185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1544 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2900  permease  99.73 
 
 
376 aa  734    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 
376 aa  736    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  90.69 
 
 
376 aa  646    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  52.3 
 
 
382 aa  351  1e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  49.27 
 
 
371 aa  314  9.999999999999999e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  44.84 
 
 
379 aa  312  5.999999999999999e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  42.32 
 
 
380 aa  270  4e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  30.46 
 
 
388 aa  159  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  29.79 
 
 
373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  26.79 
 
 
396 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  25.7 
 
 
398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  27.17 
 
 
378 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  27.86 
 
 
386 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  27.01 
 
 
389 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  27.52 
 
 
389 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  27.52 
 
 
389 aa  116  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  27.66 
 
 
389 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  28.09 
 
 
390 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  28.51 
 
 
389 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  27.32 
 
 
416 aa  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  27.13 
 
 
388 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  28.43 
 
 
388 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  30.33 
 
 
405 aa  106  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  27.76 
 
 
388 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  25.59 
 
 
388 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  25.44 
 
 
388 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  24.56 
 
 
388 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  24.19 
 
 
396 aa  97.1  4e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  25.27 
 
 
402 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  27.35 
 
 
386 aa  95.5  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  23.8 
 
 
399 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  24.91 
 
 
402 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  24.91 
 
 
402 aa  90.5  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 
390 aa  84  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  23.33 
 
 
393 aa  76.6  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  27.74 
 
 
392 aa  75.5  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  22.92 
 
 
393 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1695  permease YjgP/YjgQ family protein  30.81 
 
 
361 aa  73.2  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  28.43 
 
 
443 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  23.7 
 
 
391 aa  69.7  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  24.87 
 
 
403 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2508  permease YjgP/YjgQ family protein  37.32 
 
 
389 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.756055 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  24.84 
 
 
418 aa  65.1  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  22.69 
 
 
495 aa  64.7  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2734  permease YjgP/YjgQ family protein  19.73 
 
 
364 aa  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0389  hypothetical protein  30.87 
 
 
360 aa  62  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.534497 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  23.79 
 
 
442 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  20.71 
 
 
418 aa  61.2  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0241  permease YjgP/YjgQ family protein  24.91 
 
 
481 aa  60.8  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  23.65 
 
 
444 aa  60.8  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  26.27 
 
 
402 aa  60.5  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2596  permease YjgP/YjgQ family protein  25.64 
 
 
364 aa  59.7  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0445451 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  22.35 
 
 
369 aa  59.3  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  24.66 
 
 
379 aa  59.3  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  23.44 
 
 
442 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  25.56 
 
 
370 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  24.83 
 
 
382 aa  58.2  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0170  putative permease  22.71 
 
 
395 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.736703  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0148  permease YjgP/YjgQ family protein  22.26 
 
 
364 aa  57.4  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.496142  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4679  permease YjgP/YjgQ family protein  21.53 
 
 
360 aa  56.6  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.651305 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1637  permease YjgP/YjgQ  30.88 
 
 
391 aa  56.2  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0299198  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0135  permease YjgP/YjgQ family protein  29.1 
 
 
395 aa  56.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000106292 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0138  permease YjgP/YjgQ family protein  29.1 
 
 
395 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  24.19 
 
 
478 aa  56.6  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  26.56 
 
 
369 aa  56.2  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  24.21 
 
 
399 aa  55.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  26.56 
 
 
369 aa  55.1  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  23.51 
 
 
365 aa  55.1  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08021  putative permease  22.37 
 
 
395 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  26.51 
 
 
792 aa  54.7  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1901  permease YjgP/YjgQ family protein  24.87 
 
 
441 aa  54.3  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0309  permease YjgP/YjgQ family protein  21.59 
 
 
417 aa  54.3  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  27.91 
 
 
386 aa  53.9  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  23.55 
 
 
402 aa  53.9  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  24.31 
 
 
389 aa  53.9  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0501  hypothetical protein  26.87 
 
 
360 aa  53.5  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.183407 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4390  permease YjgP/YjgQ family protein  26.95 
 
 
391 aa  53.5  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0302  hypothetical protein  28.57 
 
 
359 aa  53.1  0.000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  25.36 
 
 
369 aa  53.1  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  23.33 
 
 
391 aa  52.8  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  25.18 
 
 
366 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09981  putative permease  25.76 
 
 
401 aa  52.8  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.341989 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  28.57 
 
 
362 aa  52.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1307  permease YjgP/YjgQ family protein  19.79 
 
 
356 aa  52.8  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1512  permease YjgP/YjgQ family protein  32.31 
 
 
374 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  24.8 
 
 
388 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2209  permease YjgP/YjgQ family protein  28.27 
 
 
377 aa  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.145759  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  23.11 
 
 
368 aa  51.2  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  25.17 
 
 
360 aa  51.2  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  23.65 
 
 
400 aa  51.2  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  26.56 
 
 
370 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  27.65 
 
 
362 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  28.57 
 
 
376 aa  50.8  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  23.61 
 
 
371 aa  50.4  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  25.1 
 
 
366 aa  50.4  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2369  permease YjgP/YjgQ family protein  23.57 
 
 
359 aa  50.4  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.792203  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3537  permease YjgP/YjgQ family protein  24.84 
 
 
369 aa  50.1  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0234236 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  23.81 
 
 
381 aa  50.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  24.78 
 
 
359 aa  49.7  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0538  permease YjgP/YjgQ  21.41 
 
 
392 aa  49.7  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.914546  decreased coverage  0.0076294 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>