288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3561 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 368 aa  745    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  64.31 
 
 		 366 aa  472  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  50.41 
 
 		 371 aa  375  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  48.89 
 
 		 370 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  49.17 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  49.17 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  48.91 
 
 		 370 aa  367  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  48.91 
 
 		 370 aa  366  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  47.7 
 
 		 369 aa  366  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  50.28 
 
 		 370 aa  363  2e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  49.17 
 
 		 370 aa  362  4e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  51.48 
 
 		 388 aa  362  7.0000000000000005e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  48.1 
 
 		 370 aa  346  4e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1179  permease YjgP/YjgQ family protein  47.28 
 
 		 370 aa  342  4e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301073  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  47.55 
 
 		 370 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2908  permease YjgP/YjgQ family protein  47.78 
 
 		 370 aa  335  5e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000409785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  47.01 
 
 		 370 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  47.01 
 
 		 370 aa  334  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  45.96 
 
 		 370 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  41.83 
 
 		 370 aa  293  3e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  38.15 
 
 		 366 aa  281  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  41.12 
 
 		 366 aa  276  6e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  39.02 
 
 		 366 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  36.44 
 
 		 373 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  36.49 
 
 		 372 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  37.36 
 
 		 358 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  37.72 
 
 		 371 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  34.25 
 
 		 375 aa  245  9e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  33.7 
 
 		 375 aa  243  5e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  36.84 
 
 		 371 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  36.84 
 
 		 371 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  36.55 
 
 		 383 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  38.71 
 
 		 372 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  37.11 
 
 		 372 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2683  hypothetical protein  32.58 
 
 		 359 aa  231  1e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  36.71 
 
 		 371 aa  232  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2555  hypothetical protein  32.3 
 
 		 359 aa  229  6e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  36.16 
 
 		 370 aa  228  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  38.78 
 
 		 376 aa  223  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  35.9 
 
 		 367 aa  223  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3678  permease YjgP/YjgQ family protein  35.62 
 
 		 364 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000432318  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4048  hypothetical protein  35.62 
 
 		 364 aa  218  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000983322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3542  putative permease  35.62 
 
 		 364 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000328546  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  33.82 
 
 		 386 aa  209  5e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  35.85 
 
 		 372 aa  208  9e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04127  conserved inner membrane protein  37.94 
 
 		 366 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000245131  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3751  permease YjgP/YjgQ family protein  37.94 
 
 		 366 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4742  putative permease  37.94 
 
 		 366 aa  206  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000002134  normal  0.891327 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4517  putative permease  37.94 
 
 		 366 aa  206  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2463499999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04091  hypothetical protein  37.94 
 
 		 366 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000267736  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4834  putaitve permease  37.94 
 
 		 366 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000998605  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5783  putative permease  37.94 
 
 		 366 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000294674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3647  permease YjgP/YjgQ family protein  36.64 
 
 		 366 aa  205  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000993409  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1373  queuine tRNA-ribosyltransferase  33.85 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4827  putative permease  36.54 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000984202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4864  putative permease  36.54 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000973807  normal  0.308777 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4764  putative permease  36.54 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000634787  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4734  putative permease  36.54 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000385303  normal  0.325053 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4883  permease  36.54 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00332815  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3719  permease YjgP/YjgQ family protein  38.63 
 
 		 370 aa  202  9e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3556  permease YjgP/YjgQ family protein  37.77 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0563  permease YjgP/YjgQ family protein  36.44 
 
 		 364 aa  200  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000298554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0517  permease  35.08 
 
 		 367 aa  197  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300348  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  33.24 
 
 		 367 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3736  permease YjgP/YjgQ family protein  36.86 
 
 		 359 aa  192  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00233017  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  31.76 
 
 		 381 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1142  putative permease  36.36 
 
 		 370 aa  186  5e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  30.59 
 
 		 361 aa  186  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  34.2 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0875  hypothetical membrane spanning protein  35.45 
 
 		 372 aa  177  2e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  31.12 
 
 		 369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4008  permease YjgP/YjgQ family protein  31.88 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618501 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  29.24 
 
 		 371 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2220  permease YjgP/YjgQ family protein  28.53 
 
 		 372 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1234  permease YjgP/YjgQ family protein  26.89 
 
 		 371 aa  155  9e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0822  permease, putative  28.25 
 
 		 365 aa  155  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0622  permease YjgP/YjgQ family protein  30.14 
 
 		 371 aa  153  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0271293  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2680  permease YjgP/YjgQ family protein  27.97 
 
 		 372 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2684  permease YjgP/YjgQ  27.68 
 
 		 373 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  29.01 
 
 		 363 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1014  hypothetical protein  27.75 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.146018  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0671  permease, putative  27.75 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1654  hypothetical protein  27.75 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.398552  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1174  permease, putative  27.75 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2945  hypothetical protein  27.75 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1021  hypothetical protein  27.75 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0827  permease YjgP/YjgQ family protein  28.85 
 
 		 364 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.249961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2340  hypothetical protein  27.75 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  28.45 
 
 		 363 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2416  hypothetical protein  27.97 
 
 		 372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2114  permease YjgP/YjgQ family protein  30.87 
 
 		 386 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.774642 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1856  permease YjgP/YjgQ  29.09 
 
 		 364 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2472  permease YjgP/YjgQ family protein  29.09 
 
 		 364 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0581  hypothetical protein  30.58 
 
 		 359 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.201151  normal  0.566997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2808  permease YjgP/YjgQ  26.7 
 
 		 372 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.94667  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2226  permease YjgP/YjgQ family protein  27.9 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2467  permease YjgP/YjgQ family protein  29.09 
 
 		 364 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  28.35 
 
 		 363 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44330  permease YjgP/YjgQ family  26.9 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.504882  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2743  permease YjgP/YjgQ family protein  26.92 
 
 		 367 aa  139  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.731454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>