263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2313 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 388 aa  771    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  79.53 
 
 		 388 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  78.09 
 
 		 388 aa  610  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  78.35 
 
 		 388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  72.28 
 
 		 389 aa  551  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  71.76 
 
 		 389 aa  549  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  72.09 
 
 		 390 aa  546  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  43.32 
 
 		 388 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  43.14 
 
 		 388 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  41.57 
 
 		 386 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  40.17 
 
 		 389 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  39.89 
 
 		 389 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  39.89 
 
 		 389 aa  268  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  38.02 
 
 		 405 aa  237  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  35.46 
 
 		 416 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  33.33 
 
 		 390 aa  199  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  34.44 
 
 		 388 aa  196  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  31.99 
 
 		 402 aa  195  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  32.24 
 
 		 393 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  31.4 
 
 		 402 aa  187  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  31.34 
 
 		 393 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  31.1 
 
 		 402 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  33.15 
 
 		 373 aa  182  9.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  31.37 
 
 		 396 aa  181  2e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  29.49 
 
 		 399 aa  172  6.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  30.25 
 
 		 398 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  29.41 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  29.29 
 
 		 379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  31.17 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  26.82 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  26.41 
 
 		 371 aa  109  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  25.97 
 
 		 380 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  27.11 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  26.02 
 
 		 376 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  25.58 
 
 		 376 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  25.69 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  30.34 
 
 		 371 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  27.62 
 
 		 389 aa  95.9  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  30.03 
 
 		 371 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  29.41 
 
 		 371 aa  90.1  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  23.68 
 
 		 418 aa  86.3  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  24.84 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  25.87 
 
 		 400 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  24.7 
 
 		 382 aa  76.3  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  26.3 
 
 		 418 aa  73.9  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  29.9 
 
 		 368 aa  73.9  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  26.79 
 
 		 371 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  26.43 
 
 		 370 aa  73.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  28.34 
 
 		 372 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  27.41 
 
 		 371 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  26.67 
 
 		 372 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  26.05 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  27.41 
 
 		 383 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  26.84 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0496  permease YjgP/YjgQ  22.82 
 
 		 414 aa  72  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  23.17 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  27.14 
 
 		 402 aa  70.5  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  25.31 
 
 		 391 aa  69.7  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  27.06 
 
 		 792 aa  69.7  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  26.17 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  25.7 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  21.94 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  26.47 
 
 		 375 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  23.62 
 
 		 391 aa  67  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  26.6 
 
 		 372 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  24.9 
 
 		 495 aa  66.6  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  30.25 
 
 		 366 aa  67  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  26.1 
 
 		 388 aa  66.2  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  25.4 
 
 		 380 aa  66.2  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  25.39 
 
 		 442 aa  66.2  0.0000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  22.03 
 
 		 358 aa  64.7  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1373  queuine tRNA-ribosyltransferase  26.96 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  24.65 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  26.85 
 
 		 376 aa  64.3  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  27.87 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  25.71 
 
 		 379 aa  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  24.63 
 
 		 358 aa  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0241  permease YjgP/YjgQ family protein  27.44 
 
 		 481 aa  63.5  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  28.26 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  27.72 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  26.52 
 
 		 444 aa  62.4  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  24.72 
 
 		 384 aa  62.4  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  27.44 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  25.81 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  23.63 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  27.17 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  24.37 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0537  permease YjgP/YjgQ family protein  26.39 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0613487  normal  0.97553 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1804  permease YjgP/YjgQ family protein  23.26 
 
 		 392 aa  60.1  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  27.24 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00300614  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  22.9 
 
 		 366 aa  60.1  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  26.79 
 
 		 373 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 370 aa  59.7  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  26.14 
 
 		 366 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  26.55 
 
 		 366 aa  59.3  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0748  YjgP/YjgQ permease  23.66 
 
 		 341 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>