145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2729 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2729  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 379 aa  756    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.447147  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2115  permease YjgP/YjgQ  60.91 
 
 		 373 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2407  permease YjgP/YjgQ  59.7 
 
 		 376 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.481022  normal  0.64368 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3163  permease YjgP/YjgQ family protein  58.99 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2170  permease YjgP/YjgQ family protein  56.15 
 
 		 373 aa  383  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.233438 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3538  permease YjgP/YjgQ family protein  58.23 
 
 		 375 aa  381  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0147965 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1724  permease YjgP/YjgQ family protein  58.4 
 
 		 363 aa  362  5.0000000000000005e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1920  permease YjgP/YjgQ family protein  58.4 
 
 		 363 aa  362  5.0000000000000005e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4923  permease YjgP/YjgQ family protein  58.65 
 
 		 372 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1943  putative transmembrane protein  50.56 
 
 		 363 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.729281  normal  0.0884093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2596  permease YjgP/YjgQ family protein  46.31 
 
 		 364 aa  298  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0445451 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0671  permease, putative  39.33 
 
 		 365 aa  265  7e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1174  permease, putative  39.33 
 
 		 365 aa  265  7e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2340  hypothetical protein  39.33 
 
 		 365 aa  265  7e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2945  hypothetical protein  39.33 
 
 		 365 aa  265  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1021  hypothetical protein  39.33 
 
 		 365 aa  265  7e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1654  hypothetical protein  39.33 
 
 		 365 aa  265  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.398552  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  39.27 
 
 		 363 aa  265  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0822  permease, putative  39.33 
 
 		 365 aa  264  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2226  permease YjgP/YjgQ family protein  40.11 
 
 		 370 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1014  hypothetical protein  39.04 
 
 		 365 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.146018  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0827  permease YjgP/YjgQ family protein  38.7 
 
 		 364 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.249961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  38.7 
 
 		 363 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3639  membrane protein, YjgP/YjgQ like  39.27 
 
 		 365 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2680  permease YjgP/YjgQ family protein  38.81 
 
 		 372 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  37.85 
 
 		 363 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2220  permease YjgP/YjgQ family protein  38.81 
 
 		 372 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  38.98 
 
 		 365 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2472  permease YjgP/YjgQ family protein  37.85 
 
 		 364 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2467  permease YjgP/YjgQ family protein  37.85 
 
 		 364 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1856  permease YjgP/YjgQ  37.57 
 
 		 364 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2416  hypothetical protein  37.58 
 
 		 372 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1234  permease YjgP/YjgQ family protein  36.24 
 
 		 371 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2808  permease YjgP/YjgQ  33.88 
 
 		 372 aa  236  6e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.94667  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3081  permease YjgP/YjgQ  37.8 
 
 		 360 aa  234  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.770978  normal  0.0713723 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0622  permease YjgP/YjgQ family protein  35.33 
 
 		 371 aa  224  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0271293  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2684  permease YjgP/YjgQ  36.7 
 
 		 373 aa  222  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  35.04 
 
 		 361 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0581  hypothetical protein  33.43 
 
 		 359 aa  186  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.201151  normal  0.566997 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2786  permease YjgP/YjgQ family protein  35.47 
 
 		 360 aa  179  4.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  26.88 
 
 		 375 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  27.54 
 
 		 339 aa  124  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  32.45 
 
 		 367 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  27.83 
 
 		 367 aa  122  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  27.08 
 
 		 371 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  26.34 
 
 		 375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  26.73 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  28.94 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  27.63 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  26.21 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  25.74 
 
 		 371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  25.47 
 
 		 371 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  27.35 
 
 		 370 aa  113  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  25.61 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  26.21 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2114  permease YjgP/YjgQ family protein  30.12 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.774642 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  27.88 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  24.42 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  26.69 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  28.87 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  27.06 
 
 		 376 aa  103  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  25.29 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  25.91 
 
 		 366 aa  96.7  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  24.14 
 
 		 366 aa  95.9  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2743  permease YjgP/YjgQ family protein  24.49 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.731454  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4008  permease YjgP/YjgQ family protein  27.65 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618501 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  23.75 
 
 		 358 aa  91.3  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0537  permease YjgP/YjgQ family protein  26.84 
 
 		 360 aa  89.7  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0613487  normal  0.97553 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  24.28 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  25 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  23.81 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2683  hypothetical protein  21.88 
 
 		 359 aa  87  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  24.8 
 
 		 366 aa  86.7  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2555  hypothetical protein  22.16 
 
 		 359 aa  85.5  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1373  queuine tRNA-ribosyltransferase  24.23 
 
 		 360 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  24.93 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  24.71 
 
 		 370 aa  84  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  22.73 
 
 		 370 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  24.02 
 
 		 370 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  24.38 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  23.1 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  23.74 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  23.74 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0517  permease  28.18 
 
 		 367 aa  80.9  0.00000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300348  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0875  hypothetical membrane spanning protein  27.04 
 
 		 372 aa  79.3  0.0000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  23.43 
 
 		 370 aa  79.3  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  23.67 
 
 		 370 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  24.29 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1142  putative permease  25.6 
 
 		 370 aa  76.3  0.0000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  23.27 
 
 		 370 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  22.85 
 
 		 371 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  22.97 
 
 		 370 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  24.65 
 
 		 370 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  24.1 
 
 		 370 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  24.1 
 
 		 370 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3647  permease YjgP/YjgQ family protein  23.33 
 
 		 366 aa  71.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000993409  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1179  permease YjgP/YjgQ family protein  23.89 
 
 		 370 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301073  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02661  putative permease, YjgP/YjgQ family  26.25 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3160  YjgP/YjgQ permease  24.57 
 
 		 356 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1374  permease YjgP/YjgQ family protein  20.42 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>