159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2220 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2416  hypothetical protein  92.2 
 
 		 372 aa  687    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2680  permease YjgP/YjgQ family protein  98.39 
 
 		 372 aa  744    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2220  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 372 aa  752    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2808  permease YjgP/YjgQ  72.58 
 
 		 372 aa  564  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.94667  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2684  permease YjgP/YjgQ  70.78 
 
 		 373 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1234  permease YjgP/YjgQ family protein  56.09 
 
 		 371 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0822  permease, putative  53.16 
 
 		 365 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1014  hypothetical protein  52.72 
 
 		 365 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.146018  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0622  permease YjgP/YjgQ family protein  55.18 
 
 		 371 aa  385  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0271293  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2226  permease YjgP/YjgQ family protein  53.01 
 
 		 370 aa  383  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754034  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0671  permease, putative  52.72 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1174  permease, putative  52.72 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2340  hypothetical protein  52.72 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2945  hypothetical protein  52.72 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1021  hypothetical protein  52.72 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1654  hypothetical protein  52.72 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.398552  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0827  permease YjgP/YjgQ family protein  51.84 
 
 		 364 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.249961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3639  membrane protein, YjgP/YjgQ like  53.12 
 
 		 365 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2467  permease YjgP/YjgQ family protein  54.29 
 
 		 364 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2472  permease YjgP/YjgQ family protein  54.29 
 
 		 364 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  51.43 
 
 		 363 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1856  permease YjgP/YjgQ  53.99 
 
 		 364 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  52.84 
 
 		 365 aa  378  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  51.56 
 
 		 363 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  54.13 
 
 		 363 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3081  permease YjgP/YjgQ  44.78 
 
 		 360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.770978  normal  0.0713723 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  41.67 
 
 		 361 aa  290  4e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2407  permease YjgP/YjgQ  42.06 
 
 		 376 aa  278  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.481022  normal  0.64368 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2170  permease YjgP/YjgQ family protein  42.99 
 
 		 373 aa  270  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.233438 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2115  permease YjgP/YjgQ  38.57 
 
 		 373 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0581  hypothetical protein  38.87 
 
 		 359 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.201151  normal  0.566997 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1943  putative transmembrane protein  42.18 
 
 		 363 aa  252  7e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.729281  normal  0.0884093 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2729  permease YjgP/YjgQ family protein  38.81 
 
 		 379 aa  252  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.447147  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2596  permease YjgP/YjgQ family protein  39.43 
 
 		 364 aa  251  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0445451 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2786  permease YjgP/YjgQ family protein  43.75 
 
 		 360 aa  250  3e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4923  permease YjgP/YjgQ family protein  38.02 
 
 		 372 aa  245  6.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3163  permease YjgP/YjgQ family protein  38.55 
 
 		 365 aa  238  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3538  permease YjgP/YjgQ family protein  38.11 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0147965 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1724  permease YjgP/YjgQ family protein  37.22 
 
 		 363 aa  233  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1920  permease YjgP/YjgQ family protein  37.22 
 
 		 363 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  34.05 
 
 		 339 aa  191  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  31.59 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  30.88 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  33.15 
 
 		 372 aa  177  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  33.23 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  33.24 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  31.2 
 
 		 367 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  32.72 
 
 		 370 aa  168  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  30.5 
 
 		 373 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  29.75 
 
 		 372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  30.65 
 
 		 381 aa  164  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  31.66 
 
 		 366 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  31.3 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  31.3 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  31.01 
 
 		 371 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2908  permease YjgP/YjgQ family protein  33.62 
 
 		 370 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000409785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  30.97 
 
 		 383 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  30.63 
 
 		 372 aa  157  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  30.95 
 
 		 370 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  32.68 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  33.05 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  32.68 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  28.82 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  32.39 
 
 		 370 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  31.23 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  30.21 
 
 		 371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  32.77 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  32.77 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  33.14 
 
 		 370 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  30.75 
 
 		 372 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  29.1 
 
 		 370 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  28.45 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  29.46 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  29.75 
 
 		 371 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1179  permease YjgP/YjgQ family protein  32.77 
 
 		 370 aa  150  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301073  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  30.16 
 
 		 370 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  28.53 
 
 		 368 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  29.71 
 
 		 376 aa  143  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2555  hypothetical protein  27.89 
 
 		 359 aa  138  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  30.36 
 
 		 370 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  30.58 
 
 		 370 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2683  hypothetical protein  27.61 
 
 		 359 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  29.66 
 
 		 386 aa  133  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2743  permease YjgP/YjgQ family protein  29.02 
 
 		 367 aa  133  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.731454  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0517  permease  32.49 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300348  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  28.73 
 
 		 388 aa  132  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3678  permease YjgP/YjgQ family protein  29.23 
 
 		 364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000432318  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3542  putative permease  29.23 
 
 		 364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000328546  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4048  hypothetical protein  29.23 
 
 		 364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000983322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1373  queuine tRNA-ribosyltransferase  27.86 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2114  permease YjgP/YjgQ family protein  28.83 
 
 		 386 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.774642 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0563  permease YjgP/YjgQ family protein  30.41 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000298554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02661  putative permease, YjgP/YjgQ family  29.81 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  29.08 
 
 		 358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  28.26 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  27.36 
 
 		 371 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  27.04 
 
 		 370 aa  116  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3647  permease YjgP/YjgQ family protein  27.99 
 
 		 366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000993409  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4764  putative permease  27.53 
 
 		 366 aa  113  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000634787  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4827  putative permease  27.53 
 
 		 366 aa  113  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000984202  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>