184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1190 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 380 aa  743    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  42.32 
 
 		 376 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  43.19 
 
 		 382 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  42.32 
 
 		 376 aa  286  4e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  41.78 
 
 		 376 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  41.05 
 
 		 379 aa  277  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  39.88 
 
 		 371 aa  248  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  27.27 
 
 		 398 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  27.13 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  28.37 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  27.64 
 
 		 388 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  28.11 
 
 		 388 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  25.97 
 
 		 388 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  27.4 
 
 		 388 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  26.99 
 
 		 396 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  24.05 
 
 		 396 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  26.07 
 
 		 378 aa  109  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  25.09 
 
 		 390 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  26.96 
 
 		 393 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  25.09 
 
 		 389 aa  106  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  27.33 
 
 		 390 aa  106  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  25.34 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  26.58 
 
 		 388 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  26.47 
 
 		 388 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  26.39 
 
 		 416 aa  99.8  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  25.36 
 
 		 389 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  26.33 
 
 		 399 aa  99  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  25.63 
 
 		 402 aa  99  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  25.93 
 
 		 386 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  25.75 
 
 		 402 aa  97.1  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  24.55 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  27.78 
 
 		 386 aa  94  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  25.42 
 
 		 402 aa  93.6  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  24.06 
 
 		 389 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  24.06 
 
 		 389 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  26.54 
 
 		 405 aa  93.2  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  24.66 
 
 		 391 aa  79  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  27.04 
 
 		 392 aa  78.2  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  30.09 
 
 		 370 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  26.82 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  28.21 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  28.04 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  24.44 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  25.23 
 
 		 382 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  26.59 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  26.22 
 
 		 370 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  26.22 
 
 		 370 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  26.22 
 
 		 370 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  24.21 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  23.63 
 
 		 495 aa  65.5  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  28.21 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  27.62 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  26.16 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  25.7 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  27.84 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1943  putative transmembrane protein  27.89 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.729281  normal  0.0884093 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  23.61 
 
 		 418 aa  60.8  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  26.86 
 
 		 366 aa  60.8  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  25.32 
 
 		 371 aa  61.2  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  25.37 
 
 		 403 aa  59.7  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0241  permease YjgP/YjgQ family protein  26.4 
 
 		 481 aa  59.7  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  28.31 
 
 		 402 aa  59.7  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  29.81 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09981  putative permease  22.71 
 
 		 401 aa  59.7  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.341989 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  24.92 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  26.15 
 
 		 478 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  23.2 
 
 		 366 aa  59.3  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2596  permease YjgP/YjgQ family protein  28.57 
 
 		 364 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0445451 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  24.46 
 
 		 384 aa  58.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0512  hypothetical protein  30.89 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  23.81 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1804  permease YjgP/YjgQ family protein  24.41 
 
 		 392 aa  57.8  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1695  permease YjgP/YjgQ family protein  23.57 
 
 		 361 aa  58.2  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2508  permease YjgP/YjgQ family protein  35.29 
 
 		 389 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.756055 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  23.4 
 
 		 443 aa  57  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  19.59 
 
 		 418 aa  57  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  25.25 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0593  permease-like protein  23.2 
 
 		 386 aa  55.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.472296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  20.92 
 
 		 365 aa  55.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  23.16 
 
 		 399 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  25.16 
 
 		 441 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1637  permease YjgP/YjgQ  23.62 
 
 		 391 aa  55.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0299198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  24.24 
 
 		 792 aa  55.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  24.34 
 
 		 379 aa  54.7  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  25.38 
 
 		 358 aa  55.5  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15721  putative permease  24.43 
 
 		 386 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.868052  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  26.9 
 
 		 360 aa  53.9  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1512  permease YjgP/YjgQ family protein  28.8 
 
 		 374 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0389  hypothetical protein  24.03 
 
 		 360 aa  53.5  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.534497 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3160  YjgP/YjgQ permease  26.51 
 
 		 356 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3447  YjgP/YjgQ permease  26.51 
 
 		 356 aa  53.1  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  24.63 
 
 		 444 aa  53.1  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  27.15 
 
 		 386 aa  53.1  0.000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3265  YjgP/YjgQ permease  26.51 
 
 		 356 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.342085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  30.37 
 
 		 376 aa  53.1  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  22.57 
 
 		 442 aa  52.4  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0366  permease YjgP/YjgQ family protein  21.49 
 
 		 336 aa  52.4  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000710908  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  25.63 
 
 		 442 aa  52.4  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1901  permease YjgP/YjgQ family protein  25.49 
 
 		 441 aa  52.4  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4390  permease YjgP/YjgQ family protein  22.34 
 
 		 391 aa  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>