193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2596 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2596  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 364 aa  723    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0445451 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1943  putative transmembrane protein  57.87 
 
 		 363 aa  404  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.729281  normal  0.0884093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3538  permease YjgP/YjgQ family protein  47.58 
 
 		 375 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0147965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2729  permease YjgP/YjgQ family protein  46.42 
 
 		 379 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.447147  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3163  permease YjgP/YjgQ family protein  48.06 
 
 		 365 aa  311  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4923  permease YjgP/YjgQ family protein  50.89 
 
 		 372 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2115  permease YjgP/YjgQ  44.01 
 
 		 373 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2170  permease YjgP/YjgQ family protein  44.24 
 
 		 373 aa  297  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.233438 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2407  permease YjgP/YjgQ  45.34 
 
 		 376 aa  295  9e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.481022  normal  0.64368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1724  permease YjgP/YjgQ family protein  48.02 
 
 		 363 aa  291  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1920  permease YjgP/YjgQ family protein  48.02 
 
 		 363 aa  291  1e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  37.75 
 
 		 363 aa  265  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  37.46 
 
 		 363 aa  265  8e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0827  permease YjgP/YjgQ family protein  37.75 
 
 		 364 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.249961  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0671  permease, putative  38.87 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1174  permease, putative  38.87 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2340  hypothetical protein  38.87 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2945  hypothetical protein  38.87 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1021  hypothetical protein  38.87 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1654  hypothetical protein  38.87 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.398552  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2220  permease YjgP/YjgQ family protein  39.43 
 
 		 372 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0822  permease, putative  38.59 
 
 		 365 aa  263  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2226  permease YjgP/YjgQ family protein  38.03 
 
 		 370 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2680  permease YjgP/YjgQ family protein  39.43 
 
 		 372 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1014  hypothetical protein  38.78 
 
 		 365 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.146018  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2472  permease YjgP/YjgQ family protein  38.16 
 
 		 364 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2467  permease YjgP/YjgQ family protein  38.16 
 
 		 364 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  37.46 
 
 		 363 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1856  permease YjgP/YjgQ  37.88 
 
 		 364 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3639  membrane protein, YjgP/YjgQ like  36.9 
 
 		 365 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1234  permease YjgP/YjgQ family protein  36.71 
 
 		 371 aa  248  9e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  36.34 
 
 		 365 aa  248  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0622  permease YjgP/YjgQ family protein  36.99 
 
 		 371 aa  244  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0271293  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2416  hypothetical protein  39.71 
 
 		 372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2808  permease YjgP/YjgQ  37.43 
 
 		 372 aa  239  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.94667  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2684  permease YjgP/YjgQ  35.85 
 
 		 373 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3081  permease YjgP/YjgQ  33.98 
 
 		 360 aa  223  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.770978  normal  0.0713723 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  33.33 
 
 		 361 aa  204  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2786  permease YjgP/YjgQ family protein  35.65 
 
 		 360 aa  192  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0581  hypothetical protein  33.43 
 
 		 359 aa  186  5e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.201151  normal  0.566997 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  31.01 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  28.05 
 
 		 381 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  30.37 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  26.17 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  26.83 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  26.88 
 
 		 376 aa  119  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2114  permease YjgP/YjgQ family protein  32.24 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.774642 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  27.37 
 
 		 372 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  26.52 
 
 		 373 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2743  permease YjgP/YjgQ family protein  26.23 
 
 		 367 aa  115  7.999999999999999e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.731454  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  25.82 
 
 		 371 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  25.55 
 
 		 371 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  26.56 
 
 		 372 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  25.55 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  25.7 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  24.52 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  24.87 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  26.63 
 
 		 371 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  26.07 
 
 		 372 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4008  permease YjgP/YjgQ family protein  26.93 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618501 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  27.51 
 
 		 369 aa  105  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  26.44 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  28.13 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  25.87 
 
 		 388 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  26.89 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  26.98 
 
 		 386 aa  100  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  26.56 
 
 		 368 aa  100  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  25.99 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  25.47 
 
 		 371 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  24.46 
 
 		 370 aa  96.7  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1374  permease YjgP/YjgQ family protein  24.54 
 
 		 363 aa  94.7  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44330  permease YjgP/YjgQ family  27.57 
 
 		 357 aa  95.1  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.504882  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  24.84 
 
 		 370 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  25.39 
 
 		 370 aa  94  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  27.24 
 
 		 370 aa  93.6  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0517  permease  28.2 
 
 		 367 aa  93.6  5e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300348  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  25.08 
 
 		 370 aa  93.2  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  24.53 
 
 		 370 aa  93.2  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  24.53 
 
 		 370 aa  93.2  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0537  permease YjgP/YjgQ family protein  28.53 
 
 		 360 aa  93.2  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0613487  normal  0.97553 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2908  permease YjgP/YjgQ family protein  25.47 
 
 		 370 aa  93.2  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000409785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0563  permease YjgP/YjgQ family protein  28.67 
 
 		 364 aa  92.4  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000298554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  27.15 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1179  permease YjgP/YjgQ family protein  27.33 
 
 		 370 aa  92.4  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301073  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  24.77 
 
 		 370 aa  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  25.61 
 
 		 370 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  26.71 
 
 		 370 aa  92  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  23.84 
 
 		 366 aa  90.5  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  25.47 
 
 		 370 aa  90.1  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  25.47 
 
 		 370 aa  90.1  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  25.9 
 
 		 358 aa  89.4  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  24.17 
 
 		 366 aa  89.4  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  25.47 
 
 		 370 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  24.15 
 
 		 358 aa  89  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  24.15 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02661  putative permease, YjgP/YjgQ family  28.92 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0875  hypothetical membrane spanning protein  28.89 
 
 		 372 aa  86.7  7e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1142  putative permease  28.89 
 
 		 370 aa  86.3  9e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2683  hypothetical protein  22.32 
 
 		 359 aa  85.1  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3265  YjgP/YjgQ permease  28.83 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.342085  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>