permease YjgP/YjgQ family protein  25.84 
 
 
364 aa  120  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  26.67 
 
 
402 aa  119  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09981  putative permease  26.49 
 
 
401 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.341989 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1637  permease YjgP/YjgQ  26.15 
 
 
391 aa  117  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0299198  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2122  permease YjgP/YjgQ family protein  29.72 
 
 
393 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2169  permease YjgP/YjgQ family protein  29.72 
 
 
393 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.330163  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1837  permease YjgP/YjgQ family protein  22.55 
 
 
434 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  26.67 
 
 
371 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  24.3 
 
 
441 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4390  permease YjgP/YjgQ family protein  24.93 
 
 
391 aa  110  6e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0309  permease YjgP/YjgQ family protein  23.91 
 
 
417 aa  110  6e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  23.58 
 
 
370 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  23.58 
 
 
370 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0148  permease YjgP/YjgQ family protein  25.29 
 
 
364 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.496142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  23.58 
 
 
370 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  25.71 
 
 
371 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  25.71 
 
 
371 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  24.22 
 
 
384 aa  107  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1901  permease YjgP/YjgQ family protein  30.04 
 
 
441 aa  106  8e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  24.3 
 
 
370 aa  105  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1030  permease YjgP/YjgQ family protein  24.23 
 
 
1061 aa  105  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  26.49 
 
 
388 aa  104  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  25.07 
 
 
359 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  24.57 
 
 
370 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1512  permease YjgP/YjgQ family protein  27.64 
 
 
374 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  26.88 
 
 
400 aa  104  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2508  permease YjgP/YjgQ family protein  28.77 
 
 
389 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.756055 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1090  permease YjgP/YjgQ family protein  23.96 
 
 
1061 aa  103  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0453768  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0241  permease YjgP/YjgQ family protein  27.08 
 
 
481 aa  103  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0135  permease YjgP/YjgQ family protein  23.59 
 
 
395 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000106292 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  25 
 
 
359 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0138  permease YjgP/YjgQ family protein  23.32 
 
 
395 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0170  putative permease  28.27 
 
 
395 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.736703  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  23.89 
 
 
370 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  28.04 
 
 
386 aa  101  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  22.51 
 
 
370 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  23.16 
 
 
388 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2033  permease YjgP/YjgQ family protein  26.32 
 
 
360 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.971288 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  23.82 
 
 
371 aa  99.8  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  24.47 
 
 
396 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  25.56 
 
 
370 aa  99  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  25.08 
 
 
442 aa  98.6  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1232  permease  27.37 
 
 
384 aa  98.2  2e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  27.17 
 
 
371 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  25.82 
 
 
383 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  24.29 
 
 
373 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16801  putative permease  27.2 
 
 
403 aa  96.7  6e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.636863 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08021  putative permease  27.61 
 
 
395 aa  96.3  8e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  25.99 
 
 
367 aa  95.5  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  23.18 
 
 
369 aa  95.9  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  23.15 
 
 
358 aa  95.5  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  25.56 
 
 
359 aa  94.4  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  24.47 
 
 
360 aa  94  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1788  permease  27.59 
 
 
483 aa  94  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0970629 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1179  permease YjgP/YjgQ family protein  23.4 
 
 
370 aa  94  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  26.61 
 
 
371 aa  94  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  24.86 
 
 
366 aa  93.6  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1352  permease YjgP/YjgQ family protein  21.79 
 
 
1153 aa  92.8  9e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.929762  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  25.52 
 
 
370 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  25.52 
 
 
370 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  25.78 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  26.42 
 
 
370 aa  91.3  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  25.86 
 
 
370 aa  90.9  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  25.58 
 
 
360 aa  90.9  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  24.29 
 
 
366 aa  90.5  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0302  hypothetical protein  23.82 
 
 
359 aa  90.5  5e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>