264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0872 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 370 aa  741    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  76.49 
 
 		 370 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  76.22 
 
 		 370 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  76.49 
 
 		 370 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  76.02 
 
 		 371 aa  585  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  81.62 
 
 		 370 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  76.44 
 
 		 369 aa  579  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  74.32 
 
 		 370 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  76.22 
 
 		 370 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  75.41 
 
 		 370 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1179  permease YjgP/YjgQ family protein  75.27 
 
 		 370 aa  570  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301073  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  76.49 
 
 		 370 aa  564  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  76.49 
 
 		 370 aa  564  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  76.76 
 
 		 370 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  74.86 
 
 		 370 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2908  permease YjgP/YjgQ family protein  76.76 
 
 		 370 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000409785  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  49.86 
 
 		 388 aa  340  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  48.1 
 
 		 368 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  47.88 
 
 		 366 aa  332  6e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  42.86 
 
 		 370 aa  289  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  41.62 
 
 		 366 aa  289  5.0000000000000004e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  39.88 
 
 		 366 aa  277  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  40.53 
 
 		 366 aa  272  7e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  39.34 
 
 		 358 aa  264  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  40.23 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  39.94 
 
 		 373 aa  229  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  39.53 
 
 		 371 aa  229  6e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  37.91 
 
 		 370 aa  229  6e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  36.09 
 
 		 375 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  38.44 
 
 		 372 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  36.09 
 
 		 375 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  37.83 
 
 		 371 aa  222  9e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  38.12 
 
 		 371 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  37.83 
 
 		 371 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  37.83 
 
 		 383 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  36.8 
 
 		 386 aa  219  6e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2555  hypothetical protein  32.49 
 
 		 359 aa  210  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2683  hypothetical protein  32.49 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  38.17 
 
 		 372 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4048  hypothetical protein  36.1 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000983322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3542  putative permease  36.1 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000328546  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3678  permease YjgP/YjgQ family protein  36.1 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000432318  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  37.72 
 
 		 372 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0517  permease  38.03 
 
 		 367 aa  201  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300348  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  36.54 
 
 		 372 aa  195  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  36.36 
 
 		 376 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0563  permease YjgP/YjgQ family protein  37.58 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000298554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1373  queuine tRNA-ribosyltransferase  34.45 
 
 		 360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3647  permease YjgP/YjgQ family protein  36.21 
 
 		 366 aa  189  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000993409  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4734  putative permease  36.65 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000385303  normal  0.325053 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4883  permease  36.65 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00332815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4864  putative permease  36.65 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000973807  normal  0.308777 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4827  putative permease  36.65 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000984202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4764  putative permease  36.65 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000634787  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3556  permease YjgP/YjgQ family protein  36.72 
 
 		 366 aa  186  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04127  conserved inner membrane protein  35.34 
 
 		 366 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000245131  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4742  putative permease  35.34 
 
 		 366 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000002134  normal  0.891327 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5783  putative permease  35.34 
 
 		 366 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000294674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4517  putative permease  35.34 
 
 		 366 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2463499999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  33.33 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04091  hypothetical protein  35.34 
 
 		 366 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000267736  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4834  putaitve permease  35.34 
 
 		 366 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000998605  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3751  permease YjgP/YjgQ family protein  35.34 
 
 		 366 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3719  permease YjgP/YjgQ family protein  37.07 
 
 		 370 aa  182  9.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  34.1 
 
 		 372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  32.55 
 
 		 367 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3736  permease YjgP/YjgQ family protein  34.51 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00233017  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  30 
 
 		 369 aa  169  7e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4008  permease YjgP/YjgQ family protein  31.93 
 
 		 371 aa  159  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618501 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1142  putative permease  37.98 
 
 		 370 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  29.3 
 
 		 361 aa  157  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  28.99 
 
 		 371 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0622  permease YjgP/YjgQ family protein  30.68 
 
 		 371 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0271293  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  33.1 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0875  hypothetical membrane spanning protein  37.09 
 
 		 372 aa  149  6e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2114  permease YjgP/YjgQ family protein  32.37 
 
 		 386 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.774642 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1234  permease YjgP/YjgQ family protein  28.02 
 
 		 371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2680  permease YjgP/YjgQ family protein  30.65 
 
 		 372 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2808  permease YjgP/YjgQ  29.17 
 
 		 372 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.94667  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2220  permease YjgP/YjgQ family protein  30.36 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0822  permease, putative  29.28 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2226  permease YjgP/YjgQ family protein  28.57 
 
 		 370 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3081  permease YjgP/YjgQ  29.07 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.770978  normal  0.0713723 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1014  hypothetical protein  28.45 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.146018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1654  hypothetical protein  28.45 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.398552  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0671  permease, putative  28.45 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1174  permease, putative  28.45 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2340  hypothetical protein  28.45 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2945  hypothetical protein  28.45 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1021  hypothetical protein  28.45 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0581  hypothetical protein  30.25 
 
 		 359 aa  136  5e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.201151  normal  0.566997 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0827  permease YjgP/YjgQ family protein  28.65 
 
 		 364 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.249961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2743  permease YjgP/YjgQ family protein  26.97 
 
 		 367 aa  135  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.731454  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  27.9 
 
 		 363 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2416  hypothetical protein  30.36 
 
 		 372 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2684  permease YjgP/YjgQ  27.94 
 
 		 373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3639  membrane protein, YjgP/YjgQ like  28.37 
 
 		 365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  28.37 
 
 		 365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  29.06 
 
 		 358 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1856  permease YjgP/YjgQ  29.25 
 
 		 364 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>